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- PDB-5lxe: F420-dependent glucose-6-phosphate dehydrogenase from Rhodococcus... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5lxe
タイトルF420-dependent glucose-6-phosphate dehydrogenase from Rhodococcus jostii RHA1
要素F420-dependent glucose-6-phosphate dehydrogenase 1
キーワードOXIDOREDUCTASE / F420 / glucose-6-phosphate dehydrogenase / TIM barrel / bacterial luciferase family
機能・相同性
機能・相同性情報


glucose-6-phosphate dehydrogenase (coenzyme-F420) / glucose-6-phosphate dehydrogenase (coenzyme F420) activity / coenzyme F420 binding / oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen / carbohydrate metabolic process
類似検索 - 分子機能
F420-dependent glucose-6-phosphate dehydrogenase / F420-dependent glucose-6-phosphate dehydrogenase-related / : / Luciferase-like domain / Luciferase-like domain / Luciferase-like monooxygenase / Luciferase-like domain superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
F420-dependent glucose-6-phosphate dehydrogenase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Rhodococcus jostii (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.47 Å
データ登録者Nguyen, Q.-T. / Trinco, G. / Binda, C. / Mattevi, A. / Fraaije, M.W.
資金援助 イタリア, オランダ, 2件
組織認可番号国
The European Community Seventh Framework ProgrammeFP7 (2007--2013) under BioStruct-X (Grants 7551 and 10205) イタリア
University of GroningenUbbo Emmius scholarship オランダ
引用ジャーナル: Appl. Microbiol. Biotechnol. / 年: 2017
タイトル: Discovery and characterization of an F420-dependent glucose-6-phosphate dehydrogenase (Rh-FGD1) from Rhodococcus jostii RHA1.
著者: Nguyen, Q.-T. / Trinco, G. / Binda, C. / Mattevi, A. / Fraaije, M.W.
履歴
登録2016年9月20日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年12月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年3月29日Group: Database references
改定 1.22017年6月7日Group: Database references
改定 1.32018年1月31日Group: Database references / カテゴリ: pdbx_related_exp_data_set
改定 1.42024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: F420-dependent glucose-6-phosphate dehydrogenase 1
B: F420-dependent glucose-6-phosphate dehydrogenase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,3546
ポリマ－73,9782
非ポリマー3764
水10,287571
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)81.540, 88.120, 88.780
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Refine code: 4

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11METMETPHEPHEAA1 - 401 - 40
21METMETPHEPHEBB1 - 401 - 40
12ALAALALEULEUAA50 - 33450 - 334
22ALAALALEULEUBB50 - 33450 - 334

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2given(-0.960155, 0.003353, 0.279448), (0.002749, -0.999766, 0.02144), (0.279455, 0.021354, 0.959921)-48.62352, -30.91676, 7.28584

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要素

#1: タンパク質 F420-dependent glucose-6-phosphate dehydrogenase 1 / G6PD 1


分子量: 36988.965 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The gap in the sequence alignment is due to the disorder in the electron density map.
由来: (組換発現) Rhodococcus jostii (strain RHA1) (バクテリア)
遺伝子: fgd1, RHA1_ro11062 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q0RVH7, glucose-6-phosphate dehydrogenase (coenzyme-F420)
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 571 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.94 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: ammonium sulfate, sodium acetate pH 4.6, PEG 4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 0.71, 2.25
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年8月31日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.711
22.251
反射解像度: 1.47→88.78 Å / Num. obs: 106774 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 3.9 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 10.9
反射 シェル解像度: 1.47→1.5 Å / Rmerge(I) obs: 0.55

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0155精密化
iMOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3B4Y

3b4y


解像度: 1.47→62.54 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.977 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.968 / SU B: 1.315 / SU ML: 0.048 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.062 / ESU R Free: 0.065
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1853 5293 5 %RANDOM
Rwork0.15632 ---
obs0.15778 101407 98.54 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 25.021 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.37 Å2-0 Å20 Å2
2---1.51 Å20 Å2
3---1.14 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.47→62.54 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4882 0 22 571 5475
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0210.0195080
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.024787
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.021.966889
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.074311002
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.5775638
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.36922.931232
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.76215812
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.281543
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1290.2733
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0120.0215788
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021191
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.1352.172541
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.1352.1692540
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.9493.2453178
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.953.2463179
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.522.6022539
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.5162.6032539
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other5.3373.7413710
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined6.7427.5395864
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other6.7427.5455865
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Ens-ID: 1 / 数: 4471 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Auth asym-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
Amedium positional0.620.5
Bmedium thermal3.672
LS精密化 シェル解像度: 1.474→1.512 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.251 358 -
Rwork0.271 7355 -
obs--97.2 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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