[日本語] English
万見
- PDB-1bor: TRANSCRIPTION FACTOR PML, A PROTO-ONCOPROTEIN, NMR, 1 REPRESENTAT... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1bor
タイトルTRANSCRIPTION FACTOR PML, A PROTO-ONCOPROTEIN, NMR, 1 REPRESENTATIVE STRUCTURE AT PH 7.5, 30 C, IN THE PRESENCE OF ZINC
要素TRANSCRIPTION FACTOR PML
キーワードTRANSCRIPTION REGULATION / PROTO-ONCOGENE / NUCLEAR BODIES (PODS) / LEUKEMIA
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of calcium ion transport into cytosol / negative regulation of translation in response to oxidative stress / ubiquitin-like protein ligase activity / SUMO-modified protein reader activity / positive regulation of protein localization to chromosome, telomeric region / positive regulation of peptidyl-lysine acetylation / suppression of viral release by host / PML body organization / SUMO binding / fibroblast migration ...regulation of calcium ion transport into cytosol / negative regulation of translation in response to oxidative stress / ubiquitin-like protein ligase activity / SUMO-modified protein reader activity / positive regulation of protein localization to chromosome, telomeric region / positive regulation of peptidyl-lysine acetylation / suppression of viral release by host / PML body organization / SUMO binding / fibroblast migration / positive regulation of apoptotic process involved in mammary gland involution / : / regulation of double-strand break repair / myeloid cell differentiation / positive regulation of telomere maintenance / SMAD protein signal transduction / maintenance of protein location in nucleus / protein-containing complex localization / endoplasmic reticulum calcium ion homeostasis / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基を移すもの / positive regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / oncogene-induced cell senescence / Regulation of RUNX1 Expression and Activity / SUMO transferase activity / branching involved in mammary gland duct morphogenesis / negative regulation of interleukin-1 beta production / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to oxidative stress / SUMOylation of ubiquitinylation proteins / cobalt ion binding / SMAD binding / entrainment of circadian clock by photoperiod / protein monoubiquitination / positive regulation of signal transduction by p53 class mediator / negative regulation of telomere maintenance via telomerase / protein sumoylation / negative regulation of mitotic cell cycle / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to endoplasmic reticulum stress / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / retinoic acid receptor signaling pathway / cell fate commitment / protein targeting / cellular response to interleukin-4 / regulation of cell adhesion / SUMOylation of DNA damage response and repair proteins / response to UV / extrinsic apoptotic signaling pathway / positive regulation of defense response to virus by host / Regulation of TP53 Activity through Acetylation / DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator resulting in cell cycle arrest / negative regulation of ubiquitin-dependent protein catabolic process / Regulation of PTEN localization / negative regulation of angiogenesis / transforming growth factor beta receptor signaling pathway / response to cytokine / cellular response to leukemia inhibitory factor / response to gamma radiation / circadian regulation of gene expression / regulation of circadian rhythm / negative regulation of cell growth / PML body / nuclear matrix / HCMV Early Events / Transcriptional regulation of granulopoiesis / protein import into nucleus / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / Interferon gamma signaling / ubiquitin protein ligase activity / cellular senescence / positive regulation of fibroblast proliferation / early endosome membrane / protein-containing complex assembly / nuclear membrane / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / chromosome, telomeric region / molecular adaptor activity / transcription coactivator activity / protein stabilization / response to hypoxia / regulation of cell cycle / chromatin remodeling / protein heterodimerization activity / negative regulation of cell population proliferation / innate immune response / negative regulation of DNA-templated transcription / apoptotic process / ubiquitin protein ligase binding / regulation of DNA-templated transcription / endoplasmic reticulum membrane / nucleolus / protein homodimerization activity / DNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Protein of unknown function DUF3583 / PML-like, coiled-coil / : / B-box zinc finger / B-Box-type zinc finger / B-box-type zinc finger / Zinc finger B-box type profile. / Zinc finger, C3HC4 RING-type / Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) / Zinc/RING finger domain, C3HC4 (zinc finger) ...Protein of unknown function DUF3583 / PML-like, coiled-coil / : / B-box zinc finger / B-Box-type zinc finger / B-box-type zinc finger / Zinc finger B-box type profile. / Zinc finger, C3HC4 RING-type / Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) / Zinc/RING finger domain, C3HC4 (zinc finger) / Herpes Virus-1 / Zinc finger, RING-type, conserved site / Zinc finger RING-type signature. / Ring finger / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR
データ登録者Borden, K.L.B. / Freemont, P.S.
引用
ジャーナル: EMBO J. / 年: 1995
タイトル: The solution structure of the RING finger domain from the acute promyelocytic leukaemia proto-oncoprotein PML.
著者: Borden, K.L. / Boddy, M.N. / Lally, J. / O'Reilly, N.J. / Martin, S. / Howe, K. / Solomon, E. / Freemont, P.S.
#1: ジャーナル: Ann.N.Y.Acad.Sci. / 年: 1993
タイトル: The Ring Finger. A Novel Protein Sequence Motif Related to the Zinc Finger
著者: Freemont, P.S.
履歴
登録1995年9月27日処理サイト: BNL
改定 1.01997年4月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年2月16日Group: Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: TRANSCRIPTION FACTOR PML
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,2443
ポリマ－6,1131
非ポリマー1312
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)1 / -REPRESENTATIVE STRUCTURE
代表モデル

-
要素

#1: タンパク質 TRANSCRIPTION FACTOR PML


分子量: 6113.134 Da / 分子数: 1 / 断片: RING FINGER DOMAIN, RESIDUES 49 - 104 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P29590
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

-
実験情報

-
実験

実験手法: 溶液NMR

-
試料調製

試料状態pH: 7.5 / 温度: 303 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

-
解析

NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: REPRESENTATIVE STRUCTURE
登録したコンフォーマーの数: 1

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る