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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1boh | ||||||
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タイトル | SULFUR-SUBSTITUTED RHODANESE (ORTHORHOMBIC FORM) | ||||||
![]() | RHODANESE | ||||||
![]() | TRANSFERASE / RHODANESE / SULFURTRANSFERASE | ||||||
機能・相同性 | ![]() rRNA transport / 3-mercaptopyruvate sulfurtransferase activity / thiosulfate sulfurtransferase / thiosulfate sulfurtransferase activity / rRNA import into mitochondrion / 5S rRNA binding / mitochondrial matrix / mitochondrion 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Gliubich, F. / Berni, R. / Cianci, M. / Trevino, R.J. / Horowitz, P.M. / Zanotti, G. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: NH2-terminal sequence truncation decreases the stability of bovine rhodanese, minimally perturbs its crystal structure, and enhances interaction with GroEL under native conditions. 著者: Trevino, R.J. / Gliubich, F. / Berni, R. / Cianci, M. / Chirgwin, J.M. / Zanotti, G. / Horowitz, P.M. #1: ![]() タイトル: Structure of Sulfur-Substituted Rhodanese at 1.36 A Resolution 著者: Gliubich, F. / Berni, R. / Colapietro, M. / Barba, L. / Zanotti, G. #2: ![]() タイトル: Active Site Structural Features for Chemically Modified Forms of Rhodanese 著者: Gliubich, F. / Gazerro, M. / Zanotti, G. / Delbono, S. / Bombieri, G. / Berni, R. #3: ![]() タイトル: The Structure of Bovine Liver Rhodanese. II. The Active Site in the Sulfur-Substituted and the Sulfur-Free Enzyme 著者: Ploegman, J.H. / Drent, G. / Kalk, K.H. / Hol, W.G. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 67.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 52.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 426.8 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 435 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 13.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 18 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 33240.668 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: SULFUR SUBSTITUTED AT RESIDUE CYS 247 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 37 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 7.3 / 詳細: pH 7.3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 4 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 297 K |
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放射光源 | 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: SIEMENS / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1997年10月1日 |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE(002) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.3→55 Å / Num. obs: 10362 / % possible obs: 78.8 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.9 % / Rmerge(I) obs: 0.11 / Rsym value: 0.11 |
反射 シェル | 解像度: 2.3→2.42 Å / 冗長度: 1.3 % / Rmerge(I) obs: 0.34 / Rsym value: 0.24 / % possible all: 13.4 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 60362 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1RHS 解像度: 2.3→55 Å / Data cutoff high absF: 1000000 / Data cutoff low absF: 0.0001 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.3→55 Å
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拘束条件 |
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Xplor file | Serial no: 1 / Param file: PARAM19X.PRO / Topol file: TOPH19X.PRO | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ソフトウェア | *PLUS 名称: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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