PDB-1bns: STRUCTURAL STUDIES OF BARNASE MUTANTS

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1bns

タイトル

STRUCTURAL STUDIES OF BARNASE MUTANTS

要素

BARNASE

キーワード

ENDONUCLEASE

機能・相同性

機能・相同性情報

加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ / RNA endonuclease activity / RNA binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacillus amyloliquefaciens (バクテリア)

手法

X線回折 / 解像度: 2.05 Å

データ登録者

Chen, Y.W.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1993
タイトル: Contribution of buried hydrogen bonds to protein stability. The crystal structures of two barnase mutants.
著者: Chen, Y.W. / Fersht, A.R. / Henrick, K.

履歴

登録	1994年4月11日	処理サイト: BNL
改定 1.0	1994年6月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年3月24日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2017年11月29日	Group: Derived calculations / Other カテゴリ: pdbx_database_status / struct_conf / struct_conf_type Item: _pdbx_database_status.process_site
改定 1.4	2024年2月7日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1bns.cif.gz	78.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1bns.ent.gz	59.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1bns.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1bns_validation.pdf.gz	427.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1bns_full_validation.pdf.gz	442.8 KB	表示
XML形式データ	1bns_validation.xml.gz	18.2 KB	表示
CIF形式データ	1bns_validation.cif.gz	25.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bn/1bns ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bn/1bns	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1banC 1baoC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1bnj-3 1brg-1 2f4y-3 1bni-3 1a2p-2 2f5m-1 1ban-1 1bsa-1 1bng-3 4haa-1 1brj-2 2rbi-1 2f5w-1 1bao-1 1bsc-1 2f4y-1 1bse-1 1bsd-1 1brg-2 1ban-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: BARNASE

B: BARNASE

C: BARNASE

37.1 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: BARNASE

登録者が定義した集合体
12.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: BARNASE

登録者が定義した集合体
12.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: BARNASE

登録者が定義した集合体
12.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	59.370, 59.370, 82.166
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	145
Space group name H-M	P3₂

Atom site foot note

1: RESIDUE HIS B 102 HAS ALTERNATE CONFORMATIONS FOR ITS SIDE CHAINS.

#1: タンパク質	BARNASE 分子量: 12368.694 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bacillus amyloliquefaciens (バクテリア) 参照: UniProt: P00648, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 224 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.25 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.4 %

-
データ収集

放射	散乱光タイプ: x-ray
放射波長	相対比: 1
反射	PLUS Num. obs: 41566 / % possible obs: 75 % / Num. measured all: 93923 / R_merge(I) obs*: 0.039

-
解析

ソフトウェア

名称: PROLSQ / 分類: 精密化

精密化

解像度: 2.05→6 Å / σ(F): 3 /

	R_factor	反射数
obs	0.169	17605

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.05→6 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2553	0	0	224	2777

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target
X-RAY DIFFRACTION	p_bond_d	0.018	0.02
X-RAY DIFFRACTION	p_angle_d	0.052	0.04
X-RAY DIFFRACTION	p_angle_deg
X-RAY DIFFRACTION	p_planar_d	0.058	0.05
X-RAY DIFFRACTION	p_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTION	p_mcbond_it	1.47	1.5
X-RAY DIFFRACTION	p_mcangle_it	2.39	2
X-RAY DIFFRACTION	p_scbond_it	2.53	2
X-RAY DIFFRACTION	p_scangle_it	3.82	3
X-RAY DIFFRACTION	p_plane_restr	0.015	0.02
X-RAY DIFFRACTION	p_chiral_restr	0.138	0.12
X-RAY DIFFRACTION	p_singtor_nbd	0.187	0.2
X-RAY DIFFRACTION	p_multtor_nbd	0.188	0.2
X-RAY DIFFRACTION	p_xhyhbond_nbd	0.198	0.2
X-RAY DIFFRACTION	p_xyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTION	p_planar_tor	2.63	3
X-RAY DIFFRACTION	p_staggered_tor	19.33	20
X-RAY DIFFRACTION	p_orthonormal_tor	20	15
X-RAY DIFFRACTION	p_transverse_tor
X-RAY DIFFRACTION	p_special_tor

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)