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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1bmz | ||||||
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タイトル | HUMAN TRANSTHYRETIN (PREALBUMIN) | ||||||
![]() | PROTEIN (TRANSTHYRETIN) | ||||||
![]() | HORMONE/GROWTH FACTOR / THYROXINE TRANSPORT / HORMONE-GROWTH FACTOR COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | ![]() Retinoid cycle disease events / The canonical retinoid cycle in rods (twilight vision) / thyroid hormone binding / purine nucleobase metabolic process / Non-integrin membrane-ECM interactions / Retinoid metabolism and transport / hormone activity / azurophil granule lumen / Amyloid fiber formation / Neutrophil degranulation ...Retinoid cycle disease events / The canonical retinoid cycle in rods (twilight vision) / thyroid hormone binding / purine nucleobase metabolic process / Non-integrin membrane-ECM interactions / Retinoid metabolism and transport / hormone activity / azurophil granule lumen / Amyloid fiber formation / Neutrophil degranulation / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() | ||||||
![]() | Klabunde, T. / Kelly, J.W. / Sacchettini, J.C. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Inhibiting transthyretin conformational changes that lead to amyloid fibril formation. 著者: Peterson, S.A. / Klabunde, T. / Lashuel, H.A. / Purkey, H. / Sacchettini, J.C. / Kelly, J.W. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 54.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 40.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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2 | ![]()
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (-0.985414, 0.170065, 0.006154), ベクター: |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 13777.360 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.06 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 7.4 / 詳細: pH 7.4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 298 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: MACSCIENCE / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年5月15日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | モノクロメーター: NI FILTER / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→20 Å / Num. obs: 16218 / % possible obs: 96.7 % / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.052 / Rsym value: 5.2 / Net I/σ(I): 13.9 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.07 Å / Rmerge(I) obs: 0.117 / Rsym value: 11.7 / % possible all: 84 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 64327 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 84 % |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: OTHER / 解像度: 2→6 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 3
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原子変位パラメータ | Biso mean: 29.6 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→6 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | NCS model details: RESTRAINTS / Rms dev position: 0.1218 Å / Weight position: 100 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 2→2.03 Å / Total num. of bins used: 20 /
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Xplor file | Serial no: 1 / Param file: PARHCSDX.PRO / Topol file: TOPHCSDX.PRO |