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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1blh | ||||||
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タイトル | STRUCTURE OF A PHOSPHONATE-INHIBITED BETA-LACTAMASE. AN ANALOG OF THE TETRAHEDRAL TRANSITION STATE(SLASH)INTERMEDIATE OF BETA-LACTAM HYDROLYSIS | ||||||
![]() | BETA-LACTAMASE | ||||||
![]() | HYDROLASE(BETA-LACTAMASE) | ||||||
機能・相同性 | ![]() beta-lactam antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / response to antibiotic 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() | ||||||
![]() | Chen, C.C.H. / Herzberg, O. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structure of a phosphonate-inhibited beta-lactamase. An analog of the tetrahedral transition state/intermediate of beta-lactam hydrolysis. 著者: Chen, C.C. / Rahil, J. / Pratt, R.F. / Herzberg, O. #1: ![]() タイトル: Inhibition of Beta-Lactamase by Clavulanate. Trapped Intermediates in Cryocrystallographic Studies 著者: Chen, C.C.H. / Herzberg, O. #2: ![]() タイトル: Refined Crystal Structure of Beta-Lactamase from Staphylococcus Aureus Pc1 at 2.0 Angstroms Resolution 著者: Herzberg, O. #3: ![]() タイトル: Structural Basis for the Inactivation of the P54 Mutant of Beta-Lactamase from Staphylococcus Aureus Pc1 著者: Herzberg, O. / Kapadia, G. / Blanco, B. / Smith, T.S. / Coulson, A. #4: ![]() タイトル: Penicillin-Binding and Degrading Enzymes 著者: Herzberg, O. / Moult, J. #5: ![]() タイトル: Bacterial Resistance to Beta-Lactam Antibiotics. Crystal Structure of Beta-Lactamase from Staphylococcus Aureus Pc1 at 2.5 Angstroms Resolution 著者: Herzberg, O. / Moult, J. #6: ![]() タイトル: The Crystal Structure of Beta-Lactamase from Staphylococcus Aureus at 0.5Nm Resolution 著者: Moult, J. / Sawyer, L. / Herzberg, O. / Jones, C.L. / Coulson, A.F.W. / Green, D.W. / Harding, M.M. / Ambler, R.P. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 67.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 48.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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Atom site foot note | 1: GLU 166 - ILE 167 OMEGA = 1.57 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION | ||||||||
Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 28843.211 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 参照: UniProt: P00807, beta-lactamase |
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#2: 化合物 | ChemComp-FOS / [[ |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
構成要素の詳細 | THE ACTIVE SITE SERINE IS SER 70. THERE IS AN OXYANION HOLE FORMED BY THE MAIN CHAIN NITROGEN ATOMS ...THE ACTIVE SITE SERINE IS SER 70. THERE IS AN OXYANION HOLE FORMED BY THE MAIN CHAIN NITROGEN ATOMS OF SER 70 AND GLN 237, IN A SIMILAR MANNER TO THE SERINE PROTEASE STRUCTURES |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.8 % | ||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS pH: 8 / 手法: unknown詳細: referred to 'Herzberg, O.', (1987) Science, 236, 694-701 | ||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射 | 散乱光タイプ: x-ray |
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放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2.3 Å / Num. all: 16164 / Num. obs: 14163 / Num. measured all: 46421 / Biso Wilson estimate: 26.4 Å2 |
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解析
ソフトウェア | 名称: PROLSQ / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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精密化 | 解像度: 2.3→8 Å / Rfactor obs: 0.166 / σ(F): 2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.3→8 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: PROLSQ / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Num. reflection obs: 11735 / Rfactor obs: 0.166 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |