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- PDB-1blh: STRUCTURE OF A PHOSPHONATE-INHIBITED BETA-LACTAMASE. AN ANALOG OF... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1blh
タイトルSTRUCTURE OF A PHOSPHONATE-INHIBITED BETA-LACTAMASE. AN ANALOG OF THE TETRAHEDRAL TRANSITION STATE(SLASH)INTERMEDIATE OF BETA-LACTAM HYDROLYSIS
要素BETA-LACTAMASE
キーワードHYDROLASE(BETA-LACTAMASE)
機能・相同性
機能・相同性情報


beta-lactam antibiotic catabolic process / beta-lactamase / beta-lactamase activity / response to antibiotic
類似検索 - 分子機能
Membrane lipoprotein, lipid attachment site / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site / Beta-lactamase, class-A active site / Beta-lactamase class-A active site. / Beta-lactamase class A, catalytic domain / Beta-lactamase enzyme family / Beta-lactamase, class-A / Beta-lactamase / DD-peptidase/beta-lactamase superfamily / Beta-lactamase/transpeptidase-like ...Membrane lipoprotein, lipid attachment site / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site / Beta-lactamase, class-A active site / Beta-lactamase class-A active site. / Beta-lactamase class A, catalytic domain / Beta-lactamase enzyme family / Beta-lactamase, class-A / Beta-lactamase / DD-peptidase/beta-lactamase superfamily / Beta-lactamase/transpeptidase-like / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
[[N-(BENZYLOXYCARBONYL)AMINO]METHYL]PHOSPHATE / Beta-lactamase
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Chen, C.C.H. / Herzberg, O.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1993
タイトル: Structure of a phosphonate-inhibited beta-lactamase. An analog of the tetrahedral transition state/intermediate of beta-lactam hydrolysis.
著者: Chen, C.C. / Rahil, J. / Pratt, R.F. / Herzberg, O.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1992
タイトル: Inhibition of Beta-Lactamase by Clavulanate. Trapped Intermediates in Cryocrystallographic Studies
著者: Chen, C.C.H. / Herzberg, O.
#2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1991
タイトル: Refined Crystal Structure of Beta-Lactamase from Staphylococcus Aureus Pc1 at 2.0 Angstroms Resolution
著者: Herzberg, O.
#3: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1991
タイトル: Structural Basis for the Inactivation of the P54 Mutant of Beta-Lactamase from Staphylococcus Aureus Pc1
著者: Herzberg, O. / Kapadia, G. / Blanco, B. / Smith, T.S. / Coulson, A.
#4: ジャーナル: Curr.Opin.Struct.Biol. / 年: 1991
タイトル: Penicillin-Binding and Degrading Enzymes
著者: Herzberg, O. / Moult, J.
#5: ジャーナル: Science / 年: 1987
タイトル: Bacterial Resistance to Beta-Lactam Antibiotics. Crystal Structure of Beta-Lactamase from Staphylococcus Aureus Pc1 at 2.5 Angstroms Resolution
著者: Herzberg, O. / Moult, J.
#6: ジャーナル: Biochem.J. / 年: 1985
タイトル: The Crystal Structure of Beta-Lactamase from Staphylococcus Aureus at 0.5Nm Resolution
著者: Moult, J. / Sawyer, L. / Herzberg, O. / Jones, C.L. / Coulson, A.F.W. / Green, D.W. / Harding, M.M. / Ambler, R.P.
履歴
登録1993年9月30日処理サイト: BNL
改定 1.01994年8月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年6月5日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: BETA-LACTAMASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,0882
ポリマ－28,8431
非ポリマー2451
水3,513195
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)53.960, 94.200, 138.930
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Atom site foot note1: GLU 166 - ILE 167 OMEGA = 1.57 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-494-

HOH

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要素

#1: タンパク質 BETA-LACTAMASE


分子量: 28843.211 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
参照: UniProt: P00807, beta-lactamase
#2: 化合物 ChemComp-FOS / [[N-(BENZYLOXYCARBONYL)AMINO]METHYL]PHOSPHATE / (ベンジルオキシカルボニルアミノ)メチルホスホン酸


分子量: 245.169 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H12NO5P
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 195 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細THE ACTIVE SITE SERINE IS SER 70. THERE IS AN OXYANION HOLE FORMED BY THE MAIN CHAIN NITROGEN ATOMS ...THE ACTIVE SITE SERINE IS SER 70. THERE IS AN OXYANION HOLE FORMED BY THE MAIN CHAIN NITROGEN ATOMS OF SER 70 AND GLN 237, IN A SIMILAR MANNER TO THE SERINE PROTEASE STRUCTURES.
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.8 %
結晶化
*PLUS
pH: 8 / 手法: unknown
詳細: referred to 'Herzberg, O.', (1987) Science, 236, 694-701
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
178 %satammonium sulfate11
20.3 M11KCl
3100 mM11NH4HCO3

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データ収集

放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射
*PLUS
最高解像度: 2.3 Å / Num. all: 16164 / Num. obs: 14163 / Num. measured all: 46421 / Biso Wilson estimate: 26.4 Å2

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解析

ソフトウェア名称: PROLSQ / 分類: 精密化
精密化解像度: 2.3→8 Å / Rfactor obs: 0.166 / σ(F): 2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1999 0 15 195 2209
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.0190.025
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.040.036
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.0370.04
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it0.0890.112
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it0.1190.138
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it0.1180.138
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it0.150.159
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr0.0220.03
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr0.1870.2
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd0.2880.4
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd0.2030.4
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd0.2260.4
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor3.95
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor21.9120
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor24.5120
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor
ソフトウェア
*PLUS
名称: PROLSQ / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Num. reflection obs: 11735 / Rfactor obs: 0.166
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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