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- PDB-1bld: BASIC FIBROBLAST GROWTH FACTOR (FGF-2) MUTANT WITH CYS 78 REPLACE... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1bld
タイトルBASIC FIBROBLAST GROWTH FACTOR (FGF-2) MUTANT WITH CYS 78 REPLACED BY SER AND CYS 96 REPLACED BY SER, NMR
要素BASIC FIBROBLAST GROWTH FACTOR
キーワードGROWTH FACTOR
機能・相同性
機能・相同性情報


growth factor dependent regulation of skeletal muscle satellite cell proliferation / positive regulation of inner ear auditory receptor cell differentiation / positive regulation of neuroepithelial cell differentiation / regulation of blood vessel endothelial cell proliferation involved in sprouting angiogenesis / response to wortmannin / positive regulation of cell fate specification / regulation of cell migration involved in sprouting angiogenesis / positive regulation of lens fiber cell differentiation / positive regulation of endothelial cell chemotaxis to fibroblast growth factor / TGFBR3 regulates FGF2 signaling ...growth factor dependent regulation of skeletal muscle satellite cell proliferation / positive regulation of inner ear auditory receptor cell differentiation / positive regulation of neuroepithelial cell differentiation / regulation of blood vessel endothelial cell proliferation involved in sprouting angiogenesis / response to wortmannin / positive regulation of cell fate specification / regulation of cell migration involved in sprouting angiogenesis / positive regulation of lens fiber cell differentiation / positive regulation of endothelial cell chemotaxis to fibroblast growth factor / TGFBR3 regulates FGF2 signaling / regulation of retinal cell programmed cell death / Formation of intermediate mesoderm / FGFRL1 modulation of FGFR1 signaling / corticotropin hormone secreting cell differentiation / thyroid-stimulating hormone-secreting cell differentiation / chondroblast differentiation / lymphatic endothelial cell migration / negative regulation of fibroblast growth factor receptor signaling pathway / chemokine binding / POU5F1 (OCT4), SOX2, NANOG activate genes related to proliferation / angiogenesis involved in coronary vascular morphogenesis / Formation of the nephric duct / positive regulation of epithelial tube formation / stem cell development / regulation of endothelial cell chemotaxis to fibroblast growth factor / positive regulation of cerebellar granule cell precursor proliferation / hyaluronan catabolic process / inner ear auditory receptor cell differentiation / negative regulation of wound healing / Signaling by activated point mutants of FGFR3 / FGFR3c ligand binding and activation / positive regulation of stem cell differentiation / receptor-receptor interaction / Phospholipase C-mediated cascade; FGFR3 / cerebellar granule cell precursor proliferation / FGFR2b ligand binding and activation / fibroblast growth factor receptor binding / embryonic morphogenesis / FGFR2c ligand binding and activation / Activated point mutants of FGFR2 / Phospholipase C-mediated cascade; FGFR2 / FGFR4 ligand binding and activation / behavioral response to ethanol / FGFR1b ligand binding and activation / mammary gland epithelial cell differentiation / Phospholipase C-mediated cascade; FGFR4 / glial cell differentiation / Signaling by activated point mutants of FGFR1 / FGFR1c ligand binding and activation / organ induction / Downstream signaling of activated FGFR1 / Phospholipase C-mediated cascade: FGFR1 / paracrine signaling / Developmental Lineage of Pancreatic Acinar Cells / embryo development ending in birth or egg hatching / negative regulation of fibroblast migration / positive regulation of blood vessel branching / negative regulation of oxidative stress-induced neuron intrinsic apoptotic signaling pathway / histone H3K9me2/3 reader activity / cell migration involved in sprouting angiogenesis / endothelial cell proliferation / positive regulation of endothelial cell chemotaxis / positive regulation of cell migration involved in sprouting angiogenesis / positive regulation of vascular endothelial cell proliferation / positive regulation of DNA biosynthetic process / branching involved in ureteric bud morphogenesis / Signaling by FGFR2 IIIa TM / PI-3K cascade:FGFR3 / Syndecan interactions / PI-3K cascade:FGFR2 / positive regulation of neuroblast proliferation / PI-3K cascade:FGFR4 / PI-3K cascade:FGFR1 / positive regulation of stem cell proliferation / positive regulation of sprouting angiogenesis / chemoattractant activity / positive regulation of MAP kinase activity / positive regulation of cell division / negative regulation of blood vessel endothelial cell migration / Non-integrin membrane-ECM interactions / PI3K Cascade / fibroblast growth factor receptor signaling pathway / positive regulation of blood vessel endothelial cell migration / neuroblast proliferation / regulation of angiogenesis / canonical Wnt signaling pathway / positive regulation of osteoblast differentiation / response to axon injury / SHC-mediated cascade:FGFR3 / SHC-mediated cascade:FGFR2 / negative regulation of stem cell proliferation / SHC-mediated cascade:FGFR4 / SHC-mediated cascade:FGFR1 / positive regulation of cardiac muscle cell proliferation / positive regulation of vascular associated smooth muscle cell proliferation / FRS-mediated FGFR3 signaling / FRS-mediated FGFR2 signaling / FRS-mediated FGFR4 signaling / FRS-mediated FGFR1 signaling / Signaling by FGFR3 in disease
類似検索 - 分子機能
HBGF/FGF family signature. / Fibroblast growth factor family / Fibroblast growth factor / Acidic and basic fibroblast growth factor family. / Cytokine IL1/FGF / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) - #50 / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) / Trefoil / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Fibroblast growth factor 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR
データ登録者Powers, R. / Seddon, A.P. / Bohlen, P. / Moy, F.J.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 1996
タイトル: High-resolution solution structure of basic fibroblast growth factor determined by multidimensional heteronuclear magnetic resonance spectroscopy.
著者: Moy, F.J. / Seddon, A.P. / Bohlen, P. / Powers, R.
#1: ジャーナル: J.Biomol.NMR / 年: 1995
タイトル: 1H, 15N, 13C and 13Co Assignments and Secondary Structure Determination of Basic Fibroblast Growth Factor Using 3D Heteronuclear NMR Spectroscopy
著者: Moy, F.J. / Seddon, A.P. / Campbell, E.B. / Bohlen, P. / Powers, R.
履歴
登録1996年5月20日処理サイト: BNL
改定 1.01996年11月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年11月3日Group: Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_related ...database_2 / pdbx_database_related / pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_related.content_type / _pdbx_database_related.details / _pdbx_database_status.process_site / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: BASIC FIBROBLAST GROWTH FACTOR


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,3501
ポリマ－17,3501
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)30 / -
代表モデル

-
要素

#1: タンパク質 BASIC FIBROBLAST GROWTH FACTOR / FGF-2


分子量: 17349.805 Da / 分子数: 1 / 変異: C78S, C96S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CDNA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P09038

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR

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試料調製

結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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解析

NMRアンサンブル登録したコンフォーマーの数: 30

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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