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- PDB-1bl8: POTASSIUM CHANNEL (KCSA) FROM STREPTOMYCES LIVIDANS -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1bl8
タイトルPOTASSIUM CHANNEL (KCSA) FROM STREPTOMYCES LIVIDANS
要素PROTEIN (POTASSIUM CHANNEL PROTEIN)
キーワードMEMBRANE PROTEIN / POTASSIUM CHANNEL / INTEGRAL MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


action potential / voltage-gated potassium channel activity / voltage-gated potassium channel complex / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Voltage-gated potassium channel / Helix Hairpins - #70 / Potassium channel domain / Ion channel / Helix Hairpins / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
: / pH-gated potassium channel KcsA
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces lividans (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Doyle, D.A. / Cabral, J.M. / Pfuetzner, R.A. / Kuo, A. / Gulbis, J.M. / Cohen, S.L. / Chait, B.T. / Mackinnon, R.
引用ジャーナル: Science / 年: 1998
タイトル: The structure of the potassium channel: molecular basis of K+ conduction and selectivity.
著者: Doyle, D.A. / Morais Cabral, J. / Pfuetzner, R.A. / Kuo, A. / Gulbis, J.M. / Cohen, S.L. / Chait, B.T. / MacKinnon, R.
履歴
登録1998年7月23日登録サイト: BNL / 処理サイト: RCSB
改定 1.01998年7月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12007年10月16日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32017年10月4日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.42021年11月3日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年2月7日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTEIN (POTASSIUM CHANNEL PROTEIN)
B: PROTEIN (POTASSIUM CHANNEL PROTEIN)
C: PROTEIN (POTASSIUM CHANNEL PROTEIN)
D: PROTEIN (POTASSIUM CHANNEL PROTEIN)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,1297
ポリマ－41,0124
非ポリマー1173
水181
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7230 Å2
ΔGint-75 kcal/mol
Surface area17310 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)128.780, 68.930, 112.040
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 124.63, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.1266, 0.92878, 0.34834), (-0.93119, -0.00973, 0.36439), (0.34183, -0.37051, 0.86364)31.41247, 86.76519, -12.10887
2given(-0.73691, -0.01034, 0.67591), (0.00458, -0.99994, -0.0103), (0.67598, -0.00449, 0.73691)112.17546, 53.01701, -43.35083
3given(0.13722, -0.93103, 0.33816), (0.92933, 0.00286, -0.36924), (0.3428, 0.36493, 0.86563)80.28391, -33.25713, -31.77395

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要素

#1: タンパク質
PROTEIN (POTASSIUM CHANNEL PROTEIN)


分子量: 10252.959 Da / 分子数: 4 / 変異: L90C / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces lividans (バクテリア)
プラスミド: PQE60 / 遺伝子 (発現宿主): KCSA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): XL-1 BLUE / 参照: UniProt: P0A334
#2: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION


分子量: 39.098 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 6

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 75.34 %
結晶化pH: 7.5
詳細: ONE-TO-MIXTURE OF PROTEIN SOLUTION AND RESERVOIR (200 MM CACL2, 100 MM HEPES PH 7.5, 48% PEG 400).
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: drop consists of equal volume of protein and reservoir solutions
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
15-10 mg/mlprotein1drop
2150 mM1dropKCl
350 mMTris-HCl1drop
42 mMdithiothreitol1drop
5200 mM1reservoirCaCl2
6100 mMHEPES1reservoir
748 %PEG4001reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: A1 / 波長: 0.908
検出器タイプ: PRINCETON 2K / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.908 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→30 Å / Num. obs: 12603 / % possible obs: 93.3 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6.1 % / Biso Wilson estimate: 90 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.086
反射 シェル解像度: 3.2→3.3 Å / 冗長度: 2.3 % / % possible all: 66.6
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 66.6 % / Rmerge(I) obs: 0.286 / Mean I/σ(I) obs: 3.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CCP4PROGRAM SUITEモデル構築
SHELXL-97モデル構築
X-PLOR3.851精密化
CCP4位相決定
SHELXL-97位相決定
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 3.2→10 Å / Isotropic thermal model: GROUP / σ(F): 2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.29 1252 10.4 %SHELL
Rwork0.28 ---
obs0.28 12054 93.3 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.2→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2820 0 3 1 2824
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.1
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d23.73
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d0.53
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
Refine LS restraints NCSNCS model details: RESTRAINTS
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.851 / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg23.73
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg0.53

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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