PDB-1bk8: DETERMINATION OF THE THREE-DIMENSIONAL SOLUTION STRUCTURE OF AESC...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1bk8

タイトル

DETERMINATION OF THE THREE-DIMENSIONAL SOLUTION STRUCTURE OF AESCULUS HIPPOCASTANUM ANTIMICROBIAL PROTEIN 1 (AH-AMP1) BY 1H NMR, 25 STRUCTURES

要素

ANTIMICROBIAL PROTEIN 1

キーワード

PLANT DEFENSIN / ANTIMICROBIAL / CYSTEINE-STABILIZED ALFA/ BETA MOTIF

機能・相同性

機能・相同性情報

defense response to fungus / killing of cells of another organism / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Aesculus hippocastanum (ウマグリ)

手法

溶液NMR / DISTANCE GEOMETRY, SIMULATED ANNEALING

データ登録者

Fant, F. / Borremans, F.A.M.

引用

ジャーナル: Proteins / 年: 1999
タイトル: The three-dimensional solution structure of Aesculus hippocastanum antimicrobial protein 1 determined by 1H nuclear magnetic resonance.
著者: Fant, F. / Vranken, W.F. / Borremans, F.A.

履歴

登録	1998年7月15日	処理サイト: BNL
改定 1.0	2000年1月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年3月24日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2017年11月29日	Group: Derived calculations / Other カテゴリ: pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly ...pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_conf / struct_conf_type Item: _pdbx_database_status.process_site
改定 1.4	2024年10月30日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_nmr_software Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1bk8.cif.gz	366.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1bk8.ent.gz	306 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1bk8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1bk8_validation.pdf.gz	353.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1bk8_full_validation.pdf.gz	445.8 KB	表示
XML形式データ	1bk8_validation.xml.gz	18.5 KB	表示
CIF形式データ	1bk8_validation.cif.gz	32 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bk/1bk8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bk/1bk8	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	1p00-d 4uj0-1 4fc1-d 1ozz-d 2n2r-d 2eya-d 217d-1 1yv8-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#199 - 2016年7月モネリン (Monellin) 類似性 (1) #38 - 2003年2月カリウムチャネル (Potassium Channels) 類似性 (1)

登録構造単位

A: ANTIMICROBIAL PROTEIN 1

5.87 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	25 / 500	LEAST RESTRAINT VIOLATION AND ENERGY
代表モデル

#1: タンパク質・ペプチド	ANTIMICROBIAL PROTEIN 1 / AH-AMP1 分子量: 5873.523 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Aesculus hippocastanum (ウマグリ) / 器官: SEED / 参照: UniProt: Q7M1F3
Has protein modification	Y

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	NOESY
1	2	1	TOCSY
1	3	1	DQFCOSY
1	4	1	E.COSY

NMR実験の詳細

Text: 2D HOMONUCLEAR 1H NMR WAS USED TO EXTRACT DISTANCE AND TORSIONAL CONSTRAINTS. RMSD BACKBONE ATOMS 0.81 +/- 0.12. RMSD ALL ATOMS 1.25 +/- 0.13. THE AMBER FORCEFIELD WAS USED FOR THE SIMULATED ANNEALING.

-
試料調製

試料状態	pH: 4.1 / 圧: 1 atm / 温度: 292.5 K
結晶化	*PLUS 手法: other / 詳細: NMR

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker AM500 / 製造業者: Bruker / モデル: AM500 / 磁場強度: 500 MHz

-
解析

ソフトウェア

名称:

AMBER / 分類: 精密化

NMR software

名称	開発者	分類
Discover	BIOSYM	精密化
DIANA/REDAC		構造決定
Discover		構造決定

精密化

手法: DISTANCE GEOMETRY, SIMULATED ANNEALING / ソフトェア番号: 1
詳細: SIMULATED ANNEALING PROTOCOL ADOPTED FROM NILGES ET AL. 1988, FEBS LETTERS, VOL. 239, PP129-136.

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: LEAST RESTRAINT VIOLATION AND ENERGY
計算したコンフォーマーの数: 500 / 登録したコンフォーマーの数: 25

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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