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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1bjn | ||||||
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タイトル | STRUCTURE OF PHOSPHOSERINE AMINOTRANSFERASE FROM ESCHERICHIA COLI | ||||||
要素 | PHOSPHOSERINE AMINOTRANSFERASE | ||||||
キーワード | AMINOTRANSFERASE / L-SERINE BIOSYNTHESIS | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 lysine biosynthetic process via diaminopimelate and N-succinyl-2-amino-6-ketopimelate / phosphoserine transaminase / O-phospho-L-serine:2-oxoglutarate aminotransferase activity / pyridoxal phosphate biosynthetic process / pyridoxine biosynthetic process / L-serine metabolic process / L-serine biosynthetic process / pyridoxal phosphate binding / protein homodimerization activity / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / 多重同系置換・異常分散 / 解像度: 2.3 Å | ||||||
データ登録者 | Hester, G. / Moser, M. / Jansonius, J.N. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1999 タイトル: Crystal structure of phosphoserine aminotransferase from Escherichia coli at 2.3 A resolution: comparison of the unligated enzyme and a complex with alpha-methyl-l-glutamate. 著者: Hester, G. / Stark, W. / Moser, M. / Kallen, J. / Markovic-Housley, Z. / Jansonius, J.N. #1: ジャーナル: Enzymes Dependent on Pyridoxal Phosphate and Other Carbonyl Compounds as Cofactors: Proceedings of the 8Th International Symposium on Vitamin B6 and Carbonyl Catalysis 年: 1991 タイトル: The Three Dimensional Structure of Phosphoserine Aminotransferase from Escherichia Coli 著者: Stark, W. / Kallen, J. / Markovic-Housley, Z. / Fol, B. / Kania, M. / Jansonius, J.N. #2: ジャーナル: Biochemistry of Vitamin B6: Proceedings of the 7Th International Congress on Chemical and Biological Aspects of Vitamin B6 Catalysis (in: Iub Symp. Ser., V.166) 年: 1987 タイトル: Crystallographic and Solution Studies on Phosphoserine Aminotransferase (Psat) from E. Coli 著者: Kallen, J. / Kania, M. / Markovic-Housley, Z. / Vincent, M.G. / Jansonius, J.N. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1bjn.cif.gz | 154.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1bjn.ent.gz | 121.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1bjn.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1bjn_validation.pdf.gz | 432.8 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1bjn_full_validation.pdf.gz | 437.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1bjn_validation.xml.gz | 29.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1bjn_validation.cif.gz | 41.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bj/1bjn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bj/1bjn | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (0.45112, -0.73331, 0.50868), ベクター: |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 39937.164 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: ONE COFACTOR, PYRIDOXAL PHOSPHATE (VITAMIN B6), IS PRESENT PER CHAIN 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: SERC / 参照: UniProt: P23721, phosphoserine transaminase #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 52 % | ||||||||||||
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: PROTEIN WAS CRYSTALLIZED AT 4-7 DEGREES CELSIUS BY HANGING DROP METHOD, USING PEG4000 AS A PRECIPITATING AGENT, BUFFERED WITH SODIUM ACETATE TO PH 7.2 IN THE DROP AND PH 5.6 IN THE RESERVOIR. ...詳細: PROTEIN WAS CRYSTALLIZED AT 4-7 DEGREES CELSIUS BY HANGING DROP METHOD, USING PEG4000 AS A PRECIPITATING AGENT, BUFFERED WITH SODIUM ACETATE TO PH 7.2 IN THE DROP AND PH 5.6 IN THE RESERVOIR. THE PH-GRADIENT WAS ESSENTIAL FOR THE CRYSTALLIZATION., vapor diffusion - hanging drop, temperature 277K PH範囲: 5.6-7.2 | ||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 4-7 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: pH7.2 in the drop and pH5.6 in the reservoir | ||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 277 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: ELLIOTT GX-20 / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年1月1日 |
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.3→32.5 Å / Num. obs: 38831 / % possible obs: 98.2 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.5 % / Biso Wilson estimate: 29.8 Å2 / Rsym value: 0.083 / Net I/σ(I): 14.7 |
反射 シェル | 解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 4.4 % / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / Rsym value: 0.474 / % possible all: 99.9 |
反射 | *PLUS Rmerge(I) obs: 0.083 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多重同系置換・異常分散 / 解像度: 2.3→32.5 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 10000000 / Data cutoff low absF: 0.001 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED. ATOMIC OCCUPANCIES OF RESIDUES WITH ALTERNATIVE CONFORMATIONS WERE REFINED DURING EACH REFINEMENT ROUND. IN THE LAST REFINEMENT ROUND THE OCCUPANCIES WERE FIXED, ...詳細: BULK SOLVENT MODEL USED. ATOMIC OCCUPANCIES OF RESIDUES WITH ALTERNATIVE CONFORMATIONS WERE REFINED DURING EACH REFINEMENT ROUND. IN THE LAST REFINEMENT ROUND THE OCCUPANCIES WERE FIXED, RESULTING IN A TOTAL SUMMED OCCUPANCY FOR EACH RESIDUE OF 1.0.
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原子変位パラメータ | Biso mean: 33 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.3→32.5 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | Rms dev Biso : 2.65 Å2 / Rms dev position: 0.54 Å / Weight Biso : 2.5 / Weight position: 100 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 2.3→2.35 Å / Rfactor Rfree error: 0.029 / Total num. of bins used: 15
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / バージョン: 3.851 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor all: 0.175 / Rfactor obs: 0.172 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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