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- PDB-1bj8: THIRD N-TERMINAL DOMAIN OF GP130, NMR, MINIMIZED AVERAGE STRUCTURE -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1bj8
タイトルTHIRD N-TERMINAL DOMAIN OF GP130, NMR, MINIMIZED AVERAGE STRUCTURE
要素GP130
キーワードRECEPTOR / SIGNAL TRANSDUCER OF IL-6 TYPE CYTOKINES / THIRD N-TERMINAL DOMAIN / TRANSMEMBRANE / GLYCOPROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


oncostatin-M-mediated signaling pathway / interleukin-27 receptor activity / ciliary neurotrophic factor receptor activity / leukemia inhibitory factor signaling pathway / negative regulation of interleukin-6-mediated signaling pathway / oncostatin-M receptor complex / ciliary neurotrophic factor receptor binding / interleukin-11 receptor activity / interleukin-11 binding / ciliary neurotrophic factor-mediated signaling pathway ...oncostatin-M-mediated signaling pathway / interleukin-27 receptor activity / ciliary neurotrophic factor receptor activity / leukemia inhibitory factor signaling pathway / negative regulation of interleukin-6-mediated signaling pathway / oncostatin-M receptor complex / ciliary neurotrophic factor receptor binding / interleukin-11 receptor activity / interleukin-11 binding / ciliary neurotrophic factor-mediated signaling pathway / ciliary neurotrophic factor receptor complex / interleukin-27-mediated signaling pathway / interleukin-6 receptor complex / interleukin-11-mediated signaling pathway / T-helper 17 cell lineage commitment / positive regulation of adaptive immune response / positive regulation of acute inflammatory response / positive regulation of astrocyte differentiation / intestinal epithelial cell development / positive regulation of platelet aggregation / Interleukin-27 signaling / IL-6-type cytokine receptor ligand interactions / Interleukin-35 Signalling / cytokine receptor activity / glycogen metabolic process / Interleukin-6 signaling / interleukin-6-mediated signaling pathway / positive regulation of Notch signaling pathway / protein tyrosine kinase activator activity / positive regulation of cardiac muscle hypertrophy / MAPK3 (ERK1) activation / cytokine binding / growth factor binding / MAPK1 (ERK2) activation / positive regulation of vascular endothelial growth factor production / positive regulation of osteoblast differentiation / coreceptor activity / positive regulation of T cell proliferation / positive regulation of tyrosine phosphorylation of STAT protein / response to cytokine / cytokine-mediated signaling pathway / scaffold protein binding / negative regulation of neuron apoptotic process / receptor complex / membrane raft / external side of plasma membrane / neuronal cell body / dendrite / positive regulation of cell population proliferation / negative regulation of apoptotic process / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Type I cytokine receptor, cytokine-binding domain / Interleukin-6 receptor alpha chain, binding / Immunoglobulin C2-set-like, ligand-binding / Ig-like C2-type domain / Long hematopoietin receptor, Gp130 family 2, conserved site / Long hematopoietin receptor, gp130 family signature. / : / Fibronectin type III domain / Fibronectin type 3 domain / Fibronectin type-III domain profile. ...Type I cytokine receptor, cytokine-binding domain / Interleukin-6 receptor alpha chain, binding / Immunoglobulin C2-set-like, ligand-binding / Ig-like C2-type domain / Long hematopoietin receptor, Gp130 family 2, conserved site / Long hematopoietin receptor, gp130 family signature. / : / Fibronectin type III domain / Fibronectin type 3 domain / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Interleukin-6 receptor subunit beta
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / DISTANCE GEOMETRY, RESTRAINED MOLECULAR DYNAMICS, SIMULATED ANNEALING
データ登録者Kernebeck, T. / Pflanz, S. / Muller-Newen, G. / Kurapkat, G. / Scheek, R.M. / Dijkstra, K. / Heinrich, P.C. / Wollmer, A. / Grzesiek, S. / Grotzinger, J.
引用
ジャーナル: Protein Sci. / 年: 1999
タイトル: The signal transducer gp130: solution structure of the carboxy-terminal domain of the cytokine receptor homology region.
著者: Kernebeck, T. / Pflanz, S. / Muller-Newen, G. / Kurapkat, G. / Scheek, R.M. / Dijkstra, K. / Heinrich, P.C. / Wollmer, A. / Grzesiek, S. / Grotzinger, J.
#1: ジャーナル: Eur.J.Biochem. / 年: 1997
タイトル: The Signal Transducer Gp130--Bacterial Expression, Refolding and Properties of the Carboxy-Terminal Domain of the Cytokine-Binding Module
著者: Muller-Newen, G. / Pflanz, S. / Hassiepen, U. / Stahl, J. / Wollmer, A. / Heinrich, P.C. / Grotzinger, J.
履歴
登録1998年7月2日処理サイト: BNL
改定 1.01999年1月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年2月16日Group: Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GP130


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,6521
ポリマ－12,6521
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)1 / 22LEAST RESTRAINT VIOLATION
代表モデル

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要素

#1: タンパク質 GP130


分子量: 12652.174 Da / 分子数: 1 / 断片: THIRD N-TERMINAL DOMAIN / 変異: V1M, Y2D / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P40189

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
111CBCA(CO)NH
121CBCANH
131C(CO)NH
141HNCA
151HBHA(CO)NH
16115N-EDITED HOHAHA
17113C-EDITED TOCSY
18115N-EDITED NOESY
19113C-EDITED NOESY
1101HNHA
NMR実験の詳細Text: THE STRUCTURE WAS DETERMINED USING TRIPLE-RESONANCE NMR SPECTROSCOPY ON 13C, 15N-LABELED PROTEIN

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試料調製

詳細内容: WATER
試料状態イオン強度: 200 mM NACL / pH: 7.4 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian UNITY500VarianUNITY5005001
Varian INOVA600VarianINOVA6006002
Bruker DMX600BrukerDMX6006003

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解析

NMR software
名称開発者分類
DDDSCHEEK精密化
DDD構造決定
精密化手法: DISTANCE GEOMETRY, RESTRAINED MOLECULAR DYNAMICS, SIMULATED ANNEALING
ソフトェア番号: 1
詳細: THE FINAL 22 STRUCTURES WERE CALCULATED USING A TOTAL OF 1575 RESTRAINTS. DISTANCE BOUND DRIVEN DYNAMICS WAS DONE FOR 1000 STEPS AT 1000 KELVIN, FOLLOWED BY 1000 STEPS OF SIMULATED ANNEALING ...詳細: THE FINAL 22 STRUCTURES WERE CALCULATED USING A TOTAL OF 1575 RESTRAINTS. DISTANCE BOUND DRIVEN DYNAMICS WAS DONE FOR 1000 STEPS AT 1000 KELVIN, FOLLOWED BY 1000 STEPS OF SIMULATED ANNEALING TO 10 KELVIN. THE MEAN STRUCTURE WAS ENERGY MINIMIZED USING THE GROMOS PROGRAMM PACKAGE.
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: LEAST RESTRAINT VIOLATION
計算したコンフォーマーの数: 22 / 登録したコンフォーマーの数: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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