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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1bj7 | ||||||
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タイトル | BOVINE LIPOCALIN ALLERGEN BOS D 2 | ||||||
![]() | D 2 | ||||||
![]() | ALLERGEN / LIPOCALIN | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Rouvinen, J. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Probing the molecular basis of allergy. three-dimensional structure of the bovine lipocalin allergen Bos d 2. 著者: Rouvinen, J. / Rautiainen, J. / Virtanen, T. / Zeiler, T. / Kauppinen, J. / Taivainen, A. / Mantyjarvi, R. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 39.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 29.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 409.5 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 410.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 8.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 10.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1mupS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 17867.984 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 45 % | ||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 4 / 詳細: pH 4 | ||||||||||||||||||||
結晶 | *PLUS | ||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: Rautiainen, J., (1998) Biochem. Biophys. Res. Commun., 247, 746. PH range low: 4.5 / PH range high: 3.4 | ||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 293 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年1月8日 |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE(002) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→99 Å / Num. obs: 41606 / % possible obs: 92.3 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.066 |
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.86 Å / Rmerge(I) obs: 0.542 / % possible all: 60.3 |
反射 | *PLUS Num. obs: 14230 / Num. measured all: 41606 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1MUP 解像度: 1.8→8 Å / Data cutoff high absF: 100000000 / Data cutoff low absF: 0.001 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1
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原子変位パラメータ | Biso mean: 24.7 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→8 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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