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- PDB-1bj6: 1H NMR OF (12-53) NCP7/D(ACGCC) COMPLEX, 10 STRUCTURES -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1bj6
タイトル1H NMR OF (12-53) NCP7/D(ACGCC) COMPLEX, 10 STRUCTURES
要素
  • DNA (5'-D(*AP*CP*GP*CP*C)-3')
  • NUCLEOCAPSID PROTEIN 7
キーワードViral protein/DNA / COMPLEX (NUCLEOCAPSID PROTEIN-DNA) / NUCLEIC ACID / RETROVIRUS / VIRUS MORPHOGENESIS / ZINC FINGER / Viral protein-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


viral budding via host ESCRT complex / viral nucleocapsid / host cell cytoplasm / host cell nucleus / structural molecule activity / RNA binding / zinc ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Zinc finger, CCHC-type / HIV-1 Nucleocapsid Protein / Retroviral nucleocapsid Gag protein p24, N-terminal / Gag protein p6 / Gag protein p6 / gag protein p24 N-terminal domain / Immunodeficiency lentiviral matrix, N-terminal / gag gene protein p17 (matrix protein) / Matrix protein, lentiviral and alpha-retroviral, N-terminal / Retrovirus capsid, C-terminal ...Zinc finger, CCHC-type / HIV-1 Nucleocapsid Protein / Retroviral nucleocapsid Gag protein p24, N-terminal / Gag protein p6 / Gag protein p6 / gag protein p24 N-terminal domain / Immunodeficiency lentiviral matrix, N-terminal / gag gene protein p17 (matrix protein) / Matrix protein, lentiviral and alpha-retroviral, N-terminal / Retrovirus capsid, C-terminal / Retroviral matrix protein / Few Secondary Structures / Irregular / Retrovirus capsid, N-terminal / zinc finger / Zinc knuckle / Zinc finger, CCHC-type superfamily / Zinc finger, CCHC-type / Zinc finger CCHC-type profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / Gag polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法溶液NMR / DYNAMICAL SIMULATED ANNEALING
データ登録者Demene, H. / Morellet, N. / Teilleux, V. / Huynh-Dinh, T. / De Rocquigny, H. / Fournie-Zaluski, M.C. / Roques, B.P.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1998
タイトル: Structure of the complex between the HIV-1 nucleocapsid protein NCp7 and the single-stranded pentanucleotide d(ACGCC).
著者: Morellet, N. / Demene, H. / Teilleux, V. / Huynh-Dinh, T. / de Rocquigny, H. / Fournie-Zaluski, M.C. / Roques, B.P.
履歴
登録1998年7月3日処理サイト: BNL
改定 1.01999年2月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年2月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _pdbx_nmr_software.name / _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code / _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_ins_code / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
D: DNA (5'-D(*AP*CP*GP*CP*C)-3')
A: NUCLEOCAPSID PROTEIN 7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,4334
ポリマ－6,3032
非ポリマー1312
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 50LEAST RESTRAINT VIOLATION AND LOWEST TOTAL ENERGY
代表モデル

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要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*AP*CP*GP*CP*C)-3')


分子量: 1465.001 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#2: タンパク質・ペプチド NUCLEOCAPSID PROTEIN 7 / (12-53)NCP7


分子量: 4837.642 Da / 分子数: 1 / Fragment: RESIDUES 12-53 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
属: Lentivirus / 株: MAL / 参照: UniProt: Q74084
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
111NOESY
121TOCSY
131DQF

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試料調製

詳細内容: WATER
試料状態イオン強度: LOW SALT CONDITIONS / pH: 6 / 圧: 1 atm / 温度: 303 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AMX600 / 製造業者: Bruker / モデル: AMX600 / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
DiscoverBIOSYM精密化
BRUKER DISNMRDISNMR構造決定
BIOSYM/MSI構造決定
精密化手法: DYNAMICAL SIMULATED ANNEALING / ソフトェア番号: 1
詳細: THE PROTEIN PART OF THE STRUCTURE WAS FIRST GENERATED USING A RESTRAINTED DYNAMICAL ANNEALING CALCULATION. THE D(ACGCC) NUCLEIC ACID UNDER A DNA CONFORMATION WAS DOCKED APPROXIMATIVELY TO THE ...詳細: THE PROTEIN PART OF THE STRUCTURE WAS FIRST GENERATED USING A RESTRAINTED DYNAMICAL ANNEALING CALCULATION. THE D(ACGCC) NUCLEIC ACID UNDER A DNA CONFORMATION WAS DOCKED APPROXIMATIVELY TO THE PROTEIN BASED ON THE 28 INTERMOLECULAR NOES. THE DOCKED STRUCTURE WAS ENERGY-MINIMIZED UNDER NOES RESTRAINTS. THIS INITIAL COMPLEXED STRUCTURE WAS THEN USED FOR A SECOND SET OF SIMULATED ANNEALING CALCULATION.
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: LEAST RESTRAINT VIOLATION AND LOWEST TOTAL ENERGY
計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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