[日本語] English
万見
- PDB-2n17: NMR structure of a Kazal-type serine protease inhibitor from the ... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2n17
タイトルNMR structure of a Kazal-type serine protease inhibitor from the subterranean termite defense gland of Coptotermes formosanus Shiraki soldiers
要素Lysozyme-Protease Inhibitor Protein
キーワードHYDROLASE / Kazal-type / serine protease inhibitor / chymotrypsin / elastase / termite / soldier / defense gland / secretion
機能・相同性Kazal-type serine protease inhibitor domain / Wheat Germ Agglutinin (Isolectin 2); domain 1 - #30 / Kazal domain superfamily / Kazal domain / Kazal domain profile. / Wheat Germ Agglutinin (Isolectin 2); domain 1 / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta / Lysozyme-Protease Inhibitor Protein
機能・相同性情報
生物種Coptotermes formosanus (イエシロアリ)
手法溶液NMR / DGSA-distance geometry simulated annealing
Model detailslowest energy, model 1
データ登録者Negulescu, H. / Guo, Y. / Garner, T.P. / Goodwin, O.Y. / Henderson, G. / Laine, R.A. / Macnaughtan, M.A.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2015
タイトル: A Kazal-Type Serine Protease Inhibitor from the Defense Gland Secretion of the Subterranean Termite Coptotermes formosanus Shiraki.
著者: Negulescu, H. / Guo, Y. / Garner, T.P. / Goodwin, O.Y. / Henderson, G. / Laine, R.A. / Macnaughtan, M.A.
履歴
登録2015年3月23日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
置き換え2015年5月6日ID: 2M25
改定 1.02015年5月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年5月27日Group: Database references
改定 1.22023年6月14日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32024年11月6日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Lysozyme-Protease Inhibitor Protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,5791
ポリマ－8,5791
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

-
要素

#1: タンパク質 Lysozyme-Protease Inhibitor Protein


分子量: 8578.577 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Coptotermes formosanus (イエシロアリ)
プラスミド: pET46 Ek/LIC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: V9GZ93
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1212D 1H-13C HSQC
1312D 1H-1H NOESY
1412D 1H-1H TOCSY
1512D 1H-1H COSY
1613D 1H-15N NOESY
1713D 1H-15N TOCSY
1813D HN(CA)CB
1913D HN(COCA)CB
11013D HNCO
11113D HCACO
11213D 1H-13C NOESY
11313D (H)CCH-TOCSY
11413D HNHB

-
試料調製

詳細内容: 1 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] TFP4, 90% H2O/10% D2O / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料濃度: 1 mM / 構成要素: TFP4-1 / Isotopic labeling: [U-99% 13C; U-99% 15N]
試料状態イオン強度: 0.12 / pH: 6.5 / 圧: ambient / 温度: 298 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Varian VS 700 / 製造業者: Varian / モデル: VS 700 / 磁場強度: 700 MHz

-
解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
VnmrJAgilentcollection
NMRPipe7.8Delaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
CCPNMR2.2.2CCPNデータ解析
CCPNMR2.2.2CCPNpeak picking
CCPNMR2.2.2CCPNchemical shift assignment
CCPNMR2.2.2CCPNnoe assignment
CCPNMR2.2.2CCPNdihedral angle
CNS1.2Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Readgeometry optimization
CNS1.2Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
TALOSCornilescu, Delaglio and Baxdihedral angle
PSVS1.5Bhattacharya and Montelionestructure validation
精密化手法: DGSA-distance geometry simulated annealing / ソフトェア番号: 1
NMR constraintsNOE constraints total: 526 / NOE intraresidue total count: 191 / NOE long range total count: 100 / NOE medium range total count: 50 / NOE sequential total count: 185
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 10

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る