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万見
- PDB-1bj3: CRYSTAL STRUCTURE OF COAGULATION FACTOR IX-BINDING PROTEIN (IX-BP... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1bj3
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF COAGULATION FACTOR IX-BINDING PROTEIN (IX-BP) FROM VENOM OF HABU SNAKE WITH A HETERODIMER OF C-TYPE LECTIN DOMAINS
要素
  • PROTEIN (COAGULATION FACTOR IX-BINDING PROTEIN A)
  • PROTEIN (COAGULATION FACTOR IX-BINDING PROTEIN B)
キーワードCOLLAGEN BINDING PROTEIN / COAGULATION FACTOR IX-BINDING / HETERODIMER / VENOM / HABU SNAKE / C-TYPE LECTIN SUPERFAMILY
機能・相同性
機能・相同性情報


toxin activity / calcium ion binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能
: / C-type lectin, conserved site / C-type lectin domain signature. / Mannose-Binding Protein A; Chain A / Mannose-Binding Protein A, subunit A / Lectin C-type domain / C-type lectin domain profile. / C-type lectin-like / C-type lectin (CTL) or carbohydrate-recognition domain (CRD) / C-type lectin-like/link domain superfamily ...: / C-type lectin, conserved site / C-type lectin domain signature. / Mannose-Binding Protein A; Chain A / Mannose-Binding Protein A, subunit A / Lectin C-type domain / C-type lectin domain profile. / C-type lectin-like / C-type lectin (CTL) or carbohydrate-recognition domain (CRD) / C-type lectin-like/link domain superfamily / C-type lectin fold / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Snaclec coagulation factor IX/factor X-binding protein subunit B / Snaclec coagulation factor IX-binding protein subunit A
類似検索 - 構成要素
生物種Trimeresurus flavoviridis (ハブ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Mizuno, H. / Fujimoto, Z. / Koizumi, M. / Kano, H. / Atoda, H. / Morita, T.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1999
タイトル: Crystal structure of coagulation factor IX-binding protein from habu snake venom at 2.6 A: implication of central loop swapping based on deletion in the linker region.
著者: Mizuno, H. / Fujimoto, Z. / Koizumi, M. / Kano, H. / Atoda, H. / Morita, T.
#1: ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1997
タイトル: Structure of Coagulation Factors Ix/X-Binding Protein, a Heterodimer of C-Type Lectin Domains
著者: Mizuno, H. / Fujimoto, Z. / Koizumi, M. / Kano, H. / Atoda, H. / Morita, T.
#2: ジャーナル: J.Biochem.(Tokyo) / 年: 1995
タイトル: Blood Coagulation Factor Ix-Binding Protein from the Venom of Trimeresurus Flavoviridis: Purification and Characterization
著者: Atoda, H. / Ishikawa, M. / Yoshihara, E. / Sekiya, F. / Morita, T.
履歴
登録1998年7月2日登録サイト: BNL / 処理サイト: RCSB
改定 1.01999年8月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12007年10月16日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32017年10月4日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification
改定 1.42024年11月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTEIN (COAGULATION FACTOR IX-BINDING PROTEIN A)
B: PROTEIN (COAGULATION FACTOR IX-BINDING PROTEIN B)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,1904
ポリマ－29,1102
非ポリマー802
水1,49583
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3740 Å2
ΔGint-49 kcal/mol
Surface area12210 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)58.569, 56.794, 39.616
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 95.80, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 PROTEIN (COAGULATION FACTOR IX-BINDING PROTEIN A) / IX-BP


分子量: 14655.184 Da / 分子数: 1 / 断片: C-TYPE LECTIN CRD DOMAIN / 由来タイプ: 天然
詳細: DISULPHIDE DIMER BETWEEN A CYS79 AND B CYS75, PROTEIN COMPOSED OF HOMOLOGOUS SUBUNITS TO THE CARBOHYDRATE RECOGNITION DOMAIN OF C-TYPE LECTIN
由来: (天然) Trimeresurus flavoviridis (ハブ) / Secretion: VENOM / 参照: PIR: JC4329, UniProt: Q7LZ71*PLUS
#2: タンパク質 PROTEIN (COAGULATION FACTOR IX-BINDING PROTEIN B) / IX-BP


分子量: 14455.071 Da / 分子数: 1 / 断片: C-TYPE LECTIN CRD DOMAIN / 由来タイプ: 天然
詳細: DISULPHIDE DIMER BETWEEN A CYS79 AND B CYS75, PROTEIN COMPOSED OF HOMOLOGOUS SUBUNITS TO THE CARBOHYDRATE RECOGNITION DOMAIN OF C-TYPE LECTIN
由来: (天然) Trimeresurus flavoviridis (ハブ) / Secretion: VENOM / 参照: UniProt: P23807
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 83 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細REFERENCE: MATURE PROTEIN LACKS INITIAL 23 RESIDUES, B CHAIN OF IX-BINDING PROTEIN IS THE SAME AS ...REFERENCE: MATURE PROTEIN LACKS INITIAL 23 RESIDUES, B CHAIN OF IX-BINDING PROTEIN IS THE SAME AS THAT OF FACTOR IX/FACTOR X-BINDING ANTICOAGULANT PROTEIN.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 47 %
結晶化pH: 7.8
詳細: PROTEIN WAS CRYSTALLIZED BY MIXING WITH EQUAL VOLUME OF 60% AMMONIUM SULPHATE IN 20 MM TRI-HCL BUFFER AT PH 7.8 CONTAINING AND AT ROOM TEMPERATURE
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
110 mg/mlprotein1drop
220 mMTris-HCl1drop
33 mM1dropCaCl2
460 %ammonium sulfate1reservoir
5Tris-HCl1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-6A / 波長: 1
検出器タイプ: RIGAKU / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1995年6月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→100 Å / Num. obs: 7253 / % possible obs: 90 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 4.1 % / Biso Wilson estimate: 25.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.102 / Net I/σ(I): 12
反射 シェル解像度: 2.6→2.72 Å / 冗長度: 2.3 % / Rmerge(I) obs: 0.145 / Mean I/σ(I) obs: 8.6 / % possible all: 74
反射
*PLUS
Num. measured all: 21947

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
WEISデータスケーリング
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASESPROGRAM PACKAGE位相決定
X-PLOR2.1精密化
WEISデータ削減
精密化構造決定の手法: 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2.6→6 Å / Rfactor Rfree error: 0.014 / Data cutoff high absF: 10000000 / Data cutoff low absF: 0.001 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.271 367 5.6 %RANDOM
Rwork0.182 ---
obs0.182 6570 88.8 %-
原子変位パラメータBiso mean: 17.3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.37 Å0.25 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.35 Å0.3 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2047 0 2 83 2132
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.013
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.8
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d25.3
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.51
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it1.441.5
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it2.162
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it2.132
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it32.5
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.75 Å / Rfactor Rfree error: 0.045 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.33 53 5.9 %
Rwork0.234 842 -
obs--73.1 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PARHCSDX.PROTOPHCSDX.PRO
X-RAY DIFFRACTION2PARAM19.SOLTOPH19X.ION
X-RAY DIFFRACTION3PARAM19X.IONTOPH19X.SOL
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 2.1 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.6 Å / % reflection Rfree: 5.6 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 17.3 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg25.3
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.51
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it1.5
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it2
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it2
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it2.5
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.33 / % reflection Rfree: 5.9 % / Rfactor Rwork: 0.234

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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