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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1bj3 | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF COAGULATION FACTOR IX-BINDING PROTEIN (IX-BP) FROM VENOM OF HABU SNAKE WITH A HETERODIMER OF C-TYPE LECTIN DOMAINS | ||||||
要素 |
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キーワード | COLLAGEN BINDING PROTEIN / COAGULATION FACTOR IX-BINDING / HETERODIMER / VENOM / HABU SNAKE / C-TYPE LECTIN SUPERFAMILY | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 signaling receptor activity / toxin activity / calcium ion binding / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Trimeresurus flavoviridis (ハブ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2.6 Å | ||||||
データ登録者 | Mizuno, H. / Fujimoto, Z. / Koizumi, M. / Kano, H. / Atoda, H. / Morita, T. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1999 タイトル: Crystal structure of coagulation factor IX-binding protein from habu snake venom at 2.6 A: implication of central loop swapping based on deletion in the linker region. 著者: Mizuno, H. / Fujimoto, Z. / Koizumi, M. / Kano, H. / Atoda, H. / Morita, T. #1: ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1997 タイトル: Structure of Coagulation Factors Ix/X-Binding Protein, a Heterodimer of C-Type Lectin Domains 著者: Mizuno, H. / Fujimoto, Z. / Koizumi, M. / Kano, H. / Atoda, H. / Morita, T. #2: ジャーナル: J.Biochem.(Tokyo) / 年: 1995 タイトル: Blood Coagulation Factor Ix-Binding Protein from the Venom of Trimeresurus Flavoviridis: Purification and Characterization 著者: Atoda, H. / Ishikawa, M. / Yoshihara, E. / Sekiya, F. / Morita, T. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1bj3.cif.gz | 60.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1bj3.ent.gz | 48.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1bj3.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bj/1bj3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bj/1bj3 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 14655.184 Da / 分子数: 1 / 断片: C-TYPE LECTIN CRD DOMAIN / 由来タイプ: 天然 詳細: DISULPHIDE DIMER BETWEEN A CYS79 AND B CYS75, PROTEIN COMPOSED OF HOMOLOGOUS SUBUNITS TO THE CARBOHYDRATE RECOGNITION DOMAIN OF C-TYPE LECTIN 由来: (天然) Trimeresurus flavoviridis (ハブ) / Secretion: VENOM / 参照: PIR: JC4329, UniProt: Q7LZ71*PLUS | ||||
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#2: タンパク質 | 分子量: 14455.071 Da / 分子数: 1 / 断片: C-TYPE LECTIN CRD DOMAIN / 由来タイプ: 天然 詳細: DISULPHIDE DIMER BETWEEN A CYS79 AND B CYS75, PROTEIN COMPOSED OF HOMOLOGOUS SUBUNITS TO THE CARBOHYDRATE RECOGNITION DOMAIN OF C-TYPE LECTIN 由来: (天然) Trimeresurus flavoviridis (ハブ) / Secretion: VENOM / 参照: UniProt: P23807 | ||||
#3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 配列の詳細 | REFERENCE: MATURE PROTEIN LACKS INITIAL 23 RESIDUES, B CHAIN OF IX-BINDING PROTEIN IS THE SAME AS ...REFERENCE: MATURE PROTEIN LACKS INITIAL 23 RESIDUES, B CHAIN OF IX-BINDING PROTEIN IS THE SAME AS THAT OF FACTOR IX/FACTOR X-BINDING ANTICOAGUL | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 47 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 7.8 詳細: PROTEIN WAS CRYSTALLIZED BY MIXING WITH EQUAL VOLUME OF 60% AMMONIUM SULPHATE IN 20 MM TRI-HCL BUFFER AT PH 7.8 CONTAINING AND AT ROOM TEMPERATURE | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 20 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 298 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-6A / 波長: 1 |
検出器 | タイプ: RIGAKU / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1995年6月15日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.6→100 Å / Num. obs: 7253 / % possible obs: 90 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 4.1 % / Biso Wilson estimate: 25.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.102 / Net I/σ(I): 12 |
反射 シェル | 解像度: 2.6→2.72 Å / 冗長度: 2.3 % / Rmerge(I) obs: 0.145 / Mean I/σ(I) obs: 8.6 / % possible all: 74 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 21947 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2.6→6 Å / Rfactor Rfree error: 0.014 / Data cutoff high absF: 10000000 / Data cutoff low absF: 0.001 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
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原子変位パラメータ | Biso mean: 17.3 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.6→6 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.6→2.75 Å / Rfactor Rfree error: 0.045 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / バージョン: 2.1 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.6 Å / % reflection Rfree: 5.6 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 17.3 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rfree: 0.33 / % reflection Rfree: 5.9 % / Rfactor Rwork: 0.234 |