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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1bgc | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF CANINE AND BOVINE GRANULOCYTE-COLONY STIMULATING FACTOR (G-CSF) | ||||||
要素 | GRANULOCYTE COLONY-STIMULATING FACTOR | ||||||
キーワード | CYTOKINE | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Other interleukin signaling / : / granulocyte colony-stimulating factor receptor binding / : / positive regulation of myeloid cell differentiation / positive regulation of actin filament polymerization / cellular response to cytokine stimulus / cytokine activity / growth factor activity / positive regulation of DNA-binding transcription factor activity ...Other interleukin signaling / : / granulocyte colony-stimulating factor receptor binding / : / positive regulation of myeloid cell differentiation / positive regulation of actin filament polymerization / cellular response to cytokine stimulus / cytokine activity / growth factor activity / positive regulation of DNA-binding transcription factor activity / positive regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation / positive regulation of protein binding / positive regulation of peptidyl-serine phosphorylation / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / immune response / positive regulation of cell population proliferation / enzyme binding / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular space 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Bos taurus (ウシ) | ||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 1.7 Å | ||||||
データ登録者 | Lovejoy, B. / Cascio, D. / Eisenberg, D. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1993 タイトル: Crystal structure of canine and bovine granulocyte-colony stimulating factor (G-CSF). 著者: Lovejoy, B. / Cascio, D. / Eisenberg, D. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1bgc.cif.gz | 51.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1bgc.ent.gz | 38.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1bgc.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1bgc_validation.pdf.gz | 398.9 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1bgc_full_validation.pdf.gz | 401.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1bgc_validation.xml.gz | 5.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1bgc_validation.cif.gz | 8.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bg/1bgc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bg/1bgc | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 18971.906 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P35833 |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 34.03 % | ||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS pH: 3.8 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射 | 散乱光タイプ: x-ray |
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放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 1.7 Å / Num. obs: 15100 / % possible obs: 93 % / Observed criterion σ(F): 1 / Num. measured all: 74290 / Rmerge(I) obs: 0.055 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 1.7→7 Å / σ(F): 1 /
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.7→7 Å
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拘束条件 |
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精密化 | *PLUS 最高解像度: 1.7 Å / 最低解像度: 7 Å / Num. reflection obs: 14989 / σ(F): 1 / Rfactor obs: 0.213 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS タイプ: x_angle_d |