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- PDB-1bg6: CRYSTAL STRUCTURE OF THE N-(1-D-CARBOXYLETHYL)-L-NORVALINE DEHYDR... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1bg6
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF THE N-(1-D-CARBOXYLETHYL)-L-NORVALINE DEHYDROGENASE FROM ARTHROBACTER SP. STRAIN 1C
要素N-(1-D-CARBOXYLETHYL)-L-NORVALINE DEHYDROGENASE
キーワードOXIDOREDUCTASE / (D / L) STEREOSPECIFIC OPINE DEHYDROGENASE
機能・相同性
機能・相同性情報


opine dehydrogenase / opine dehydrogenase activity
類似検索 - 分子機能
Opine dehydrogenase / : / NAD/NADP octopine/nopaline dehydrogenase, alpha-helical domain / Ketopantoate reductase, N-terminal domain / Ketopantoate reductase PanE/ApbA / N-(1-d-carboxylethyl)-l-norvaline Dehydrogenase; domain 2 / N-(1-d-carboxylethyl)-l-norvaline Dehydrogenase; domain 2 / 6-phosphogluconate dehydrogenase, domain 2 / 6-phosphogluconate dehydrogenase-like, C-terminal domain superfamily / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain ...Opine dehydrogenase / : / NAD/NADP octopine/nopaline dehydrogenase, alpha-helical domain / Ketopantoate reductase, N-terminal domain / Ketopantoate reductase PanE/ApbA / N-(1-d-carboxylethyl)-l-norvaline Dehydrogenase; domain 2 / N-(1-d-carboxylethyl)-l-norvaline Dehydrogenase; domain 2 / 6-phosphogluconate dehydrogenase, domain 2 / 6-phosphogluconate dehydrogenase-like, C-terminal domain superfamily / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Opine dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Arthrobacter sp. (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Britton, K.L. / Asano, Y. / Rice, D.W.
引用
ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1998
タイトル: Crystal structure and active site location of N-(1-D-carboxylethyl)-L-norvaline dehydrogenase.
著者: Britton, K.L. / Asano, Y. / Rice, D.W.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1998
タイトル: Crystallization of Arthrobacter Sp. Strain 1C N-(1-D-Carboxyethyl)-L-Norvaline Dehydrogenase and its Complex with Nad+
著者: Britton, K.L. / Rogers, H.F. / Asano, Y. / Dairi, T. / Kato, Y. / Stillman, T.J. / Rice, D.W.
履歴
登録1998年6月5日処理サイト: BNL
改定 1.01999年1月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: N-(1-D-CARBOXYLETHYL)-L-NORVALINE DEHYDROGENASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,9691
ポリマ－37,9691
非ポリマー00
水2,036113
1
A: N-(1-D-CARBOXYLETHYL)-L-NORVALINE DEHYDROGENASE

A: N-(1-D-CARBOXYLETHYL)-L-NORVALINE DEHYDROGENASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,9382
ポリマ－75,9382
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_565-x,-y+1,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)104.900, 80.000, 45.500
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 N-(1-D-CARBOXYLETHYL)-L-NORVALINE DEHYDROGENASE


分子量: 37969.188 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Arthrobacter sp. (バクテリア) / 株: 1C / 遺伝子: ODH / プラスミド: PODH1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q44297
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 113 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 41 %
結晶化pH: 6 / 詳細: pH 6.0
結晶化
*PLUS
温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
110 mg/mlprotein1drop
20.1 Mpotassium phosphate1drop
336-37 %satammonium sulfate1reservoir
40.1 Mpotassium phosphate1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 290 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX9.5 / 波長: 0.9
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1995年12月1日 / 詳細: MIRRORS
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→16 Å / Num. obs: 30854 / % possible obs: 89 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 2.3 % / Rmerge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 8
反射 シェル解像度: 1.8→1.85 Å / 冗長度: 2.4 % / Rmerge(I) obs: 0.152 / Mean I/σ(I) obs: 5 / % possible all: 78
反射
*PLUS
Num. measured all: 66518
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 78 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CCP4モデル構築
TNT5E精密化
MOSFLMデータ削減
CCP4(ROTAVATA)データスケーリング
CCP4位相決定
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 1.8→20 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: TNT PROTGEO /
反射数%反射
all31467 -
obs28922 83 %
溶媒の処理Bsol: 310 Å2 / ksol: 0.85 e/Å3
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2592 0 0 113 2705
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.016
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.65
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d17.47
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct0
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes0.016
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes0.016
X-RAY DIFFRACTIONt_it
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
ソフトウェア
*PLUS
名称: TNT / バージョン: 5E / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Num. reflection Rfree: 2545 / % reflection Rfree: 8 % / Rfactor obs: 0.188 / Rfactor Rfree: 0.263
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_deg17.47
X-RAY DIFFRACTIONt_plane_restr0.016

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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