[日本語] English
万見
- PDB-1bfr: IRON STORAGE AND ELECTRON TRANSPORT -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1bfr
タイトルIRON STORAGE AND ELECTRON TRANSPORT
要素BACTERIOFERRITIN
キーワードELECTRON TRANSPORT / IRON STORAGE
機能・相同性
機能・相同性情報


iron ion sequestering activity / ferroxidase / ferroxidase activity / intracellular sequestering of iron ion / ferric iron binding / iron ion transport / oxidoreductase activity / iron ion binding / heme binding / protein homodimerization activity ...iron ion sequestering activity / ferroxidase / ferroxidase activity / intracellular sequestering of iron ion / ferric iron binding / iron ion transport / oxidoreductase activity / iron ion binding / heme binding / protein homodimerization activity / identical protein binding / membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Bacterioferritin signature. / Bacterioferritin / Ferritin, core subunit, four-helix bundle / Ferritin / Ferritin-like diiron domain / Ferritin-like diiron domain profile. / Ferritin/DPS protein domain / Ferritin-like domain / Ferritin-like / Ferritin-like superfamily ...Bacterioferritin signature. / Bacterioferritin / Ferritin, core subunit, four-helix bundle / Ferritin / Ferritin-like diiron domain / Ferritin-like diiron domain profile. / Ferritin/DPS protein domain / Ferritin-like domain / Ferritin-like / Ferritin-like superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / : / Bacterioferritin
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / 解像度: 2.94 Å
データ登録者Dautant, A. / Yariv, J. / Meyer, J.B. / Precigoux, G. / Sweet, R.M. / Frolow, F. / Kalb(Gilboa), A.J.
引用
ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1998
タイトル: Structure of a monoclinic crystal from of cyctochrome b1 (Bacterioferritin) from E. coli.
著者: Dautant, A. / Meyer, J.B. / Yariv, J. / Precigoux, G. / Sweet, R.M. / Kalb, A.J. / Frolow, F.
#1: ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1994
タイトル: Structure of a Unique Twofold Symmetric Haem-Binding Site
著者: Frolow, F. / Kalb, A.J. / Yariv, J.
#2: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1994
タイトル: A Crystallographic Study of Haem Binding to Ferritin
著者: Precigoux, G. / Yariv, J. / Gallois, B. / Dautant, A. / Courseille, C. / Langlois D'Estaintot, B.
#3: ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 1989
タイトル: Amino Acid Sequence of the Bacterioferritin (Cytochrome B1) of Escherichia Coli-K12
著者: Andrews, S.C. / Smith, J.M. / Guest, J.R. / Harrison, P.M.
#4: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1989
タイトル: Molecular Size and Symmetry of the Bacterioferritin of Escherichia Coli. X-Ray Crystallographic Characterization of Four Crystal Forms
著者: Smith, J.M. / Ford, G.C. / Harrison, P.M. / Yariv, J. / Kalb, A.J.
#5: ジャーナル: Biochem.J. / 年: 1983
タイトル: The Identity of Bacterioferritin and Cytochrome B1
著者: Yariv, J.
履歴
登録1994年12月16日処理サイト: BNL
改定 1.01996年6月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: BACTERIOFERRITIN
B: BACTERIOFERRITIN
C: BACTERIOFERRITIN
D: BACTERIOFERRITIN
E: BACTERIOFERRITIN
F: BACTERIOFERRITIN
G: BACTERIOFERRITIN
H: BACTERIOFERRITIN
I: BACTERIOFERRITIN
J: BACTERIOFERRITIN
K: BACTERIOFERRITIN
L: BACTERIOFERRITIN
M: BACTERIOFERRITIN
N: BACTERIOFERRITIN
O: BACTERIOFERRITIN
P: BACTERIOFERRITIN
Q: BACTERIOFERRITIN
R: BACTERIOFERRITIN
S: BACTERIOFERRITIN
T: BACTERIOFERRITIN
U: BACTERIOFERRITIN
V: BACTERIOFERRITIN
W: BACTERIOFERRITIN
X: BACTERIOFERRITIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)454,46784
ポリマ－444,43224
非ポリマー10,03560
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area91010 Å2
ΔGint-672 kcal/mol
Surface area131390 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)118.700, 211.600, 123.300
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 119.10, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.915893, -0.174434, 0.361541), (-0.353332, 0.077137, 0.932313), (-0.190516, -0.981643, 0.009017)-5.6894, -12.4003, 22.7255
2given(0.832001, -0.527363, 0.17223), (-0.527301, -0.84821, -0.04993), (0.172418, -0.049275, -0.983791)-0.5683, 10.0312, 36.2319
3given(0.91628, -0.352022, -0.191078), (-0.176033, 0.074592, -0.981554), (0.359782, 0.933015, 0.006379)5.1988, 22.4169, 13.5283
4given(-0.280314, -0.959895, -0.005009), (0.366856, -0.102307, -0.924635), (0.88704, -0.261026, 0.380821)43.4996, -0.7404, -22.1888
5given(-0.273367, -0.791505, 0.546617), (-0.208576, 0.603517, 0.769586), (-0.939024, 0.096368, -0.330071)32.5157, -11.1423, 65.4919
6given(-0.999984, -0.001544, -0.005366), (-0.001771, -0.823701, 0.567022), (-0.005296, 0.567023, 0.823685)77.2662, -23.3118, 7.4626
7given(-0.914359, 0.180473, -0.362461), (0.17993, -0.62083, -0.763017), (-0.36273, -0.762889, 0.535189)82.8019, -0.2093, 19.2127
8given(-0.831784, 0.530234, -0.164277), (0.529807, 0.670009, -0.519993), (-0.165651, -0.519556, -0.838225)77.5552, -10.9079, 43.0037
9given(-0.917938, 0.345687, 0.194656), (0.348382, 0.467657, 0.812359), (0.18979, 0.813509, -0.549711)71.9054, -34.1257, 31.2201
10given(0.275249, 0.961372, 0.001633), (0.203353, -0.059882, 0.977273), (0.93962, -0.268661, -0.21198)34.1261, -35.5292, -11.3979
11given(0.280839, 0.788708, -0.546872), (-0.361262, -0.441025, -0.821576), (-0.889168, 0.428295, 0.161073)44.4314, 22.9535, 54.9073

-
要素

#1: タンパク質 ...
BACTERIOFERRITIN / CYTOCHROME B


分子量: 18518.016 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0ABD3
#2: 化合物...
ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 48 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物
ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
構成要素の詳細EACH SUBUNIT INCLUDES A BINUCLEAR METAL-BINDING SITE INVOLVING RESIDUES GLU 18, GLU 51, HIS 54, GLU ...EACH SUBUNIT INCLUDES A BINUCLEAR METAL-BINDING SITE INVOLVING RESIDUES GLU 18, GLU 51, HIS 54, GLU 94, GLU 127 AND HIS 130 AND LINKING TOGETHER THE FOUR MAJOR HELICES (A, B, C AND D) OF THE SUBUNIT. THE IDENTITY OF THE METAL IONS HAS NOT BEEN DETERMINED. THEY ARE LISTED BELOW AS DIVALENT MANGANESE (RESIDUES 201, 202).
非ポリマーの詳細HEM IS POSITIONED BETWEEN TWO SUBUNITS WITH ITS QUASI TWO-FOLD AXIS NEARLY COINCIDING WITH A NON- ...HEM IS POSITIONED BETWEEN TWO SUBUNITS WITH ITS QUASI TWO-FOLD AXIS NEARLY COINCIDING WITH A NON-CRYSTALLOGRAPHIC AXIS RELATING THE TWO SUBUNITS. AT THE RESOLUTION OF THE PRESENT DATA, IT IS NOT POSSIBLE TO DETERMINE WHETHER HAEM IS BOUND IN ONE ORIENTATION ONLY OR IN THE TWO TWO-FOLD SYMMETRY RELATED ORIENTATIONS.

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.59 %
結晶化詳細: THIS MONOCLINIC CRYSTAL WAS GROWN FROM A SOLUTION OF THE PROTEIN IN DISTILLED WATER BY THE ADDITION OF MN*CL2.
結晶化
*PLUS
手法: microdialysis
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
22 Mammonium sulfate12
30.1 M12Mn2+
111MnCl2

-
データ収集

放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射
*PLUS
最高解像度: 2.94 Å / 最低解像度: 46.7 Å / Num. obs: 94076 / Rmerge(I) obs: 0.12

-
解析

ソフトウェア名称: X-PLOR / 分類: 精密化
精密化解像度: 2.94→10 Å / σ(F): 2
詳細: THE STRUCTURE WAS SOLVED BY MOLECULAR REPLACEMENT (PROGRAM *AMORE*) STARTING FROM THE COORDINATES IN PROTEIN DATA BANK ENTRY 1BCF OF BACTERIOFERRITIN IN HIGH SALT AND THE TETRAGONAL CRYSTAL ...詳細: THE STRUCTURE WAS SOLVED BY MOLECULAR REPLACEMENT (PROGRAM *AMORE*) STARTING FROM THE COORDINATES IN PROTEIN DATA BANK ENTRY 1BCF OF BACTERIOFERRITIN IN HIGH SALT AND THE TETRAGONAL CRYSTAL FORM. THE 11 NON-CRYSTALLOGRAPHIC TRANSFORMATIONS GIVEN IN THE *MTRIX* RECORDS WERE USED TO GENERATE THE COMPLETE ASYMMETRIC UNIT PRESENTED IN THIS ENTRY FROM THE COORDINATES PROVIDED BY THE DEPOSITORS. THE ASYMMETRIC UNIT CORRESPONDS TO 24 SUBUNITS AND 12 HEME MOLECULES AND THIS REPRESENTS A MOLECULE OF BACTERIOFERRITIN. STRONG ELECTRON DENSITY WAS OBSERVED ON THE FOUR-FOLD AXIS AT (X = 38.333, Y = 8.691, Z = 69.167). NO ATOM IS ASSIGNED TO THIS DENSITY UNTIL FURTHER EVIDENCE IS OBTAINED.
Rfactor反射数%反射
Rwork0.216 --
obs0.216 91768 83.6 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.94→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数31176 0 564 0 31740
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.012
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg2.4
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
精密化
*PLUS
Num. reflection obs: 91554 / Rfactor obs: 0.22
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 11 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg2.3
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg19
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.7

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る