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- PDB-1bez: HALOALKANE DEHALOGENASE MUTANT WITH TRP 175 REPLACED BY TYR AT PH 5 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1bez
タイトルHALOALKANE DEHALOGENASE MUTANT WITH TRP 175 REPLACED BY TYR AT PH 5
要素HALOALKANE DEHALOGENASE
キーワードDEHALOGENASE / ALPHA/BETA-HYDROLASE
機能・相同性
機能・相同性情報


1,2-dichloroethane catabolic process / haloalkane dehalogenase / haloalkane dehalogenase activity / epoxide hydrolase activity / response to toxic substance
類似検索 - 分子機能
Haloalkane dehalogenase, subfamily 1 / : / Epoxide hydrolase-like / alpha/beta hydrolase fold / Alpha/beta hydrolase fold-1 / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETIC ACID / Haloalkane dehalogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Xanthobacter autotrophicus (バクテリア)
手法X線回折 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Ridder, I.S. / Vos, G.J. / Rozeboom, H.J. / Kalk, K.H. / Dijkstra, B.W.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 1998
タイトル: Kinetic analysis and X-ray structure of haloalkane dehalogenase with a modified halide-binding site.
著者: Krooshof, G.H. / Ridder, I.S. / Tepper, A.W. / Vos, G.J. / Rozeboom, H.J. / Kalk, K.H. / Dijkstra, B.W. / Janssen, D.B.
#1: ジャーナル: Nature / 年: 1993
タイトル: Crystallographic Analysis of the Catalytic Mechanism of Haloalkane Dehalogenase
著者: Verschueren, K.H. / Seljee, F. / Rozeboom, H.J. / Kalk, K.H. / Dijkstra, B.W.
#2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1993
タイトル: Refined X-Ray Structures of Haloalkane Dehalogenase at Ph 6.2 And Ph 8.2 And Implications for the Reaction Mechanism
著者: Verschueren, K.H. / Franken, S.M. / Rozeboom, H.J. / Kalk, K.H. / Dijkstra, B.W.
#3: ジャーナル: Embo J. / 年: 1991
タイトル: Crystal Structure of Haloalkane Dehalogenase: An Enzyme to Detoxify Halogenated Alkanes
著者: Franken, S.M. / Rozeboom, H.J. / Kalk, K.H. / Dijkstra, B.W.
#4: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1988
タイトル: Crystallization of Haloalkane Dehalogenase from Xanthobacter Autotrophicus Gj10
著者: Rozeboom, H.J. / Kingma, J. / Janssen, D.B. / Dijkstra, B.W.
履歴
登録1998年5月18日処理サイト: BNL
改定 1.01998年11月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年4月18日Group: Data collection / Other / カテゴリ: diffrn_detector / pdbx_database_status
Item: _diffrn_detector.detector / _pdbx_database_status.process_site
改定 1.42021年11月3日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52023年8月2日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model
改定 1.62024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HALOALKANE DEHALOGENASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,2593
ポリマ－35,1391
非ポリマー1202
水5,026279
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)93.030, 72.300, 40.960
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 HALOALKANE DEHALOGENASE


分子量: 35138.734 Da / 分子数: 1 / 変異: I2V, W175Y / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: WITH ACETIC ACID
由来: (組換発現) Xanthobacter autotrophicus (バクテリア)
株: GJ10 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P22643, haloalkane dehalogenase
#2: 化合物 ChemComp-ACY / ACETIC ACID


分子量: 60.052 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H4O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 279 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 38 %
結晶化pH: 5.6
詳細: PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 50% AMMONIUM SULFATE, 100 MM MES, PH 5.6
結晶
*PLUS
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
15.5 mg/mlprotein1drop
2100 mMMES1drop
350 %ammonium sulfate1reservoir
4100 mMMES1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 120 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: ELLIOTT GX-21 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: ENRAF-NONIUS FAST / 検出器: DIFFRACTOMETER / 日付: 1995年9月11日
放射モノクロメーター: GRAPHITE(002) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→31 Å / Num. obs: 13700 / % possible obs: 79 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 4.8 % / Biso Wilson estimate: 16.3 Å2 / Rsym value: 0.075 / Net I/σ(I): 14
反射 シェル解像度: 2.1→2.13 Å / 冗長度: 1.4 % / Rsym value: 0.137 / % possible all: 61
反射
*PLUS
Num. measured all: 65239 / Rmerge(I) obs: 0.075
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 60.5 % / Rmerge(I) obs: 0.136

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLOR3.843モデル構築
X-PLOR3.843精密化
MADNESデータ削減
BIOMOLデータスケーリング
X-PLOR3.843位相決定
精密化開始モデル: PDB ENTRY 1BEE

1bee


解像度: 2.1→20 Å / Data cutoff high absF: 100000 / Data cutoff low absF: 0.0001
交差検証法: THROUGHOUT, EXCEPT LAST STEP IN WHICH ALL DATA (WORK+TEST SET) WERE USED
σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.225 686 5 %RANDOM EXTENSION OF SET USED FOR 1BEE
Rwork0.171 ---
obs0.171 13123 78.4 %-
原子変位パラメータBiso mean: 14.1 Å2
Refine analyzeLuzzati sigma a obs: 0.19 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2476 0 8 279 2763
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.5
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d23.4
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.2
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it2.311.5
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it3.732
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it3.32
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it4.932.5
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.2 Å / Total num. of bins used: 8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.289 67 5 %
Rwork0.245 1381 -
obs--67.5 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PARHCSDX.PROTOPHCSDX.PRO
X-RAY DIFFRACTION2PARAM19.WATTOPH19.SOL
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.843 / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg23.4
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.2

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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