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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1beh | ||||||
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タイトル | HUMAN PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE BINDING PROTEIN IN COMPLEX WITH CACODYLATE | ||||||
![]() | PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE BINDING PROTEIN | ||||||
![]() | LIPID BINDING PROTEIN / LIPID-BINDING / SIGNALLING | ||||||
機能・相同性 | ![]() phosphatidylethanolamine binding / negative regulation of MAPK cascade / Signaling by high-kinase activity BRAF mutants / MAP2K and MAPK activation / serine-type endopeptidase inhibitor activity / Negative regulation of MAPK pathway / Signaling by moderate kinase activity BRAF mutants / Paradoxical activation of RAF signaling by kinase inactive BRAF / Signaling downstream of RAS mutants / Signaling by BRAF and RAF1 fusions ...phosphatidylethanolamine binding / negative regulation of MAPK cascade / Signaling by high-kinase activity BRAF mutants / MAP2K and MAPK activation / serine-type endopeptidase inhibitor activity / Negative regulation of MAPK pathway / Signaling by moderate kinase activity BRAF mutants / Paradoxical activation of RAF signaling by kinase inactive BRAF / Signaling downstream of RAS mutants / Signaling by BRAF and RAF1 fusions / protein kinase binding / enzyme binding / RNA binding / extracellular exosome / ATP binding / nucleus / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Banfield, M.J. / Barker, J.J. / Perry, A. / Brady, R.L. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Function from structure? The crystal structure of human phosphatidylethanolamine-binding protein suggests a role in membrane signal transduction. 著者: Banfield, M.J. / Barker, J.J. / Perry, A.C. / Brady, R.L. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 88.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 67.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 445.6 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 450.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 18.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 26.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (0.48316, 0.87203, -0.07827), ベクター: |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 21086.787 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 36 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 6.5 詳細: PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 28-32% PEG 4000/6000/8000, 200-300 MM SODIUM ACETATE, 100MM SODIUM CACODYLATE., pH 6.5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年4月15日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | モノクロメーター: GE(111) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.488 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.7→20 Å / Num. obs: 38803 / % possible obs: 95.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.4 % / Biso Wilson estimate: 19.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.055 / Net I/σ(I): 16.2 |
反射 シェル | 解像度: 1.7→1.76 Å / 冗長度: 2.3 % / Rmerge(I) obs: 0.28 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / % possible all: 94.9 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 94.9 % |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1BD9 解像度: 1.75→20 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
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原子変位パラメータ | Biso mean: 24 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.75→20 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: REFMAC / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor obs: 0.235 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | *PLUS 最高解像度: 1.75 Å / 最低解像度: 1.83 Å / Rfactor all: 0.268 / Rfactor obs: 0.322 |