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万見
- PDB-1be3: CYTOCHROME BC1 COMPLEX FROM BOVINE -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1be3
タイトルCYTOCHROME BC1 COMPLEX FROM BOVINE
要素(CYTOCHROME BC1 ...) x 11
キーワードELECTRON TRANSPORT / CYTOCHROME / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


Complex III assembly / Respiratory electron transport / respiratory chain complex III / quinol-cytochrome-c reductase / quinol-cytochrome-c reductase activity / mitochondrial electron transport, ubiquinol to cytochrome c / Mitochondrial protein degradation / ubiquinone binding / respiratory electron transport chain / mitochondrial membrane ...Complex III assembly / Respiratory electron transport / respiratory chain complex III / quinol-cytochrome-c reductase / quinol-cytochrome-c reductase activity / mitochondrial electron transport, ubiquinol to cytochrome c / Mitochondrial protein degradation / ubiquinone binding / respiratory electron transport chain / mitochondrial membrane / metalloendopeptidase activity / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / mitochondrial inner membrane / oxidoreductase activity / heme binding / mitochondrion / proteolysis / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Cytochrome Bc1 Complex; Chain F / Cytochrome b-c1 complex subunit 7 / Cytochrome b-c1 complex subunit 8 / Cytochrome b-c1 complex subunit 9 / Ubiquinol-cytochrome C reductase hinge domain / Ubiquinol cytochrome reductase, transmembrane domain / Cytochrome c1, transmembrane anchor, C-terminal / Cytochrome Bc1 Complex; Chain C / Cytochrome Bc1 Complex; Chain C / Cytochrome b-c1 complex subunit 10 ...Cytochrome Bc1 Complex; Chain F / Cytochrome b-c1 complex subunit 7 / Cytochrome b-c1 complex subunit 8 / Cytochrome b-c1 complex subunit 9 / Ubiquinol-cytochrome C reductase hinge domain / Ubiquinol cytochrome reductase, transmembrane domain / Cytochrome c1, transmembrane anchor, C-terminal / Cytochrome Bc1 Complex; Chain C / Cytochrome Bc1 Complex; Chain C / Cytochrome b-c1 complex subunit 10 / Single alpha-helix domain superfamily / Ubiquinol-cytochrome C reductase complex, 6.4kD protein / Cytochrome Bc1 Complex; Chain A, domain 1 / Metalloenzyme, LuxS/M16 peptidase-like / Ubiquinol-cytochrome c reductase 8kDa, N-terminal / Ubiquinol-cytochrome c reductase 8 kDa, N-terminal / Globular protein, non-globular alpha/beta subunit / Cytochrome b-c1 complex, subunit 6 / Rieske Iron-sulfur Protein / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain / Cytochrome b-c1 complex subunit 8 / UcrQ family / Cytochrome bc1 complex subunit Rieske, transmembrane domain superfamily / 3-layer Sandwich / Cytochrome b-c1 complex subunit 7 / Cytochrome b-c1 complex subunit 7 superfamily / Ubiquinol-cytochrome C reductase complex 14kD subunit / Cytochrome b-c1 complex subunit 8 superfamily / Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, transmembrane domain / Ubiquinol cytochrome reductase transmembrane region / Ubiquinol-cytochrome C reductase hinge domain / Ubiquinol-cytochrome C reductase hinge domain superfamily / Ubiquinol-cytochrome C reductase hinge protein / Cytochrome b-c1 complex subunit 9 / Cytochrome b-c1 complex subunit 9 superfamily / Ubiquinol-cytochrome C reductase, UQCRX/QCR9 like / Cytochrome c1, transmembrane anchor, C-terminal / : / Cytochrome b / Ubiquinol-cytochrome c reductase, iron-sulphur subunit / : / Cytochrome c1 / Cytochrome C1 family / : / Cytochrome b/b6, C-terminal / Cytochrome b(C-terminal)/b6/petD / Cytochrome b/b6 C-terminal region profile. / Peptidase M16, zinc-binding site / Insulinase family, zinc-binding region signature. / Cytochrome b/b6, C-terminal domain superfamily / Cytochrome b/b6/petB / Rieske iron-sulphur protein, C-terminal / Cytochrome b/b6, N-terminal / Cytochrome b/b6-like domain superfamily / Cytochrome b/b6 N-terminal region profile. / Di-haem cytochrome, transmembrane / Rieske iron-sulphur protein / Peptidase M16, C-terminal / Peptidase M16 inactive domain / Peptidase M16, N-terminal / Insulinase (Peptidase family M16) / Metalloenzyme, LuxS/M16 peptidase-like / Cytochrome c-like domain / Cytochrome Bc1 Complex; Chain D, domain 2 / Rieske [2Fe-2S] domain / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain / Rieske [2Fe-2S] iron-sulfur domain profile. / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain superfamily / Cytochrome c family profile. / Cytochrome c-like domain / Cytochrome c-like domain superfamily / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Helix Hairpins / Up-down Bundle / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / HEME C / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Cytochrome c1, heme protein, mitochondrial / Cytochrome b-c1 complex subunit 6, mitochondrial / Cytochrome b-c1 complex subunit 7 / Cytochrome b-c1 complex subunit 9 / Cytochrome b / Cytochrome b-c1 complex subunit 10 / Cytochrome b-c1 complex subunit 8 ...FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / HEME C / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Cytochrome c1, heme protein, mitochondrial / Cytochrome b-c1 complex subunit 6, mitochondrial / Cytochrome b-c1 complex subunit 7 / Cytochrome b-c1 complex subunit 9 / Cytochrome b / Cytochrome b-c1 complex subunit 10 / Cytochrome b-c1 complex subunit 8 / Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial / Cytochrome b-c1 complex subunit 2, mitochondrial / Cytochrome b-c1 complex subunit 1, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Iwata, S. / Lee, J.W. / Okada, K. / Lee, J.K. / Iwata, M. / Ramaswamy, S. / Jap, B.K.
引用ジャーナル: Science / 年: 1998
タイトル: Complete structure of the 11-subunit bovine mitochondrial cytochrome bc1 complex.
著者: Iwata, S. / Lee, J.W. / Okada, K. / Lee, J.K. / Iwata, M. / Rasmussen, B. / Link, T.A. / Ramaswamy, S. / Jap, B.K.
履歴
登録1998年5月19日処理サイト: BNL
改定 1.01999年1月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月3日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年10月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_conn_type / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CYTOCHROME BC1 COMPLEX
B: CYTOCHROME BC1 COMPLEX
C: CYTOCHROME BC1 COMPLEX
D: CYTOCHROME BC1 COMPLEX
E: CYTOCHROME BC1 COMPLEX
F: CYTOCHROME BC1 COMPLEX
G: CYTOCHROME BC1 COMPLEX
H: CYTOCHROME BC1 COMPLEX
I: CYTOCHROME BC1 COMPLEX
J: CYTOCHROME BC1 COMPLEX
K: CYTOCHROME BC1 COMPLEX
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)243,16415
ポリマ－241,13611
非ポリマー2,0274
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area37960 Å2
ΔGint-270 kcal/mol
Surface area90320 Å2
手法PISA
2
A: CYTOCHROME BC1 COMPLEX
B: CYTOCHROME BC1 COMPLEX
C: CYTOCHROME BC1 COMPLEX
D: CYTOCHROME BC1 COMPLEX
E: CYTOCHROME BC1 COMPLEX
F: CYTOCHROME BC1 COMPLEX
G: CYTOCHROME BC1 COMPLEX
H: CYTOCHROME BC1 COMPLEX
I: CYTOCHROME BC1 COMPLEX
J: CYTOCHROME BC1 COMPLEX
K: CYTOCHROME BC1 COMPLEX
ヘテロ分子

A: CYTOCHROME BC1 COMPLEX
B: CYTOCHROME BC1 COMPLEX
C: CYTOCHROME BC1 COMPLEX
D: CYTOCHROME BC1 COMPLEX
E: CYTOCHROME BC1 COMPLEX
F: CYTOCHROME BC1 COMPLEX
G: CYTOCHROME BC1 COMPLEX
H: CYTOCHROME BC1 COMPLEX
I: CYTOCHROME BC1 COMPLEX
J: CYTOCHROME BC1 COMPLEX
K: CYTOCHROME BC1 COMPLEX
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)486,32730
ポリマ－482,27222
非ポリマー4,0558
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation10_665-y+1,-x+1,-z+1/61
Buried area85290 Å2
ΔGint-602 kcal/mol
Surface area171280 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)211.200, 211.200, 339.280
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number179
Space group name H-MP6522

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要素

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CYTOCHROME BC1 ... , 11種, 11分子 ABCDEFGHIJK

#1: タンパク質 CYTOCHROME BC1 COMPLEX / UBIQUINOL CYTOCHROME C OXIDOREDUCTASE / COMPLEX III


分子量: 49266.254 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 細胞内の位置: MITOCHONDRIAL INNER MEMBRANE / 器官: HEART / Organelle: MITOCHONDRION / 組織: HEART MUSCLE / 参照: UniProt: P31800, quinol-cytochrome-c reductase
#2: タンパク質 CYTOCHROME BC1 COMPLEX / UBIQUINOL CYTOCHROME C OXIDOREDUCTASE / COMPLEX III


分子量: 46575.469 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 細胞内の位置: MITOCHONDRIAL INNER MEMBRANE / 器官: HEART / Organelle: MITOCHONDRION / 組織: HEART MUSCLE / 参照: UniProt: P23004, quinol-cytochrome-c reductase
#3: タンパク質 CYTOCHROME BC1 COMPLEX / UBIQUINOL CYTOCHROME C OXIDOREDUCTASE / COMPLEX III


分子量: 42620.340 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 細胞内の位置: MITOCHONDRIAL INNER MEMBRANE / 器官: HEART / Organelle: MITOCHONDRION / 組織: HEART MUSCLE / 参照: UniProt: P00157, quinol-cytochrome-c reductase
#4: タンパク質 CYTOCHROME BC1 COMPLEX / UBIQUINOL CYTOCHROME C OXIDOREDUCTASE / COMPLEX III


分子量: 27323.277 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 細胞内の位置: MITOCHONDRIAL INNER MEMBRANE / 器官: HEART / Organelle: MITOCHONDRION / 組織: HEART MUSCLE / 参照: UniProt: P00125, quinol-cytochrome-c reductase
#5: タンパク質 CYTOCHROME BC1 COMPLEX / UBIQUINOL CYTOCHROME C OXIDOREDUCTASE / COMPLEX III


分子量: 21640.580 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 細胞内の位置: MITOCHONDRIAL INNER MEMBRANE / 器官: HEART / Organelle: MITOCHONDRION / 組織: HEART MUSCLE / 参照: UniProt: P13272, quinol-cytochrome-c reductase
#6: タンパク質 CYTOCHROME BC1 COMPLEX / UBIQUINOL CYTOCHROME C OXIDOREDUCTASE / COMPLEX III


分子量: 13371.190 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 細胞内の位置: MITOCHONDRIAL INNER MEMBRANE / 器官: HEART / Organelle: MITOCHONDRION / 組織: HEART MUSCLE / 参照: UniProt: P00129, quinol-cytochrome-c reductase
#7: タンパク質 CYTOCHROME BC1 COMPLEX / UBIQUINOL CYTOCHROME C OXIDOREDUCTASE / COMPLEX III


分子量: 9606.027 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 細胞内の位置: MITOCHONDRIAL INNER MEMBRANE / 器官: HEART / Organelle: MITOCHONDRION / 組織: HEART MUSCLE / 参照: UniProt: P13271, quinol-cytochrome-c reductase
#8: タンパク質 CYTOCHROME BC1 COMPLEX / UBIQUINOL CYTOCHROME C OXIDOREDUCTASE / COMPLEX III


分子量: 9189.116 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 細胞内の位置: MITOCHONDRIAL INNER MEMBRANE / 器官: HEART / Organelle: MITOCHONDRION / 組織: HEART MUSCLE / 参照: UniProt: P00126, quinol-cytochrome-c reductase
#9: タンパク質 CYTOCHROME BC1 COMPLEX / UBIQUINOL CYTOCHROME C OXIDOREDUCTASE / COMPLEX III


分子量: 7964.259 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 細胞内の位置: MITOCHONDRIAL INNER MEMBRANE / 器官: HEART / Organelle: MITOCHONDRION / 組織: HEART MUSCLE / 参照: UniProt: P13272, quinol-cytochrome-c reductase
#10: タンパク質 CYTOCHROME BC1 COMPLEX / UBIQUINOL CYTOCHROME C OXIDOREDUCTASE / COMPLEX III


分子量: 7209.311 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 細胞内の位置: MITOCHONDRIAL INNER MEMBRANE / 器官: HEART / Organelle: MITOCHONDRION / 組織: HEART MUSCLE / 参照: UniProt: P00130, quinol-cytochrome-c reductase
#11: タンパク質 CYTOCHROME BC1 COMPLEX / UBIQUINOL CYTOCHROME C OXIDOREDUCTASE / COMPLEX III


分子量: 6370.390 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 細胞内の位置: MITOCHONDRIAL INNER MEMBRANE / 器官: HEART / Organelle: MITOCHONDRION / 組織: HEART MUSCLE / 参照: UniProt: P07552, quinol-cytochrome-c reductase

-
非ポリマー , 3種, 4分子

#12: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#13: 化合物 ChemComp-HEC / HEME C


分子量: 618.503 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H34FeN4O4
#14: 化合物 ChemComp-FES / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER


分子量: 175.820 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe2S2

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.3 %
結晶化pH: 6.6 / 詳細: pH 6.6
結晶化
*PLUS
手法: unknown
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
10.015 %n-dodecyl-beta-D-maltoside11
2100 mM11NaCl
36-8 %PEG400011

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID2 / 波長: 0.99
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年9月1日
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.99 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→40 Å / Num. obs: 79396 / % possible obs: 88.9 % / 冗長度: 2.8 % / Biso Wilson estimate: 37.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 12.6
反射 シェル解像度: 3→3.11 Å / Rmerge(I) obs: 0.266 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / % possible all: 76.8
反射
*PLUS
Num. measured all: 223182
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 76.8 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CCP4モデル構築
REFMAC精密化
CCP4位相決定
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 3→40 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.32 1460 2 %RANDOM
Rwork0.26 ---
obs-72948 81.7 %-
原子変位パラメータBiso mean: 30 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数16089 0 133 0 16222
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.010.01
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.0320.02
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.0570.05
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it3.4263
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it5.1133.5
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it5.9094
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it8.5685.5
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr0.02630.02
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr0.1980.15
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd0.2320.3
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd0.3250.3
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd0.2490.3
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor5.27
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor26.915
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor30.120
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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