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- PDB-1bda: CATALYTIC DOMAIN OF HUMAN SINGLE CHAIN TISSUE PLASMINOGEN ACTIVAT... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1bda
タイトルCATALYTIC DOMAIN OF HUMAN SINGLE CHAIN TISSUE PLASMINOGEN ACTIVATOR IN COMPLEX WITH DANSYL-EGR-CMK (DANSYL-GLU-GLY-ARG CHLOROMETHYL KETONE)
要素SINGLE CHAIN TISSUE TYPE PLASMINOGEN ACTIVATOR
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / TRYPSIN LIKE SERINE PROTEASE / FIBRINOLYTIC ENZYMES / PLASMINOGEN ACTIVATORS / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


t-plasminogen activator / trans-synaptic signaling by BDNF, modulating synaptic transmission / prevention of polyspermy / Signaling by PDGF / negative regulation of plasminogen activation / Dissolution of Fibrin Clot / smooth muscle cell migration / plasminogen activation / platelet-derived growth factor receptor signaling pathway / negative regulation of fibrinolysis ...t-plasminogen activator / trans-synaptic signaling by BDNF, modulating synaptic transmission / prevention of polyspermy / Signaling by PDGF / negative regulation of plasminogen activation / Dissolution of Fibrin Clot / smooth muscle cell migration / plasminogen activation / platelet-derived growth factor receptor signaling pathway / negative regulation of fibrinolysis / serine protease inhibitor complex / fibrinolysis / negative regulation of proteolysis / secretory granule / phosphoprotein binding / protein modification process / Schaffer collateral - CA1 synapse / blood coagulation / apical part of cell / response to hypoxia / signaling receptor binding / serine-type endopeptidase activity / glutamatergic synapse / cell surface / proteolysis / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Tissue plasminogen activator / Fibronectin type I domain / Fibronectin, type I / Fibronectin type-I domain signature. / Fibronectin type-I domain profile. / Fibronectin type 1 domain / EGF-like domain / Kringle domain / Kringle / Kringle, conserved site ...Tissue plasminogen activator / Fibronectin type I domain / Fibronectin, type I / Fibronectin type-I domain signature. / Fibronectin type-I domain profile. / Fibronectin type 1 domain / EGF-like domain / Kringle domain / Kringle / Kringle, conserved site / Kringle superfamily / Kringle domain signature. / Kringle domain profile. / Kringle domain / : / Kringle-like fold / EGF-like domain profile. / EGF-like domain signature 1. / EGF-like domain signature 2. / EGF-like domain / Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Trypsin-like serine proteases / Thrombin, subunit H / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
dansylglutamyl-glycyl-arginine chloromethyl ketone / Chem-2Z0 / Tissue-type plasminogen activator
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 3.35 Å
データ登録者Bode, W. / Renatus, M. / Engh, R.A.
引用
ジャーナル: EMBO J. / 年: 1997
タイトル: Lysine 156 promotes the anomalous proenzyme activity of tPA: X-ray crystal structure of single-chain human tPA.
著者: Renatus, M. / Engh, R.A. / Stubbs, M.T. / Huber, R. / Fischer, S. / Kohnert, U. / Bode, W.
#1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1997
タイトル: Catalytic Domain Structure of Vampire Bat Plasminogen Activator: A Molecular Paradigm for Proteolysis without Activation Cleavage
著者: Renatus, M. / Stubbs, M.T. / Huber, R. / Bringmann, P. / Donner, P. / Schleuning, W.D. / Bode, W.
#2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1996
タイトル: The 2.3 A Crystal Structure of the Catalytic Domain of Recombinant Two-Chain Human Tissue-Type Plasminogen Activator
著者: Lamba, D. / Bauer, M. / Huber, R. / Fischer, S. / Rudolph, R. / Kohnert, U. / Bode, W.
履歴
登録1998年5月7日処理サイト: BNL
改定 1.01999年5月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月22日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Atomic model / Database references ...Atomic model / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary / Version format compliance
改定 1.32012年12月12日Group: Other
改定 1.42023年8月2日Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / database_2 ...chem_comp / database_2 / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年10月16日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SINGLE CHAIN TISSUE TYPE PLASMINOGEN ACTIVATOR
B: SINGLE CHAIN TISSUE TYPE PLASMINOGEN ACTIVATOR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,7064
ポリマ－59,4512
非ポリマー1,2542
水34219
1
A: SINGLE CHAIN TISSUE TYPE PLASMINOGEN ACTIVATOR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,3532
ポリマ－29,7261
非ポリマー6271
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: SINGLE CHAIN TISSUE TYPE PLASMINOGEN ACTIVATOR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,3532
ポリマ－29,7261
非ポリマー6271
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)43.990, 80.780, 159.160
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.999957, -0.001563, -0.009178), (0.001411, -0.999863, 0.016518), (-0.009203, 0.016504, 0.999821)22.413, 64.0911, -0.2599
2given(-0.998807, -0.037285, -0.031526), (0.036553, -0.999055, 0.0235), (-0.032372, 0.02232, 0.999227)25.053, 63.2516, -0.2925

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要素

#1: タンパク質 SINGLE CHAIN TISSUE TYPE PLASMINOGEN ACTIVATOR / SC-TPA


分子量: 29725.654 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 298-562 / 変異: DELETION MUTANT / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00750, t-plasminogen activator
#2: 化合物 ChemComp-2Z0 / N-{[5-(dimethylamino)naphthalen-2-yl]sulfonyl}-L-alpha-glutamyl-N-[(1S)-4-{[amino(iminio)methyl]amino}-1-(chloroacetyl) butyl]glycinamide / DANSYL-EGRCMK / dansyl-Glu-Gly-Arg-chloromethyl-ketone


タイプ: peptide-like, Peptide-like / クラス: 阻害剤 / 分子量: 627.133 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C26H37ClN7O7S / 参照: dansylglutamyl-glycyl-arginine chloromethyl ketone
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 19 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
非ポリマーの詳細THE UNBOUND FORM OF THE INHIBITOR IS DANSYL-GLU-GLY-ARG-CMK-CHLOROMETHYLKETONE. UPON REACTION WITH ...THE UNBOUND FORM OF THE INHIBITOR IS DANSYL-GLU-GLY-ARG-CMK-CHLOROMETHYLKETONE. UPON REACTION WITH PROTEIN IT FORMS TWO COVALENT BONDS: 1) A COVALENT BOND TO SER 195 FORMING A HEMIKETAL AR7 AND 2) A COVALENT BOND TO NE2 OF HIS 57

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 48 %
結晶化pH: 8.2 / 詳細: pH 8.2
結晶
*PLUS
溶媒含有率: 50 %
結晶化
*PLUS
温度: 23 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
12.8 mg/mlprotein1drop
210 mMacetate1drop
30.1 Macetate1reservoir
40.2 M1reservoirMgCl2
58 %mPEG60001reservoir
64 %methane pentanediol1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 290 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH2R / 波長: 1.5418
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年6月13日
放射モノクロメーター: GRAPHITE(002) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→25 Å / Num. obs: 9414 / % possible obs: 86.7 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.147 / Net I/σ(I): 3.6
反射 シェル解像度: 3.1→3.18 Å / 冗長度: 1.7 % / Rmerge(I) obs: 0.63 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / % possible all: 55.2
反射
*PLUS
Num. measured all: 27265
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 55.2 % / Rmerge(I) obs: 0.63

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
ROTAGRデータ削減
X-PLOR3.851モデル構築
X-PLOR3.851精密化
ROTAGRデータスケーリング
X-PLOR3.851位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1RTF

1rtf


解像度: 3.35→7 Å / Data cutoff high absF: 100000 / Data cutoff low absF: 0.25 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: NO FREE R-FACTOR / σ(F): 2 /
反射数%反射
obs6845 81 %
原子変位パラメータBiso mean: 26.1 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.35→7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4170 0 82 19 4271
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.671
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d25.74
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.386
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it2.09
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it3.581
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it2.661
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it4.228
LS精密化 シェル解像度: 3.25→3.35 Å / Total num. of bins used: 10 /
Rfactor反射数%反射
Rwork0.311 240 -
obs--29 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PARHCSDX.PROTOPHCSDX.PRO
X-RAY DIFFRACTION2PARAM19.SOL
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.851 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor obs: 0.2037
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg25.745
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.386

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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