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- PDB-1bd6: 7-FE FERREDOXIN FROM BACILLUS SCHLEGELII, NMR, MINIMIZED AVERAGE ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1bd6
タイトル7-FE FERREDOXIN FROM BACILLUS SCHLEGELII, NMR, MINIMIZED AVERAGE STRUCTURE
要素7-FE FERREDOXIN
キーワードELECTRON TRANSPORT / IRON-SULFUR
機能・相同性
機能・相同性情報


3 iron, 4 sulfur cluster binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / electron transfer activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
7Fe ferredoxin / : / 4Fe-4S binding domain / Alpha-Beta Plaits - #20 / 4Fe-4S ferredoxin, iron-sulphur binding, conserved site / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding region signature. / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 4Fe-4S ferredoxin-type, iron-sulphur binding domain / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FE3-S4 CLUSTER / IRON/SULFUR CLUSTER / Ferredoxin 7Fe
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus schlegelii (バクテリア)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics
データ登録者Aono, S. / Bentrop, D. / Bertini, I. / Donaire, A. / Luchinat, C. / Niikura, Y. / Rosato, A.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 1998
タイトル: Solution structure of the oxidized Fe7S8 ferredoxin from the thermophilic bacterium Bacillus schlegelii by 1H NMR spectroscopy.
著者: Aono, S. / Bentrop, D. / Bertini, I. / Donaire, A. / Luchinat, C. / Niikura, Y. / Rosato, A.
#1: ジャーナル: J.Biol.Inorg.Chem. / 年: 1996
タイトル: 1H NMR Studies of the Fe7S8 Ferredoxin from Bacillus Schlegelii: A Further Attempt to Understand Fe3S4 Clusters
著者: Aono, S. / Bertini, I. / Cowan, J.A. / Luchinat, C. / Rosato, A. / Viezzoli, M.S.
#2: ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 1994
タイトル: Cloning and Expression of the Gene Encoding the 7Fe Type Ferredoxin from a Thermophilic Hydrogen Oxidizing Bacterium, Bacillus Schlegelii
著者: Aono, S. / Nakamura, S. / Aono, R. / Okura, I.
#3: ジャーナル: J.Biochem.(Tokyo) / 年: 1992
タイトル: Purification and Characterization of a 7Fe Ferredoxin from a Thermophilic Hydrogen-Oxidizing Bacterium, Bacillus Schlegelii
著者: Aono, S. / Kurita, H. / Uno, S. / Okura, I.
履歴
登録1998年5月6日処理サイト: BNL
改定 1.01998年6月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年2月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 7-FE FERREDOXIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,3983
ポリマ－8,7511
非ポリマー6472
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)1 / 300
代表モデル

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要素

#1: タンパク質 7-FE FERREDOXIN


分子量: 8750.828 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus schlegelii (バクテリア)
プラスミド: PKKFD54 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM 109 / 参照: UniProt: Q45560
#2: 化合物 ChemComp-F3S / FE3-S4 CLUSTER


分子量: 295.795 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe3S4
#3: 化合物 ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
111NOESY
121TOCSY
131DQF-COSY

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試料調製

試料状態pH: 6.5 / 温度: 288 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AMX600BrukerAMX6005001
Bruker DRX 500BrukerDRX 5006002

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解析

ソフトウェア
名称分類
DYANAモデル構築
AMBER精密化
DYANA精密化
NMR software
名称バージョン開発者分類
Amber4.1PEARLMAN,CASE,CALDWELL,ROSS,CHEATHAM, FERGUSON,SEIBEL,SINGH,WEINER,KOLLMAN精密化
DYANA構造決定
精密化手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1
詳細: THE STRUCTURE CALCULATIONS WERE CARRIED OUT WITH THE PROGRAM DYANA (BY GUNTERT,MUMENTHALER,WUTHRICH). THE 20 STRUCTURES OF THE DYANA FAMILY WITH THE LOWEST TARGET FUNCTION VALUES WERE REFINED ...詳細: THE STRUCTURE CALCULATIONS WERE CARRIED OUT WITH THE PROGRAM DYANA (BY GUNTERT,MUMENTHALER,WUTHRICH). THE 20 STRUCTURES OF THE DYANA FAMILY WITH THE LOWEST TARGET FUNCTION VALUES WERE REFINED BY RESTRAINED ENERGY MINIMIZATION (REM) AND RESTRAINED MOLECULAR DYNAMICS (RMD) IN VACUO. THE STRUCTURE IN THIS ENTRY REPRESENTS THE MINIMIZED AVERAGE STRUCTURE OF THE RMD FAMILY. REFINEMENT DETAILS CAN BE FOUND IN THE JRNL CITATION ABOVE.
NMRアンサンブル計算したコンフォーマーの数: 300 / 登録したコンフォーマーの数: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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