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万見
- PDB-1bd4: UPRT-URACIL COMPLEX -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1bd4
タイトルUPRT-URACIL COMPLEX
要素URACIL PHOSPHORIBOSYLTRANSFERASE
キーワードTRANSFERASE / UPRT / URACIL / GLYCOSYLTRANSFERASE / COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


ribosylnicotinamide kinase activity / uracil phosphoribosyltransferase / uracil phosphoribosyltransferase activity / UMP salvage / chloroplast / GTP binding
類似検索 - 分子機能
Uracil phosphoribosyltransferase / Rossmann fold - #2020 / Phosphoribosyltransferase-like / Phosphoribosyltransferase domain / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / URACIL / Uracil phosphoribosyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
手法X線回折 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Schumacher, M.A. / Carter, D. / Scott, D. / Roos, D. / Ullman, B. / Brennan, R.G.
引用ジャーナル: EMBO J. / 年: 1998
タイトル: Crystal structures of Toxoplasma gondii uracil phosphoribosyltransferase reveal the atomic basis of pyrimidine discrimination and prodrug binding.
著者: Schumacher, M.A. / Carter, D. / Scott, D.M. / Roos, D.S. / Ullman, B. / Brennan, R.G.
履歴
登録1998年5月12日処理サイト: BNL
改定 1.01999年5月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月25日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
D: URACIL PHOSPHORIBOSYLTRANSFERASE
C: URACIL PHOSPHORIBOSYLTRANSFERASE
B: URACIL PHOSPHORIBOSYLTRANSFERASE
A: URACIL PHOSPHORIBOSYLTRANSFERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)111,44116
ポリマ－110,2334
非ポリマー1,20812
水4,324240
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area15350 Å2
ΔGint-83 kcal/mol
Surface area34440 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)60.390, 141.770, 71.460
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 114.82, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
URACIL PHOSPHORIBOSYLTRANSFERASE / UPRTASE


分子量: 27558.246 Da / 分子数: 4 / 変異: C128V / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q26998, uracil phosphoribosyltransferase
#2: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 化合物
ChemComp-URA / URACIL / ウラシル


分子量: 112.087 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H4N2O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 240 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
非ポリマーの詳細THE STRUCTURE HAS TWO PHOSPHATE MOLECULES (USED IN CRYSTALLIZATION). ONE PHOSPHATE FOUND IN THE ...THE STRUCTURE HAS TWO PHOSPHATE MOLECULES (USED IN CRYSTALLIZATION). ONE PHOSPHATE FOUND IN THE ACTIVE SITE NEAR HELIX 5. THERE IS A URACIL MOLECULE BOUND IN EACH SUBUNIT.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.14 %
結晶
*PLUS
溶媒含有率: 49 %
結晶化
*PLUS
pH: 7.6 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
110 mMTris-HCl1drop
210 mMdithiothreitol1drop
325-40 mg/mlprotein1drop
41.0 Mammonium phosphate1reservoir
50.1 Mcitrate1reservoir
60.2 M1reservoirNaCl

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K
検出器日付: 1997年1月1日
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射最高解像度: 2.2 Å
反射
*PLUS
最高解像度: 2.2 Å / 最低解像度: 10 Å / Num. obs: 53303 / % possible obs: 87 % / Num. measured all: 111427 / Rmerge(I) obs: 0.052
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.16 Å / 最低解像度: 2.23 Å / Mean I/σ(I) obs: 3.9

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解析

ソフトウェア名称: TNT / 分類: 精密化
精密化解像度: 2.2→10 Å / σ(F): 1
詳細: THERE IS A TETRAMER (CHAINS A, B, C, D) IN THE ASYMMETRIC UNIT. THERE ARE FOUR IN THE ASYMMETRIC UNIT FOR SPACE GROUP P21. P21 SPACE GROUP CAN BE TRANSFORMED TO C2221. SOLVED AS P21 FOR ...詳細: THERE IS A TETRAMER (CHAINS A, B, C, D) IN THE ASYMMETRIC UNIT. THERE ARE FOUR IN THE ASYMMETRIC UNIT FOR SPACE GROUP P21. P21 SPACE GROUP CAN BE TRANSFORMED TO C2221. SOLVED AS P21 FOR TECHNICAL REASONS. THE N-TERMINAL MET IS CLEAVED OFF IN ESCHERICHIA COLI. RESIDUES 2 THROUGH 20 ARE DISORDERED AND NOT INCLUDED. STRUCTURE INCLUDES RESIDUES 21 TO 244 OF EACH MONOMER. THERE IS A TETRAMER (CHAINS A, B, C, D) IN THE ASYMMETRIC UNIT. THERE ARE FOUR IN THE ASYMMETRIC UNIT FOR SPACE GROUP P21. P21 SPACE GROUP CAN BE TRANSFORMED TO C2221. SOLVED AS P21 FOR TECHNICAL REASONS.
Rfactor反射数%反射
Rwork0.194 --
obs-53303 87 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7152 0 72 241 7465
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.011
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.903
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_it
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
精密化
*PLUS
Rfactor obs: 0.181
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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