+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1bbw | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | LYSYL-TRNA SYNTHETASE (LYSS) | ||||||
![]() | PROTEIN (LYSYL-TRNA SYNTHETASE) | ||||||
![]() | LIGASE / AMINOACYL-TRNA SYNTHETASE / PROTEIN BIOSYNTHESIS | ||||||
機能・相同性 | ![]() ATP:ADP adenylyltransferase activity / lysine-tRNA ligase / lysine-tRNA ligase activity / lysyl-tRNA aminoacylation / diadenosine tetraphosphate biosynthetic process / tRNA aminoacylation for protein translation / aminoacyl-tRNA synthetase multienzyme complex / positive regulation of macrophage activation / ligase activity / tRNA binding ...ATP:ADP adenylyltransferase activity / lysine-tRNA ligase / lysine-tRNA ligase activity / lysyl-tRNA aminoacylation / diadenosine tetraphosphate biosynthetic process / tRNA aminoacylation for protein translation / aminoacyl-tRNA synthetase multienzyme complex / positive regulation of macrophage activation / ligase activity / tRNA binding / magnesium ion binding / protein homodimerization activity / extracellular space / ATP binding / membrane / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Onesti, S. / Desogus, G. / Brevet, A. / Chen, J. / Plateau, P. / Blanquet, S. / Brick, P. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural studies of lysyl-tRNA synthetase: conformational changes induced by substrate binding. 著者: Onesti, S. / Desogus, G. / Brevet, A. / Chen, J. / Plateau, P. / Blanquet, S. / Brick, P. #1: ![]() タイトル: Crystal Structure of the Lysyl-tRNA Synthetase (Lysu) from Escherichia Coli 著者: Onesti, S. / Miller, A.D. / Brick, P. #2: ![]() タイトル: Comparison of the Enzymatic Properties of Two Escherichia Coli Lysyl-tRNA Synthetase Species 著者: Brevet, A. / Chen, J. / Leveque, F. / Blanquet, S. / Plateau, P. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 106.9 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 81.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 413.5 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 425.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 20.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 28.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 | ![]()
| ||||||||
単位格子 |
|
-
要素
#1: タンパク質 | 分子量: 57546.066 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
---|---|
#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.31 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
結晶化 | pH: 7.5 / 詳細: pH 7.5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶 | *PLUS 溶媒含有率: 68 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 4 ℃ / pH: 8 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
|
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年7月1日 / 詳細: MIRROR |
放射 | モノクロメーター: SILICON CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.88 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.7→20 Å / Num. obs: 25416 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.056 / Rsym value: 0.056 / Net I/σ(I): 8.7 |
反射 シェル | 解像度: 2.7→2.84 Å / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.26 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / Rsym value: 0.26 / % possible all: 99.2 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 108202 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 99.2 % / Rmerge(I) obs: 0.26 |
-
解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1LYL 解像度: 2.7→15 Å / Rfactor Rfree error: 0.009 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 詳細: BULK SOLVENT CORRECTION APPLIED
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Luzzati d res low obs: 15 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.7→15 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 2.7→2.82 Å / Rfactor Rfree error: 0.04 / Total num. of bins used: 8
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Xplor file |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ソフトウェア | *PLUS 名称: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.7 Å / 最低解像度: 15 Å / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 5 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | *PLUS 最高解像度: 2.7 Å / Rfactor Rfree: 0.446 / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor Rwork: 0.451 |