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万見
- PDB-1b9x: STRUCTURAL ANALYSIS OF PHOSDUCIN AND ITS PHOSPHORYLATION-REGULATE... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1b9x
タイトルSTRUCTURAL ANALYSIS OF PHOSDUCIN AND ITS PHOSPHORYLATION-REGULATED INTERACTION WITH TRANSDUCIN
要素
  • (PROTEIN (TRANSDUCIN)) x 2
  • PROTEIN (PHOSDUCIN)
キーワードSIGNALING PROTEIN / PHOSDUCIN / TRANSDUCIN / BETA-GAMMA / SIGNAL TRANSDUCTION / REGULATION / PHOSPHORYLATION / G PROTEINS / THIOREDOXIN / VISION / MEKA / COMPLEX (TRANSDUCER- TRANSDUCTION)
機能・相同性
機能・相同性情報


Olfactory Signaling Pathway / Sensory perception of sweet, bitter, and umami (glutamate) taste / Synthesis, secretion, and inactivation of Glucagon-like Peptide-1 (GLP-1) / Inactivation, recovery and regulation of the phototransduction cascade / Activation of the phototransduction cascade / regulation of G protein-coupled receptor signaling pathway / Activation of G protein gated Potassium channels / G-protein activation / G beta:gamma signalling through PI3Kgamma / Prostacyclin signalling through prostacyclin receptor ...Olfactory Signaling Pathway / Sensory perception of sweet, bitter, and umami (glutamate) taste / Synthesis, secretion, and inactivation of Glucagon-like Peptide-1 (GLP-1) / Inactivation, recovery and regulation of the phototransduction cascade / Activation of the phototransduction cascade / regulation of G protein-coupled receptor signaling pathway / Activation of G protein gated Potassium channels / G-protein activation / G beta:gamma signalling through PI3Kgamma / Prostacyclin signalling through prostacyclin receptor / G beta:gamma signalling through PLC beta / ADP signalling through P2Y purinoceptor 1 / Thromboxane signalling through TP receptor / Presynaptic function of Kainate receptors / G beta:gamma signalling through CDC42 / Inhibition of voltage gated Ca2+ channels via Gbeta/gamma subunits / Glucagon-type ligand receptors / G alpha (12/13) signalling events / G beta:gamma signalling through BTK / ADP signalling through P2Y purinoceptor 12 / Adrenaline,noradrenaline inhibits insulin secretion / Cooperation of PDCL (PhLP1) and TRiC/CCT in G-protein beta folding / Thrombin signalling through proteinase activated receptors (PARs) / Ca2+ pathway / Extra-nuclear estrogen signaling / G alpha (z) signalling events / G alpha (s) signalling events / G alpha (q) signalling events / G alpha (i) signalling events / Glucagon-like Peptide-1 (GLP1) regulates insulin secretion / Vasopressin regulates renal water homeostasis via Aquaporins / photoreceptor outer segment / photoreceptor inner segment / visual perception / photoreceptor disc membrane / cellular response to catecholamine stimulus / adenylate cyclase-activating dopamine receptor signaling pathway / cellular response to prostaglandin E stimulus / G-protein beta-subunit binding / heterotrimeric G-protein complex / signaling receptor complex adaptor activity / G protein-coupled receptor signaling pathway / membrane / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Phosducin, domain 2 / Phosducin; domain 2 / Phosducin / Phosducin, N-terminal domain superfamily / : / Phosducin, thioredoxin-like domain / Phosducin / Transducin (heterotrimeric G protein), gamma chain / G Protein Gi Gamma 2 / YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase ...Phosducin, domain 2 / Phosducin; domain 2 / Phosducin / Phosducin, N-terminal domain superfamily / : / Phosducin, thioredoxin-like domain / Phosducin / Transducin (heterotrimeric G protein), gamma chain / G Protein Gi Gamma 2 / YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase / 7 Propeller / Methylamine Dehydrogenase; Chain H / Glutaredoxin / Glutaredoxin / G-protein, gamma subunit / G-protein gamma subunit domain profile. / G-protein gamma-like domain / G-protein gamma-like domain superfamily / GGL domain / G protein gamma subunit-like motifs / GGL domain / Guanine nucleotide-binding protein, beta subunit / G-protein, beta subunit / Few Secondary Structures / Irregular / Thioredoxin-like superfamily / G-protein beta WD-40 repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD domain, G-beta repeat / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GADOLINIUM ATOM / Guanine nucleotide-binding protein G(T) subunit gamma-T1 / Phosducin / Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Gaudet, R. / Sigler, P.B.
引用
ジャーナル: Mol.Cell / 年: 1999
タイトル: A molecular mechanism for the phosphorylation-dependent regulation of heterotrimeric G proteins by phosducin.
著者: Gaudet, R. / Savage, J.R. / McLaughlin, J.N. / Willardson, B.M. / Sigler, P.B.
#1: ジャーナル: Nature / 年: 1996
タイトル: Crystal structure of a G-protein beta gamma dimer at 2.1A resolution.
著者: Sondek, J. / Bohm, A. / Lambright, D.G. / Hamm, H.E. / Sigler, P.B.
履歴
登録1999年2月16日処理サイト: RCSB
改定 1.01999年2月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月26日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32019年11月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / struct_ref_seq_dif
Item: _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42023年8月9日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTEIN (TRANSDUCIN)
B: PROTEIN (TRANSDUCIN)
C: PROTEIN (PHOSDUCIN)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,6199
ポリマ－73,6763
非ポリマー9446
水32418
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10030 Å2
ΔGint-93 kcal/mol
Surface area25460 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)76.040, 89.330, 100.150
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Cell settingorthorhombic
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 PROTEIN (TRANSDUCIN) / GT BETA


分子量: 37430.957 Da / 分子数: 1 / 断片: LYS-C RESISTANT FRAGMENT, THE BETA SUBUNIT / 由来タイプ: 天然 / 詳細: PURIFIED FROM BOVINE ROD OUTER SEGMENTS / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 細胞内の位置: ROD OUTER SEGMENTS / 器官: EYE / 組織: RETINA / 参照: UniProt: P62871
#2: タンパク質 PROTEIN (TRANSDUCIN) / GT GAMMA


分子量: 8040.304 Da / 分子数: 1
断片: LYS-C RESISTANT FRAGMENT, THE GAMMA SUBUNIT CLEAVED AFTER RESIDUE 68
由来タイプ: 天然 / 詳細: PURIFIED FROM BOVINE ROD OUTER SEGMENTS / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 細胞内の位置: ROD OUTER SEGMENTS / 器官: EYE / 組織: RETINA / 参照: UniProt: P02698
#3: タンパク質 PROTEIN (PHOSDUCIN) / MEKA / PP33


分子量: 28204.309 Da / 分子数: 1 / Mutation: S73E / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ)
解説: N-TERMINAL EXTENSION OF THE SEQUENCE MGSSHHHHHHSSGLVPRGSH.
細胞内の位置: CYTOSOLIC / 遺伝子: RAT PDC / 器官: PINEAL GLAND, RETINA / プラスミド: PET15B/S73E / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 遺伝子 (発現宿主): RAT PDC / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P20942
#4: 化合物
ChemComp-GD / GADOLINIUM ATOM / ガドリニウム


分子量: 157.250 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Gd
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細PHOSPHORYLATION SITE S73 IN PHOSDUCIN IS MUTATED TO GLUTAMATE (S73E) IN THIS STRUCTURE BUT IS NOT ...PHOSPHORYLATION SITE S73 IN PHOSDUCIN IS MUTATED TO GLUTAMATE (S73E) IN THIS STRUCTURE BUT IS NOT VISIBLE IN THE ELECTRON DENSITY MAPS.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 47 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1SODIUM CITRATE11
2MAGNESIUM ACETATE11
3PEG 800011
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
15 mg/mlprotein1drop
20.5 mMDTT1drop
325 mMsodium citrate1drop
475 mMmagnesium acetate1drop
54.75 %PEG80001drop
650 mMsodium citrate1reservoir
7150 mMmagnesium acetate1reservoir
89.5 %PEG80001reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: F1 / 波長: 0.9188
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 1998年1月15日 / 詳細: MIRRORS
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9188 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→50 Å / Num. obs: 13631 / % possible obs: 98.4 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.5 % / Rsym value: 0.126 / Net I/σ(I): 11.9
反射 シェル解像度: 3→3.09 Å / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / Rsym value: 0.418 / % possible all: 98.2

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解析

ソフトウェア
名称分類
CNS精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2TRC

2trc


解像度: 3→50 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Isotropic thermal model: GROUP / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
詳細: DISORDERED REGION IN PHOSDUCIN FROM RESIDUE 37 - 38 WAS MODELED STEREOCHEMICALLY AS A POLYALANINE CHAIN. DISORDERED REGION IN PHOSDUCIN FROM RESIDUE 39 - 86 WAS NOT VISIBLE IN THE MAPS AND WAS NOT MODELLED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.261 1205 9.6 %RANDOM
Rwork0.217 ---
obs-12540 90.4 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 25.07 Å2 / ksol: 0.31 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 57.8 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--20.1 Å20 Å20 Å2
2---7.22 Å20 Å2
3---27.33 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.42 Å0.34 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.52 Å0.47 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4515 0 6 18 4539
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.7
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d23.9
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d0.81
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 3→3.19 Å / Rfactor Rfree error: 0.024 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.307 166 10.5 %
Rwork0.287 1420 -
obs--68.3 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION3PARAM.GDTOPO.GD
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 0.4 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 3 Å / 最低解像度: 50 Å / Num. reflection all: 13659 / σ(F): 2 / % reflection Rfree: 9.6 % / Rfactor all: 0.23 / Rfactor obs: 0.217
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 57.8 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.7
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg23.9
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.81
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
LS精密化 シェル
*PLUS
最高解像度: 3 Å / Rfactor Rfree: 0.316 / % reflection Rfree: 10.5 % / Rfactor Rwork: 0.287 / Num. reflection obs: 1754 / Rfactor all: 0.32 / Rfactor obs: 0.287

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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