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- PDB-1b9p: NMR STRUCTURE OF HEPARIN BINDING SITE OF NON COLLAGENOUS DOMAIN I... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1b9p
タイトルNMR STRUCTURE OF HEPARIN BINDING SITE OF NON COLLAGENOUS DOMAIN I (NC1) OF COLLAGEN FACIT XIV
要素PROTEIN (COLLAGEN ALPHA 1)
キーワードCOLLAGEN FACIT XIV / HEPARIN-BINDING SITE / NC1
機能・相同性
機能・相同性情報


interstitial matrix / collagen trimer / cell adhesion / extracellular region
類似検索 - 分子機能
: / : / Thrombospondin N-terminal -like domains. / Collagen triple helix repeat / Collagen triple helix repeat (20 copies) / von Willebrand factor type A domain / von Willebrand factor (vWF) type A domain / VWFA domain profile. / von Willebrand factor, type A / von Willebrand factor A-like domain superfamily ...: / : / Thrombospondin N-terminal -like domains. / Collagen triple helix repeat / Collagen triple helix repeat (20 copies) / von Willebrand factor type A domain / von Willebrand factor (vWF) type A domain / VWFA domain profile. / von Willebrand factor, type A / von Willebrand factor A-like domain superfamily / Fibronectin type III domain / Fibronectin type 3 domain / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Collagen alpha-1(XIV) chain
類似検索 - 構成要素
生物種synthetic construct (人工物)
手法溶液NMR / distance geometry
データ登録者Montserret, R. / Deleage, G. / Penin, F.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 1999
タイトル: Structural analysis of the heparin-binding site of the NC1 domain of collagen XIV by CD and NMR.
著者: Montserret, R. / Aubert-Foucher, E. / McLeish, M.J. / Hill, J.M. / Ficheux, D. / Jaquinod, M. / van der Rest, M. / Deleage, G. / Penin, F.
#1: ジャーナル: Matrix Biol. / 年: 1998
タイトル: Identification and characterization of a heparin binding site within the NC1 domain of chicken collagen XIV.
著者: Giry-Lozinguez, C. / Aubert-Foucher, E. / Penin, F. / Deleage, G. / Dublet, B. / van der Rest, M.
履歴
登録1999年2月15日登録サイト: PDBE / 処理サイト: RCSB
改定 1.01999年2月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月26日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32019年11月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Source and taxonomy
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / pdbx_entity_src_syn / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title ..._citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name / _pdbx_entity_src_syn.ncbi_taxonomy_id / _pdbx_entity_src_syn.organism_scientific / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42023年12月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTEIN (COLLAGEN ALPHA 1)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,0211
ポリマ－4,0211
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)1 / 50NO RESTRAINT VIOLATION
代表モデル

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要素

#1: タンパク質・ペプチド PROTEIN (COLLAGEN ALPHA 1) / ALPHA 1 TYPE XIV COLLAGEN


分子量: 4020.755 Da / 分子数: 1 / 断片: FRAGMENT 84-116 OF NC1 (HEPARIN BINDING SITE) / 変異: E1C / 由来タイプ: 合成
詳細: THE PROTEIN WAS CHEMICALLY SYNTHESIZED. THE SEQUENCE OF THIS PROTEIN IS NATURALLY FOUND EXTRACELLULARLY IN THE EMBRYO OF GALLUS GALLUS (CHICKEN).
由来: (合成) synthetic construct (人工物) / 参照: UniProt: P32018

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
111NOESY
121TOCSY
NMR実験の詳細Text: AVERAGED STRUCTURE

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試料調製

試料状態pH: 6 / 圧: 1 atm / 温度: 293 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Varian UNITYPLUS / 製造業者: Varian / モデル: UNITYPLUS / 磁場強度: 500 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
X-PLOR3.1BRUNGER精密化
VNMR構造決定
精密化手法: distance geometry / ソフトェア番号: 1
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: NO RESTRAINT VIOLATION
計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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