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- PDB-1b96: ANALYSIS OF A MUTATIONAL HOT-SPOT IN THE ECORV RESTRICTION ENDONU... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1b96
タイトルANALYSIS OF A MUTATIONAL HOT-SPOT IN THE ECORV RESTRICTION ENDONUCLEASE: A CATALYTIC ROLE FOR A MAIN CHAIN CARBONYL GROUP
要素
  • DNA (5'-D(*AP*AP*AP*GP*AP*TP*AP*TP*CP*TP*T)-3')
  • RESTRICTION ENDONUCLEASE ECORV
キーワードHYDROLASE/DNA / ENDONUCLEASE / RESTRICTION / ECORV / HYDROLASE-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


type II site-specific deoxyribonuclease / type II site-specific deoxyribonuclease activity / DNA restriction-modification system / DNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Restriction endonuclease, type II, EcoRV / Restriction endonuclease, type II, EcoRV, Proteobacteria / Restriction endonuclease EcoRV / DNA mismatch repair MutH/Restriction endonuclease, type II / DNA mismatch repair MutH/Type II restriction endonuclease superfamily / ECO RV Endonuclease; Chain A / Restriction endonuclease type II-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Type II restriction enzyme EcoRV
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Thomas, M.P. / Halford, S.E. / Brady, R.L.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 1999
タイトル: Structural analysis of a mutational hot-spot in the EcoRV restriction endonuclease: a catalytic role for a main chain carbonyl group.
著者: Thomas, M.P. / Brady, R.L. / Halford, S.E. / Sessions, R.B. / Baldwin, G.S.
履歴
登録1999年2月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: RCSB
改定 1.01999年2月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月26日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年3月7日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.source
改定 1.42021年11月3日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.52023年8月9日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: DNA (5'-D(*AP*AP*AP*GP*AP*TP*AP*TP*CP*TP*T)-3')
D: DNA (5'-D(*AP*AP*AP*GP*AP*TP*AP*TP*CP*TP*T)-3')
A: RESTRICTION ENDONUCLEASE ECORV
B: RESTRICTION ENDONUCLEASE ECORV


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,8334
ポリマ－63,8334
非ポリマー00
水5,026279
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)48.350, 48.780, 63.640
Angle α, β, γ (deg.)96.61, 108.94, 107.44
Int Tables number1
Cell settingtriclinic
Space group name H-MP1

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要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*AP*AP*AP*GP*AP*TP*AP*TP*CP*TP*T)-3')


分子量: 3356.235 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#2: タンパク質 RESTRICTION ENDONUCLEASE ECORV / E.C.3.1.21.4


分子量: 28560.143 Da / 分子数: 2 / Mutation: Q69E / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 細胞内の位置: CYTOPLASM / 遺伝子: ECORVR / プラスミド: PBSKRV / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P04390, type II site-specific deoxyribonuclease
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 279 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.13 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1PHOSPHATE BUFFER11
2NACL11
3EDTA11
4NAN311
5DTT11
6SODIUM CACODYLATE11
7PEG 400011
結晶化
*PLUS
温度: 18 ℃ / pH: 7.5
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
115 mg/mlprotein1drop0.260mM dimer
210 mMphosphate1droppH7.5
3250 mM1dropNaCl
41 mMEDTA1drop
50.1 mMdithiothreitol1drop
60.1 %(w/v)sodium azide1drop
73 mg/mlDNA1drop0.460mM
810 mMcacodylic1droppH6.0
90.8-1.4 %(w/v)PEG40001drop

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: SIEMENS / 波長: 1.5418
検出器タイプ: MACSCIENCE / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年1月15日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: NI FILTER / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→12.5 Å / Num. obs: 21703 / % possible obs: 96.5 % / 冗長度: 1.56 % / Biso Wilson estimate: 29.18 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.099 / Net I/σ(I): 7.1
反射 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 1.61 % / Rmerge(I) obs: 0.303 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / % possible all: 94.8
反射
*PLUS
Num. measured all: 148523
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 94.8 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
AMoRE位相決定
REFMAC精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1RVA

1rva


解像度: 2.3→12.5 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.282 2170 10 %RANDOM
Rwork0.189 ---
all-21703 --
obs-21703 96.5 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→12.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4054 446 0 279 4779
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.0110.02
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d2.4260.023
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor
ソフトウェア
*PLUS
名称: REFMAC / 分類: refinement
精密化
*PLUS
σ(F): 0 / % reflection Rfree: 10 % / Rfactor obs: 0.189
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
タイプ: p_bond_d / Dev ideal target: 0.02

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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