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万見
- PDB-1b8k: Neurotrophin-3 from Human -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1b8k
タイトルNeurotrophin-3 from Human
要素PROTEIN (NEUROTROPHIN-3)
キーワードHORMONE/GROWTH FACTOR / COMPLEX (GROWTH FACTOR-GROWTH FACTOR) / NEUROTROPHIN / HORMONE-GROWTH FACTOR COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


NTF3 activates NTRK3 signaling / NTF3 activates NTRK2 (TRKB) signaling / Activated NTRK3 signals through PLCG1 / Signaling by NTRK3 (TRKC) / nerve growth factor receptor binding / nerve growth factor signaling pathway / nerve development / induction of positive chemotaxis / Activated NTRK3 signals through PI3K / chemoattractant activity ...NTF3 activates NTRK3 signaling / NTF3 activates NTRK2 (TRKB) signaling / Activated NTRK3 signals through PLCG1 / Signaling by NTRK3 (TRKC) / nerve growth factor receptor binding / nerve growth factor signaling pathway / nerve development / induction of positive chemotaxis / Activated NTRK3 signals through PI3K / chemoattractant activity / positive regulation of receptor internalization / Activated NTRK3 signals through RAS / cell surface receptor protein tyrosine kinase signaling pathway / neuron projection morphogenesis / growth factor activity / modulation of chemical synaptic transmission / Constitutive Signaling by Aberrant PI3K in Cancer / synaptic vesicle / nervous system development / cell-cell signaling / PIP3 activates AKT signaling / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / regulation of apoptotic process / negative regulation of neuron apoptotic process / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / positive regulation of MAPK cascade / positive regulation of cell migration / axon / signaling receptor binding / positive regulation of cell population proliferation / dendrite / signal transduction / extracellular space / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Neurotrophin-3 / Neutrophin-3, N-terminal / Neutrophin-3 N-terminus / Nerve growth factor-related / Nerve growth factor conserved site / Nerve growth factor-like / Nerve growth factor family / Nerve growth factor family signature. / Nerve growth factor family profile. / Nerve growth factor (NGF or beta-NGF) ...Neurotrophin-3 / Neutrophin-3, N-terminal / Neutrophin-3 N-terminus / Nerve growth factor-related / Nerve growth factor conserved site / Nerve growth factor-like / Nerve growth factor family / Nerve growth factor family signature. / Nerve growth factor family profile. / Nerve growth factor (NGF or beta-NGF) / Cystine Knot Cytokines, subunit B / Cystine-knot cytokines / Cystine-knot cytokine / Ribbon / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Robinson, R.C. / Radziejewski, C. / Stuart, D.I. / Jones, E.Y. / Choe, S.
引用
ジャーナル: Protein Sci. / 年: 1999
タイトル: The structures of the neurotrophin 4 homodimer and the brain-derived neurotrophic factor/neurotrophin 4 heterodimer reveal a common Trk-binding site.
著者: Robinson, R.C. / Radziejewski, C. / Spraggon, G. / Greenwald, J. / Kostura, M.R. / Burtnick, L.D. / Stuart, D.I. / Choe, S. / Jones, E.Y.
#1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1993
タイトル: Heterodimers of the Neurotrophic Factors: Formation, Isolation, and Differential Stability
著者: Radziejewski, C. / Robinson, R.C.
履歴
登録1999年2月1日登録サイト: BNL / 処理サイト: RCSB
改定 1.01999年2月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12007年10月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月9日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTEIN (NEUROTROPHIN-3)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,6491
ポリマ－13,6491
非ポリマー00
水43224
1
A: PROTEIN (NEUROTROPHIN-3)

A: PROTEIN (NEUROTROPHIN-3)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,2992
ポリマ－27,2992
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-x+1,-y+1,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)38.300, 52.300, 67.700
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 PROTEIN (NEUROTROPHIN-3) / NT3


分子量: 13649.402 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 解説: SUPPLIED BY REGENERON PHARM. / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P20783
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50 %
結晶化pH: 5.6
詳細: CRYSTALLIZATION CONDITIONS: 7% ISOPROPANOL 185 MM NACITRATE PH 5.6
結晶化
*PLUS
温度: 15 ℃ / pH: 8 / 手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
110 mg/mlprotein1drop
210 mMTris-HCl1drop
322 %PEG80001reservoir
4100 mMPIPES1reservoir
524 amino acid peptide1drop1:2 ratio (NT4 protomer:peptide)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-6A / 波長: 0.94
検出器タイプ: FUJI / 検出器: IMAGE PLATE
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.94 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.15→20 Å / Num. obs: 7414 / % possible obs: 82 % / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.047

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
X-PLOR精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1BNF

1bnf


解像度: 2.15→20 Å / Data cutoff high absF: 10000000 / Data cutoff low absF: 0.001 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.302 -5 %RANDOM
Rwork0.238 ---
obs0.238 7414 82 %-
原子変位パラメータBiso mean: 42.3 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.15→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数726 0 0 24 750
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.015
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg2.15
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最低解像度: 20 Å / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 5 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 42.3 Å2

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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