[日本語] English
万見
- PDB-1b7v: Structure of the C-553 cytochrome from Bacillus pasteruii to 1.7 ... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1b7v
タイトルStructure of the C-553 cytochrome from Bacillus pasteruii to 1.7 A resolution
要素PROTEIN (CYTOCHROME C-553)
キーワードELECTRON TRANSFER / CYTOCHROME
機能・相同性
機能・相同性情報


electron transfer activity / iron ion binding / heme binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Cytochrome c, Bacillus subtilis c550-related / : / Cytochrome C oxidase, cbb3-type, subunit III / Cytochrome c-like domain / Cytochrome Bc1 Complex; Chain D, domain 2 / Cytochrome c family profile. / Cytochrome c-like domain / Cytochrome c-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
HEME C / Cytochrome c-553
類似検索 - 構成要素
生物種Sporosarcina pasteurii (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Gonzalez, A. / Benini, S. / Rypniewski, W.R. / Wilson, K.S. / Ciurli, S.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 2000
タイトル: Crystal structure of oxidized Bacillus pasteurii cytochrome c553 at 0.97-A resolution.
著者: Benini, S. / Gonzalez, A. / Rypniewski, W.R. / Wilson, K.S. / Van Beeumen, J.J. / Ciurli, S.
#1: ジャーナル: J.Biol.Inorg.Chem. / 年: 1998
タイトル: Modulation of Bacillus Pasteurii Cytochrome C553 Reduction Potential by Structural and Solution Parameters
著者: Benini, S. / Borsari, M. / Ciurli, S. / Dikiy, A. / Lamborghini, M.
#2: ジャーナル: Proteins / 年: 1997
タイトル: Crystals of Cytochrome C-553 from Bacillus Pasteurii Show Diffraction to 0.97 A Resolution
著者: Benini, S. / Ciurli, S. / Rypniewski, W.R. / Wilson, K.
履歴
登録1999年1月22日登録サイト: BNL / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年3月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月26日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32013年1月30日Group: Data collection / Database references / Other
改定 1.42017年10月4日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 2.02021年3月3日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / diffrn_source / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_site
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.comp_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_site.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 2.12023年12月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.22024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: PROTEIN (CYTOCHROME C-553)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,7342
ポリマ－7,1161
非ポリマー6191
水2,306128
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)37.090, 39.160, 43.990
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Cell settingorthorhombic
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質 PROTEIN (CYTOCHROME C-553)


分子量: 7115.937 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: GERMAN COLLECTION OF MICROORGANISMS (DSM) / 由来: (天然) Sporosarcina pasteurii (バクテリア) / 細胞内の位置: MEMBRANE-BOUND / 株: 33 / 参照: UniProt: P82599
#2: 化合物 ChemComp-HEC / HEME C


分子量: 618.503 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H34FeN4O4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 128 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細TER LYS: THE FIRST 21 RESIDUES WERE NOT VISIBLE, PROTEIN PRESUMEDLY CLEAVED AT RESIDUE VAL 22

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 8MG/ML OF CYTOCHROME, 20MM TRIS.HCL, PH 8.0 AT 20 DEGREES C, HANGING DROPS IN HAMPTON RESEARCH 24-WELL LINBRO PLATES, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
溶液の組成名称: TRIS.HCL
結晶
*PLUS
溶媒含有率: 41 %
結晶化
*PLUS
温度: 20 K
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
116 mg/mlprotein1drop
220 mMTris-HCl1drop
3100 mMsodium acetate1reservoir
43.2 Mammonium sulfate1reservoir

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21
31
放射光源
由来サイトビームラインID波長
シンクロトロンEMBL/DESY, HAMBURG BW7A11.741
シンクロトロンEMBL/DESY, HAMBURG BW7A21.735
シンクロトロンEMBL/DESY, HAMBURG BW7A31
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年12月15日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.7411
21.7351
311
反射解像度: 1.7→20 Å / Num. obs: 7404 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 10.3 Å2 / Rsym value: 0.04 / Net I/σ(I): 8.6
反射 シェル解像度: 1.7→1.76 Å / 冗長度: 3.5 % / Mean I/σ(I) obs: 5.4 / Rsym value: 0.101 / % possible all: 97.1
反射
*PLUS
冗長度: 3.52 % / Num. measured all: 26088 / Rmerge(I) obs: 0.04
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 1.7 Å / % possible obs: 97.1 %

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MLPHARE位相決定
REFMAC精密化
DENZOデータ削減
CCP4(AGROVATAデータスケーリング
ROTAVATAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.7→20 Å / SU B: 1.94 / SU ML: 0.06 / σ(F): 0 / ESU R: 0.12 / ESU R Free: 0.11
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.206 343 5 %RANDOM
Rwork0.174 ---
obs0.174 7404 99.5 %-
all-7404 --
原子変位パラメータBiso mean: 10.3 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数496 0 43 128 667
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.010.02
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.0270.04
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.0270.05
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it1.5933
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it2.0545
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it3.8116
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it5.248
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr0.0248
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr0.071
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd0.1780.3
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd0.3770.3
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor4.47
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor12.315
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor15.220
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor15
ソフトウェア
*PLUS
名称: REFMAC / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 1.7 Å / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 5 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 10.3 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.010.02
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it3
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it6
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it5
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it8

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る