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万見
- PDB-1b7f: SXL-LETHAL PROTEIN/RNA COMPLEX -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1b7f
タイトルSXL-LETHAL PROTEIN/RNA COMPLEX
要素
  • PROTEIN (SXL-LETHAL PROTEIN)
  • RNA (5'-R(P*GP*UP*UP*GP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3')
キーワードRNA-BINDING PROTEIN/RNA / SPLICING REGULATION / RNP DOMAIN / RNA COMPLEX / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI / Structural Genomics / RNA-BINDING PROTEIN-RNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


sex determination, primary response to X:A ratio / germarium-derived cystoblast division / epithelium regeneration / somatic sex determination / female germ-line sex determination / oocyte differentiation / female sex determination / imaginal disc growth / sex determination / regulation of stem cell division ...sex determination, primary response to X:A ratio / germarium-derived cystoblast division / epithelium regeneration / somatic sex determination / female germ-line sex determination / oocyte differentiation / female sex determination / imaginal disc growth / sex determination / regulation of stem cell division / poly-pyrimidine tract binding / negative regulation of RNA export from nucleus / sex-chromosome dosage compensation / sex differentiation / alternative mRNA splicing, via spliceosome / poly(A) binding / pre-mRNA binding / regulation of mRNA splicing, via spliceosome / positive regulation of smoothened signaling pathway / reciprocal meiotic recombination / poly(U) RNA binding / oogenesis / regulation of alternative mRNA splicing, via spliceosome / negative regulation of mRNA splicing, via spliceosome / negative regulation of translational initiation / mRNA regulatory element binding translation repressor activity / positive regulation of RNA splicing / mRNA 3'-UTR binding / mRNA 5'-UTR binding / negative regulation of translation / protein stabilization / ribonucleoprotein complex / mRNA binding / protein-containing complex / RNA binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Sex-lethal splicing factor / : / Paraneoplastic encephalomyelitis antigen / RRM (RNA recognition motif) domain / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily ...Sex-lethal splicing factor / : / Paraneoplastic encephalomyelitis antigen / RRM (RNA recognition motif) domain / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / RNA (> 10) / Protein sex-lethal
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法X線回折 / 多重同系置換・異常分散 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Handa, N. / Nureki, O. / Kurimoto, K. / Kim, I. / Sakamoto, H. / Shimura, Y. / Muto, Y. / Yokoyama, S. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI)
引用ジャーナル: Nature / 年: 1999
タイトル: Structural basis for recognition of the tra mRNA precursor by the Sex-lethal protein.
著者: Handa, N. / Nureki, O. / Kurimoto, K. / Kim, I. / Sakamoto, H. / Shimura, Y. / Muto, Y. / Yokoyama, S.
履歴
登録1999年1月23日登録サイト: BNL / 処理サイト: RCSB
改定 1.01999年5月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月26日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32011年12月28日Group: Advisory
改定 1.42021年11月3日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.52023年12月27日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
P: RNA (5'-R(P*GP*UP*UP*GP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3')
Q: RNA (5'-R(P*GP*UP*UP*GP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3')
A: PROTEIN (SXL-LETHAL PROTEIN)
B: PROTEIN (SXL-LETHAL PROTEIN)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,3574
ポリマ－45,3574
非ポリマー00
水1,51384
1
P: RNA (5'-R(P*GP*UP*UP*GP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3')
A: PROTEIN (SXL-LETHAL PROTEIN)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,6792
ポリマ－22,6792
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
Q: RNA (5'-R(P*GP*UP*UP*GP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3')
B: PROTEIN (SXL-LETHAL PROTEIN)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,6792
ポリマ－22,6792
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)77.900, 86.800, 160.400
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Cell settingorthorhombic
Space group name H-MI222
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.99718, 0.04071, 0.06309), (0.06211, 0.0249, -0.99776), (-0.04219, 0.99886, 0.0223)
ベクター: -6.10733, 164.80821, 78.86401)

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要素

#1: RNA鎖 RNA (5'-R(P*GP*UP*UP*GP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3') / TRA PRE-MRNA


分子量: 3707.112 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
詳細: ORIGIN OF THE SEQUENCE: DROSOPHILA MELANOGASTER, NUCLEUS
#2: タンパク質 PROTEIN (SXL-LETHAL PROTEIN)


分子量: 18971.578 Da / 分子数: 2 / Fragment: 2 RNP-DOMAINS / Mutation: F166Y / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
細胞内の位置: NUCLEUS / プラスミド: PK7 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P19339
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 84 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 3

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 59 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1PEG 600011
2NA HEPES11
3LI2SO411
4SPERMINE11
5DIOXANE11
6ZINC ACETATE11
7MGCL211
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
14-10 mg/mlprotein1drop
210 %PEG60001reservoir
350 mMsodium MOPS1reservoir
4100 mM1reservoirLi2SO4
53 mMspermine1reservoir
61-3 %dioxane1reservoir
72 mMzinc acetate1reservoir
82 mM1reservoirMgCl2

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データ収集

回折平均測定温度: 300 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年8月15日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: NI FILTER / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→40 Å / Num. obs: 17053 / % possible obs: 98.5 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 5.8 % / Rsym value: 0.089 / Net I/σ(I): 12.03
反射 シェル解像度: 2.6→2.69 Å / 冗長度: 3.73 % / Mean I/σ(I) obs: 1.62 / Rsym value: 0.411 / % possible all: 87.4
反射
*PLUS
Num. measured all: 98612 / Rmerge(I) obs: 0.089
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 87.4 % / Rmerge(I) obs: 0.411

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MLPHARE位相決定
X-PLOR3.851精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 多重同系置換・異常分散 / 解像度: 2.6→15 Å / σ(F): 1
Rfactor反射数%反射
Rfree0.294 -5 %
Rwork0.201 --
obs-16907 98.5 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2658 494 0 84 3236
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.482
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d0.649
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.851 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.6 Å / 最低解像度: 15 Å / σ(F): 1 / % reflection Rfree: 10 % / Rfactor obs: 0.201
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg0.649

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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