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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1b7f | ||||||
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タイトル | SXL-LETHAL PROTEIN/RNA COMPLEX | ||||||
要素 |
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キーワード | RNA-BINDING PROTEIN/RNA / SPLICING REGULATION / RNP DOMAIN / RNA COMPLEX / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI / Structural Genomics / RNA-BINDING PROTEIN-RNA COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 sex determination, primary response to X:A ratio / germarium-derived cystoblast division / epithelium regeneration / female sex determination / somatic sex determination / female germ-line sex determination / oocyte differentiation / imaginal disc growth / negative regulation of RNA export from nucleus / regulation of stem cell division ...sex determination, primary response to X:A ratio / germarium-derived cystoblast division / epithelium regeneration / female sex determination / somatic sex determination / female germ-line sex determination / oocyte differentiation / imaginal disc growth / negative regulation of RNA export from nucleus / regulation of stem cell division / sex determination / poly-pyrimidine tract binding / sex-chromosome dosage compensation / sex differentiation / alternative mRNA splicing, via spliceosome / negative regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / poly(A) binding / pre-mRNA binding / positive regulation of smoothened signaling pathway / regulation of mRNA splicing, via spliceosome / reciprocal meiotic recombination / poly(U) RNA binding / oogenesis / regulation of alternative mRNA splicing, via spliceosome / negative regulation of mRNA splicing, via spliceosome / negative regulation of translational initiation / mRNA regulatory element binding translation repressor activity / positive regulation of RNA splicing / mRNA 3'-UTR binding / mRNA 5'-UTR binding / protein stabilization / negative regulation of translation / ribonucleoprotein complex / mRNA binding / protein-containing complex / RNA binding / nucleus / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) | ||||||
手法 | X線回折 / 多重同系置換・異常分散 / 解像度: 2.6 Å | ||||||
データ登録者 | Handa, N. / Nureki, O. / Kurimoto, K. / Kim, I. / Sakamoto, H. / Shimura, Y. / Muto, Y. / Yokoyama, S. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI) | ||||||
引用 | ジャーナル: Nature / 年: 1999 タイトル: Structural basis for recognition of the tra mRNA precursor by the Sex-lethal protein. 著者: Handa, N. / Nureki, O. / Kurimoto, K. / Kim, I. / Sakamoto, H. / Shimura, Y. / Muto, Y. / Yokoyama, S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1b7f.cif.gz | 90.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1b7f.ent.gz | 70 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1b7f.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1b7f_validation.pdf.gz | 403.5 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1b7f_full_validation.pdf.gz | 425.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1b7f_validation.xml.gz | 10.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1b7f_validation.cif.gz | 16.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b7/1b7f ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b7/1b7f | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (0.99718, 0.04071, 0.06309), ベクター: |
-要素
#1: RNA鎖 | 分子量: 3707.112 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 詳細: ORIGIN OF THE SEQUENCE: DROSOPHILA MELANOGASTER, NUCLEUS #2: タンパク質 | 分子量: 18971.578 Da / 分子数: 2 / Fragment: 2 RNP-DOMAINS / Mutation: F166Y / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) 細胞内の位置: NUCLEUS / プラスミド: PK7 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P19339 #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 3 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 59 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 |
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結晶化 | *PLUS 温度: 20 ℃ | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 300 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年8月15日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | モノクロメーター: NI FILTER / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.6→40 Å / Num. obs: 17053 / % possible obs: 98.5 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 5.8 % / Rsym value: 0.089 / Net I/σ(I): 12.03 |
反射 シェル | 解像度: 2.6→2.69 Å / 冗長度: 3.73 % / Mean I/σ(I) obs: 1.62 / Rsym value: 0.411 / % possible all: 87.4 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 98612 / Rmerge(I) obs: 0.089 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 87.4 % / Rmerge(I) obs: 0.411 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多重同系置換・異常分散 / 解像度: 2.6→15 Å / σ(F): 1
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.6→15 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / バージョン: 3.851 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.6 Å / 最低解像度: 15 Å / σ(F): 1 / % reflection Rfree: 10 % / Rfactor obs: 0.201 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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