PDB-1b7e: TRANSPOSASE INHIBITOR

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1b7e

タイトル

TRANSPOSASE INHIBITOR

要素

PROTEIN (TRANSPOSASE INHIBITOR PROTEIN FROM TN5)

キーワード

TRANSFERASE INHIBITOR / TRANSPOSASE / POLYNUCLEOTIDYL TRANSFERASE / HYDROLASE

機能・相同性

機能・相同性情報

transposase activity / DNA transposition / endonuclease activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / DNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2.9 Å

データ登録者

Davies, D.R. / Braam, L.M. / Reznikoff, W.S. / Rayment, I.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1999
タイトル: The three-dimensional structure of a Tn5 transposase-related protein determined to 2.9A resolution.
著者: Davies, D.R. / Braam, L.M. / Reznikoff, W.S. / Rayment, I.

履歴

登録	1999年1月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	1999年4月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2007年10月16日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2017年10月4日	Group: Refinement description / カテゴリ: software Item: _software.classification / _software.name / _software.version
改定 1.4	2022年12月21日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.5	2024年5月22日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1b7e.cif.gz	88.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1b7e.ent.gz	65.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1b7e.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1b7e_validation.pdf.gz	515.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1b7e_full_validation.pdf.gz	568.5 KB	表示
XML形式データ	1b7e_validation.xml.gz	16.4 KB	表示
CIF形式データ	1b7e_validation.cif.gz	23.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b7/1b7e ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b7/1b7e	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4mmo-d 4w7n-d 3vvp-d 1kjy-3 6ltd-1 1r20-2 2gf6-d 3gdn-d 4w7m-d 2v8d-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#84 - 2006年12月トランスポザーゼ (Transposase) 類似性 (8)

登録構造単位

A: PROTEIN (TRANSPOSASE INHIBITOR PROTEIN FROM TN5)

ヘテロ分子

48.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: PROTEIN (TRANSPOSASE INHIBITOR PROTEIN FROM TN5)

ヘテロ分子

A: PROTEIN (TRANSPOSASE INHIBITOR PROTEIN FROM TN5)

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
97 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	181.800, 71.900, 41.300
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Cell setting	orthorhombic
Space group name H-M	P2₁2₁2

#1: タンパク質	PROTEIN (TRANSPOSASE INHIBITOR PROTEIN FROM TN5) 分子量: 47575.547 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: GenBank: 622948, UniProt: Q46731*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-TPT / 2,2':6',2''-TERPYRIDINE PLATINUM(II) Chloride 分子量: 463.799 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₅H₁₁ClN₃Pt
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 56 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
配列の詳細	THE FOLLOWING RESIDUES WERE DISORDERED BEYOND THE BETA-CARBON AND THUS WERE MODELED AS ALANINE: ...THE FOLLOWING RESIDUES WERE DISORDERED BEYOND THE BETA-CARBON AND THUS WERE MODELED AS ALANINE: GLU72, GLU88, ASP133, ARG215, LYS216, LYS244, VAL246, GLN341, ARG342, MET343, PRO346, ASP347, ASN348, MET352, ASP400, AND GLU 417 ALA 94 WAS DISORDERED BEYOND THE ALPHA-CARBON AND WAS MODELED AS GLYCINE.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶

マシュー密度: 2.84 Å³/Da / 溶媒含有率: 57 % / 解説: STRUCTURE WAS INDEPENDENTLY SOLVED USING MIR

結晶化

pH: 6 / 詳細: pH 6.0

結晶

*PLUS

溶媒含有率: 57 %

結晶化

*PLUS

手法: batch method

溶液の組成

*PLUS

ID	濃度	一般名	Crystal-ID	Sol-ID
1	16 mg/ml	protein	1	1
2	20 %	PEG8000	1	1
3	100 mM	tetraethylammonium sulfate	1	1
4	100 mM	MES	1	1

-
データ収集

回折

平均測定温度: 113 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 19-ID / 波長: 1.0273,1.0720,1.1201

検出器

タイプ: BRUKER / 検出器: CCD / 詳細: MIRROR

放射

モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL MONOCHROMATOR / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	1.0273	1
2	1.072	1
3	1.1201	1

反射

解像度: 2.9→30 Å / Num. all: 13121 / Num. obs: 13121 / % possible obs: 94.3 % / 冗長度: 2.98 % / R_sym value: 0.05 / Net I/σ(I): 30.9

反射シェル

解像度: 2.9→3 Å / Mean I/σ(I) obs: 7.5 / R_sym value: 0.204 / % possible all: 87

反射

*PLUS

Num. measured all: 69105 / R_merge(I) obs: 0.05

反射シェル

*PLUS

% possible obs: 87 % / R_merge(I) obs: 0.204

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO	2000	データ削減
SCALEPACK	2000	データスケーリング
SOLVE		位相決定
TNT		精密化
HKL-2000		データ削減

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2.9→30 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: TNT PROTGEO

	R_factor	反射数	%反射
R_work	0.195	-	-
all	-	12174	-
obs	-	12174	94.3 %

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.9→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2887	0	38	56	2981

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	0.015
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	2.63
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	t_incorr_chiral_ct	0
X-RAY DIFFRACTION	t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes	0.009
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes	0.01
X-RAY DIFFRACTION	t_it
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd

ソフトウェア

*PLUS

名称: TNT / 分類: refinement

精密化

*PLUS

最高解像度: 2.9 Å / 最低解像度: 30 Å / σ(F): 0 / R_factor obs: 0.195

溶媒の処理

*PLUS

原子変位パラメータ

*PLUS

拘束条件

*PLUS

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	t_planar_d	0.009
X-RAY DIFFRACTION	t_plane_restr	0.01

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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