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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1b5s | ||||||
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タイトル | DIHYDROLIPOYL TRANSACETYLASE (E.C.2.3.1.12) CATALYTIC DOMAIN (RESIDUES 184-425) FROM BACILLUS STEAROTHERMOPHILUS | ||||||
要素 | DIHYDROLIPOAMIDE ACETYLTRANSFERASE | ||||||
キーワード | ACYLTRANSFERASE / DIHYDROLIPOYL TRANSACETYLASE / PYRUVATE DEHYDROGENASE / E2P / DIHYDROLIPOYL ACETYLTRANSFERASE | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 dihydrolipoyllysine-residue acetyltransferase / dihydrolipoyllysine-residue acetyltransferase activity / lipoic acid binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Geobacillus stearothermophilus (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 4.4 Å | ||||||
データ登録者 | Izard, T. / Aevarsson, A. / Allen, M.D. / Westphal, A.H. / Perham, R.N. / De Kok, A. / Hol, W.G. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1999 タイトル: Principles of quasi-equivalence and Euclidean geometry govern the assembly of cubic and dodecahedral cores of pyruvate dehydrogenase complexes. 著者: Izard, T. / Aevarsson, A. / Allen, M.D. / Westphal, A.H. / Perham, R.N. / de Kok, A. / Hol, W.G. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1b5s.cif.gz | 165.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1b5s.ent.gz | 112.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1b5s.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b5/1b5s ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b5/1b5s | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
| x 12||||||||||||||||||||
単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper:
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 26436.783 Da / 分子数: 5 / 断片: CATALYTIC DOMAIN / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Geobacillus stearothermophilus (バクテリア) 参照: UniProt: P11961, dihydrolipoyllysine-residue acetyltransferase |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.1 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 7 / 詳細: pH 7 | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法 | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: F1 / 波長: 0.918 |
検出器 | タイプ: FUJI / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年5月1日 |
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.918 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 4.4→50 Å / Num. obs: 34381 / % possible obs: 63.4 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 6.4 % / Rmerge(I) obs: 0.083 |
反射 シェル | 解像度: 4.4→4.68 Å / Rmerge(I) obs: 0.387 / % possible all: 34.9 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 219513 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1EAA 最高解像度: 4.4 Å / 詳細: NOT YET FULLY REFINED. | ||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 最高解像度: 4.4 Å
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