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- PDB-1b5s: DIHYDROLIPOYL TRANSACETYLASE (E.C.2.3.1.12) CATALYTIC DOMAIN (RES... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1b5s
タイトルDIHYDROLIPOYL TRANSACETYLASE (E.C.2.3.1.12) CATALYTIC DOMAIN (RESIDUES 184-425) FROM BACILLUS STEAROTHERMOPHILUS
要素DIHYDROLIPOAMIDE ACETYLTRANSFERASE
キーワードACYLTRANSFERASE / DIHYDROLIPOYL TRANSACETYLASE / PYRUVATE DEHYDROGENASE / E2P / DIHYDROLIPOYL ACETYLTRANSFERASE
機能・相同性
機能・相同性情報


dihydrolipoyllysine-residue acetyltransferase / dihydrolipoyllysine-residue acetyltransferase activity / lipoic acid binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Peripheral subunit-binding domain / e3 binding domain / Peripheral subunit-binding (PSBD) domain profile. / E3-binding domain superfamily / 2-oxo acid dehydrogenase, lipoyl-binding site / 2-oxo acid dehydrogenases acyltransferase component lipoyl binding site. / 2-oxoacid dehydrogenase acyltransferase, catalytic domain / 2-oxoacid dehydrogenases acyltransferase (catalytic domain) / Biotin-requiring enzyme ...: / Peripheral subunit-binding domain / e3 binding domain / Peripheral subunit-binding (PSBD) domain profile. / E3-binding domain superfamily / 2-oxo acid dehydrogenase, lipoyl-binding site / 2-oxo acid dehydrogenases acyltransferase component lipoyl binding site. / 2-oxoacid dehydrogenase acyltransferase, catalytic domain / 2-oxoacid dehydrogenases acyltransferase (catalytic domain) / Biotin-requiring enzyme / Biotinyl/lipoyl domain profile. / Biotin/lipoyl attachment / Single hybrid motif / Chloramphenicol acetyltransferase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Dihydrolipoyllysine-residue acetyltransferase component of pyruvate dehydrogenase complex
類似検索 - 構成要素
生物種Geobacillus stearothermophilus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 4.4 Å
データ登録者Izard, T. / Aevarsson, A. / Allen, M.D. / Westphal, A.H. / Perham, R.N. / De Kok, A. / Hol, W.G.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1999
タイトル: Principles of quasi-equivalence and Euclidean geometry govern the assembly of cubic and dodecahedral cores of pyruvate dehydrogenase complexes.
著者: Izard, T. / Aevarsson, A. / Allen, M.D. / Westphal, A.H. / Perham, R.N. / de Kok, A. / Hol, W.G.
履歴
登録1999年1月10日処理サイト: BNL
改定 1.01999年2月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32014年11月19日Group: Other
改定 1.42023年8月2日Group: Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site
改定 1.52024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DIHYDROLIPOAMIDE ACETYLTRANSFERASE
B: DIHYDROLIPOAMIDE ACETYLTRANSFERASE
C: DIHYDROLIPOAMIDE ACETYLTRANSFERASE
D: DIHYDROLIPOAMIDE ACETYLTRANSFERASE
E: DIHYDROLIPOAMIDE ACETYLTRANSFERASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)132,1845
ポリマ－132,1845
非ポリマー00
水00
1
A: DIHYDROLIPOAMIDE ACETYLTRANSFERASE
B: DIHYDROLIPOAMIDE ACETYLTRANSFERASE
C: DIHYDROLIPOAMIDE ACETYLTRANSFERASE
D: DIHYDROLIPOAMIDE ACETYLTRANSFERASE
E: DIHYDROLIPOAMIDE ACETYLTRANSFERASE
x 12


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,586,20760
ポリマ－1,586,20760
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation36_555-y,-z,x1
crystal symmetry operation54_555z,-x,-y1
crystal symmetry operation31_555-z,-x,y1
crystal symmetry operation59_555y,-z,-x1
crystal symmetry operation75_555-x,y,-z1
crystal symmetry operation9_555y,z,x1
crystal symmetry operation26_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation80_555-z,x,-y1
crystal symmetry operation5_555z,x,y1
crystal symmetry operation52_555x,-y,-z1
crystal symmetry operation82_555-y,z,-x1
単位格子
Length a, b, c (Å)534.400, 534.400, 534.400
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number210
Space group name H-MF4132
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.501974, 0.8088, 0.306374), (-0.806941, 0.3105, 0.502429), (0.311236, -0.499432, 0.808517)0.1691, -0.3217, -0.0525
2given(-0.308651, 0.502944, 0.80733), (-0.499448, -0.808042, 0.312443), (0.809498, -0.306783, 0.500598)0.1773, -0.3268, -0.055
3given(-0.31174, -0.498006, 0.809202), (0.500546, -0.809961, -0.305641), (0.807634, 0.309762, 0.501772)0.1763, -0.3215, -0.0571
4given(0.497079, -0.810701, 0.309314), (0.811098, 0.30748, -0.49757), (0.308272, 0.498216, 0.810401)0.1764, -0.3218, -0.058

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要素

#1: タンパク質
DIHYDROLIPOAMIDE ACETYLTRANSFERASE / DIHYDROLIPOYL TRANSACETYLASE


分子量: 26436.783 Da / 分子数: 5 / 断片: CATALYTIC DOMAIN / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Geobacillus stearothermophilus (バクテリア)
参照: UniProt: P11961, dihydrolipoyllysine-residue acetyltransferase

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.1 %
結晶化pH: 7 / 詳細: pH 7
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
110 mg/mlprotein1drop
250 mMTris-HCl1drop
320 %MPD1reservoir
4100 mMTris-HCl1reservoir
55 %PEG10001reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: F1 / 波長: 0.918
検出器タイプ: FUJI / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年5月1日
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 4.4→50 Å / Num. obs: 34381 / % possible obs: 63.4 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 6.4 % / Rmerge(I) obs: 0.083
反射 シェル解像度: 4.4→4.68 Å / Rmerge(I) obs: 0.387 / % possible all: 34.9
反射
*PLUS
Num. measured all: 219513

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1EAA

1eaa


最高解像度: 4.4 Å / 詳細: NOT YET FULLY REFINED.
精密化ステップサイクル: LAST / 最高解像度: 4.4 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5980 0 0 0 5980

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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