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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1b5e | ||||||
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タイトル | DCMP HYDROXYMETHYLASE FROM T4 | ||||||
要素 | PROTEIN (DEOXYCYTIDYLATE HYDROXYMETHYLASE) | ||||||
キーワード | TRANSFERASE / HYDROXYMETHYLASE / DNTP SYNTHESIZING COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 deoxycytidylate 5-hydroxymethyltransferase / deoxycytidylate 5-hydroxymethyltransferase activity 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Enterobacteria phage T4 (ファージ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換 / 解像度: 1.6 Å | ||||||
データ登録者 | Song, H.K. / Sohn, S.H. / Suh, S.W. | ||||||
引用 | ジャーナル: EMBO J. / 年: 1999 タイトル: Crystal structure of deoxycytidylate hydroxymethylase from bacteriophage T4, a component of the deoxyribonucleoside triphosphate-synthesizing complex. 著者: Song, H.K. / Sohn, S.H. / Suh, S.W. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1b5e.cif.gz | 111 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1b5e.ent.gz | 86.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1b5e.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1b5e_validation.pdf.gz | 1023.2 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1b5e_full_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 1b5e_validation.xml.gz | 20.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1b5e_validation.cif.gz | 28.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b5/1b5e ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b5/1b5e | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (0.630999, 0.000917, 0.775783), ベクター: |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 28523.229 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Enterobacteria phage T4 (ファージ) / 属: T4-like viruses / 生物種: Enterobacteria phage T4 sensu lato 参照: UniProt: P08773, deoxycytidylate 5-hydroxymethyltransferase #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 54 % / 解説: DATA WERE COLLECTED USING THE WEISSENBERG METHOD. | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 8 / 詳細: pH 8.0 | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Song, S.H., (1999) Acta Crystallogr. D55, 1061. / pH: 8.73 | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 293 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-6A / 波長: 1 |
検出器 | タイプ: FUJI / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年4月15日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.6→50 Å / Num. obs: 80033 / % possible obs: 97.3 % / 冗長度: 6.4 % / Rsym value: 0.066 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 1.6→8 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.6→8 Å
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拘束条件 |
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Xplor file | Serial no: 3 / Param file: PARHCSDX.PRO / Topol file: TOPHCSDX.PRO | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / バージョン: 3.843 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS σ(F): 0 / % reflection Rfree: 5 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |