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Yorodumi- PDB-6ohq: Structure of compound 4 bound human Phospholipase D2 catalytic domain -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6ohq | ||||||
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Title | Structure of compound 4 bound human Phospholipase D2 catalytic domain | ||||||
Components | Phospholipase D2 | ||||||
Keywords | hydrolase/hydrolase inhibitor / phosphodiesterase / HYDROLASE / HKD motif / hydrolase-hydrolase inhibitor complex | ||||||
Function / homology | Function and homology information plasma membrane region / Synthesis of PG / phospholipase D / N-acylphosphatidylethanolamine-specific phospholipase D activity / phosphatidic acid biosynthetic process / synaptic vesicle recycling / Synthesis of PA / phospholipase D activity / phospholipid catabolic process / regulation of vesicle-mediated transport ...plasma membrane region / Synthesis of PG / phospholipase D / N-acylphosphatidylethanolamine-specific phospholipase D activity / phosphatidic acid biosynthetic process / synaptic vesicle recycling / Synthesis of PA / phospholipase D activity / phospholipid catabolic process / regulation of vesicle-mediated transport / small GTPase-mediated signal transduction / Fc-gamma receptor signaling pathway involved in phagocytosis / RAC2 GTPase cycle / Role of phospholipids in phagocytosis / cytoskeleton organization / RAC1 GTPase cycle / phosphatidylinositol binding / presynapse / intracellular membrane-bounded organelle / endoplasmic reticulum membrane / plasma membrane Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Homo sapiens (human) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.694 Å | ||||||
Authors | Metrick, C.M. / Chodaparambil, J.V. | ||||||
Citation | Journal: Nat.Chem.Biol. / Year: 2020 Title: Human PLD structures enable drug design and characterization of isoenzyme selectivity. Authors: Metrick, C.M. / Peterson, E.A. / Santoro, J.C. / Enyedy, I.J. / Murugan, P. / Chen, T. / Michelsen, K. / Cullivan, M. / Spilker, K.A. / Kumar, P.R. / May-Dracka, T.L. / Chodaparambil, J.V. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6ohq.cif.gz | 483.5 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6ohq.ent.gz | 396.2 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6ohq.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 6ohq_validation.pdf.gz | 995.7 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 6ohq_full_validation.pdf.gz | 1015 KB | Display | |
Data in XML | 6ohq_validation.xml.gz | 45.5 KB | Display | |
Data in CIF | 6ohq_validation.cif.gz | 62.7 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oh/6ohq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oh/6ohq | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 6ohmSC 6ohoC 6ohpC 6ohrC 6ohsC S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 72846.781 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: PLD2 / Production host: Trichoplusia ni (cabbage looper) / References: UniProt: O14939, phospholipase D #2: Chemical | #3: Chemical | ChemComp-SO4 / #4: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.01 Å3/Da / Density % sol: 38.71 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: 0.2M ammonium sulfate, 20% PEG3350, 0.1M bis-tris pH 6.7 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SLS / Beamline: X10SA / Wavelength: 0.97 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M-F / Detector: PIXEL / Date: Nov 10, 2015 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.69→50 Å / Num. obs: 43049 / % possible obs: 98.2 % / Redundancy: 3.4 % / CC1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 3.9 |
Reflection shell | Resolution: 2.7→2.8 Å / Num. unique obs: 4306 / CC1/2: 0.99 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 6OHM Resolution: 2.694→49.315 Å / SU ML: 0.36 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 27.56
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 158.43 Å2 / Biso mean: 48.1632 Å2 / Biso min: 15.55 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.694→49.315 Å
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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