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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1b56 | ||||||
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タイトル | HUMAN RECOMBINANT EPIDERMAL FATTY ACID BINDING PROTEIN | ||||||
![]() | FATTY ACID BINDING PROTEIN | ||||||
![]() | LIPID BINDING PROTEIN / LIPID-BINDING / FATTY ACID TRANSPORT / BETA BARREL | ||||||
機能・相同性 | ![]() regulation of prostaglandin biosynthetic process / regulation of retrograde trans-synaptic signaling by endocanabinoid / lipid transport across blood-brain barrier / positive regulation of peroxisome proliferator activated receptor signaling pathway / negative regulation of glucose transmembrane transport / regulation of sensory perception of pain / phosphatidylcholine biosynthetic process / retinoic acid binding / long-chain fatty acid transmembrane transporter activity / Signaling by Retinoic Acid ...regulation of prostaglandin biosynthetic process / regulation of retrograde trans-synaptic signaling by endocanabinoid / lipid transport across blood-brain barrier / positive regulation of peroxisome proliferator activated receptor signaling pathway / negative regulation of glucose transmembrane transport / regulation of sensory perception of pain / phosphatidylcholine biosynthetic process / retinoic acid binding / long-chain fatty acid transmembrane transporter activity / Signaling by Retinoic Acid / Triglyceride catabolism / epidermis development / fatty acid transport / long-chain fatty acid transport / secretory granule membrane / fatty acid binding / lipid metabolic process / glucose metabolic process / azurophil granule lumen / glucose homeostasis / positive regulation of cold-induced thermogenesis / postsynaptic density / lipid binding / synapse / Neutrophil degranulation / extracellular exosome / extracellular region / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / plasma membrane / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Van Tilbeurgh, H. / Hohoff, C. / Borchers, T. / Spener, F. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Expression, purification, and crystal structure determination of recombinant human epidermal-type fatty acid binding protein. 著者: Hohoff, C. / Borchers, T. / Rustow, B. / Spener, F. / van Tilbeurgh, H. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 41.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 32.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 414.7 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 418 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 6.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 2hmbS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 15185.457 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-PLM / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 52 % | ||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 6 / 詳細: pH 6.0 | ||||||||||||||||||||
結晶 | *PLUS | ||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 5.6 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE |
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.95 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.05→20 Å / Num. obs: 10321 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7 % / Rmerge(I) obs: 0.07 / Rsym value: 0.07 / Net I/σ(I): 20 |
反射 シェル | 解像度: 2.05→2.12 Å / 冗長度: 7 % / Rmerge(I) obs: 0.275 / Mean I/σ(I) obs: 12 / % possible all: 100 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 72226 / Rmerge(I) obs: 0.07 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 2HMB 解像度: 2.05→8 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 詳細: PROBABLY ALTERNATIVE CONFORMATIONS FOR THE LOOP BETWEEN RESIDUES 59 AND 62 N TERMINAL REGION DISORDERED NATURE OF THE BOUND LIGAND NOT CERTAIN COULD BE A MIXTURE OF LIGANDS, NO EXTRA LIGAND ...詳細: PROBABLY ALTERNATIVE CONFORMATIONS FOR THE LOOP BETWEEN RESIDUES 59 AND 62 N TERMINAL REGION DISORDERED NATURE OF THE BOUND LIGAND NOT CERTAIN COULD BE A MIXTURE OF LIGANDS, NO EXTRA LIGAND WAS USED IN THE CRYSTALLIZATION LIQUOR.
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原子変位パラメータ | Biso mean: 28.2 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.05→8 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor Rfree: 0.265 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |