PDB-1b4y: STRUCTURE AND MECHANISM OF FORMATION OF THE H-Y5 ISOMER OF AN INT...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1b4y

タイトル

STRUCTURE AND MECHANISM OF FORMATION OF THE H-Y5 ISOMER OF AN INTRAMOLECULAR DNA TRIPLE HELIX.

要素

DNA (H-Y5 TRIPLE HELIX)

キーワード

DNA / H-DNA / TRIPLE HELIX

機能・相同性

DNA / DNA (> 10)

機能・相同性情報

手法

溶液NMR / TORSION ANGLE DYNAMICS, SIMULATED ANNEALING

データ登録者

Van Dongen, M.J.P. / Doreleijers, J.F. / Van Der Marel, G.A. / Van Boom, J.H. / Hilbers, C.W. / Wijmenga, S.S.

引用

ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1999
タイトル: Structure and mechanism of formation of the H-y5 isomer of an intramolecular DNA triple helix.
著者: van Dongen, M.J. / Doreleijers, J.F. / van der Marel, G.A. / van Boom, J.H. / Hilbers, C.W. / Wijmenga, S.S.

履歴

登録	1998年12月30日	登録サイト: BNL / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	1999年9月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月27日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2022年3月23日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.4	2023年12月27日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1b4y.cif.gz	224.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1b4y.ent.gz	187.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1b4y.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b4/1b4y ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b4/1b4y	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	3pe9-4 3evy-2 484d-d 3pe9-2 1h3l-2 2k3t-d 2n3g-d 2xvt-8 6dyl-3 4wz2-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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「今月の分子」の関連する項目

#255 - 2021年3月
シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA)
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TATA結合タンパク質 (TATA-Binding Protein)
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DNAヘリカーゼ (DNA Helicase)
類似性 (1)
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チミン２量体 (Thymine Dimers)
類似性 (1)
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類似性 (1)
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Oct・Sox転写因子 (Oct and Sox Transcription Factors)
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#135 - 2011年3月
インテグラーゼ (Integrase)
類似性 (1)
#150 - 2012年6月
スライディングクランプ (Sliding Clamps)
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TALエフェクター (TAL Effectors)
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#227 - 2018年11月
テロメラーゼ (Telomerase)
類似性 (1)
#23 - 2001年11月
DNA (DNA)
類似性 (2)
#48 - 2003年12月
異化活性化タンパク質 (Catabolite Activator Protein)
類似性 (1)
#84 - 2006年12月
トランスポザーゼ (Transposase)
類似性 (1)
#139 - 2011年7月
DNAメチルトランスフェラーゼ (DNA Methyltransferase)
類似性 (1)
#155 - 2012年11月
ビタミンD受容体 (Vitamin D Receptor)
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#3 - 2000年3月
DNAポリメラーゼ (DNA Polymerase)
類似性 (1)
#40 - 2003年4月
RNAポリメラーゼ (RNA Polymerase)
類似性 (1)
#73 - 2006年1月
トポイソメラーゼ (Topoisomerase)
類似性 (1)
#87 - 2007年3月
ジンクフィンガー (Zinc Fingers)
類似性 (1)
#119 - 2009年11月
人工設計DNA結晶 (Designed DNA Crystal)
類似性 (1)
#125 - 2010年5月
パルボウイルス (Parvoviruses)
類似性 (1)
#131 - 2010年11月
インテイン (Inteins)
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#160 - 2013年4月
アクチノマイシン (Actinomycin)
類似性 (1)
#190 - 2015年10月
2つの要素で構成される検知・応答系 (Two-component Systems)
類似性 (1)
#240 - 2019年12月
低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors)
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胎児ヘモグロビン (Fetal Hemoglobin)
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糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone)
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#39 - 2003年3月
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エストロゲン受容体 (Estrogen Receptor)
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DNAリガーゼ (DNA Ligase)
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ヌクレオソーム (Nucleosome)
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#8 - 2000年8月
制限酵素 (Restriction Enzymes)
類似性 (1)
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タンパク質同化性ステロイド (Anabolic Steroids)
類似性 (1)
#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (1)

登録構造単位

A: DNA (H-Y5 TRIPLE HELIX)

9.07 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	12 / 30	LOW ENERGIES
代表モデル	モデル #10

#1: DNA鎖	DNA (H-Y5 TRIPLE HELIX) / H-DNA 分子量: 9072.822 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成詳細: THE DESIGNED DNA SEQUENCE WAS CHEMICALLY SYNTHESIZED.

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	NOESY
1	2	1	PE-COSY
1	3	1	TOCSY
1	4	1	31P-1H
1	5	1	TOCSY-NOESY

-
試料調製

詳細	内容: H2O/D2O
試料状態	イオン強度: 100 mM / pH: 4.5 / 温度: 298 K
結晶化	*PLUS 手法: other / 詳細: NMR

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター

タイプ	製造業者	モデル	磁場強度 (MHz)	Spectrometer-ID
Bruker AMX 600	Bruker	AMX 600	500	1
Varian UNITYPLUS	Varian	UNITYPLUS	600	2
Varian UNITYPLUS	Varian	UNITYPLUS	750	3

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
X-PLOR	3.815	BRUNGER	精密化
XPLOR			構造決定

精密化

手法: TORSION ANGLE DYNAMICS, SIMULATED ANNEALING / ソフトェア番号: 1
詳細: STRUCTURES WERE OBTAINED BY TORSION ANGLE DYNAMICS, AND SUBSEQUENTLY REFINED BY MEANS OF SIMULATED ANNEALING.

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: LOW ENERGIES / 計算したコンフォーマーの数: 30 / 登録したコンフォーマーの数: 12

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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