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- PDB-1b48: CRYSTAL STRUCTURE OF MGSTA4-4 IN COMPLEX WITH GSH CONJUGATE OF 4-... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1b48
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF MGSTA4-4 IN COMPLEX WITH GSH CONJUGATE OF 4-HYDROXYNONENAL IN ONE SUBUNIT AND GSH IN THE OTHER: EVIDENCE OF SIGNALING ACROSS DIMER INTERFACE IN MGSTA4-4
要素PROTEIN (GLUTATHIONE S-TRANSFERASE)
キーワードTRANSFERASE / GLUTATHIONE S-TRANSFERASE / GST / SUBUNIT COOPERATIVITY
機能・相同性
機能・相同性情報


glutathione transferase / glutathione transferase activity / glutathione metabolic process / mitochondrion
類似検索 - 分子機能
Glutathione S-transferase, alpha class / : / Glutathione S-transferase, C-terminal domain / Glutathione S-transferase, N-terminal domain / Glutathione transferase family / Glutathione S-transferase, C-terminal / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 - #10 / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 / Glutathione S-transferase, C-terminal-like / Soluble glutathione S-transferase C-terminal domain profile. ...Glutathione S-transferase, alpha class / : / Glutathione S-transferase, C-terminal domain / Glutathione S-transferase, N-terminal domain / Glutathione transferase family / Glutathione S-transferase, C-terminal / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 - #10 / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 / Glutathione S-transferase, C-terminal-like / Soluble glutathione S-transferase C-terminal domain profile. / Soluble glutathione S-transferase N-terminal domain profile. / Glutathione S-transferase, N-terminal / Glutathione S-transferase, C-terminal domain superfamily / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Thioredoxin-like superfamily / Up-down Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GLUTATHIONE / 4-S-GLUTATHIONYL-5-PENTYL-TETRAHYDRO-FURAN-2-OL / Glutathione S-transferase A4
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Xiao, B. / Zimniak, P. / Ji, X.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 1999
タイトル: Crystal structure of a murine glutathione S-transferase in complex with a glutathione conjugate of 4-hydroxynon-2-enal in one subunit and glutathione in the other: evidence of signaling ...タイトル: Crystal structure of a murine glutathione S-transferase in complex with a glutathione conjugate of 4-hydroxynon-2-enal in one subunit and glutathione in the other: evidence of signaling across the dimer interface.
著者: Xiao, B. / Singh, S.P. / Nanduri, B. / Awasthi, Y.C. / Zimniak, P. / Ji, X.
#1: ジャーナル: FEBS Lett. / 年: 1998
タイトル: Crystal Structure of a Murine Alpha-Class Glutathione S-Transferase Involved in Cellular Defense Against Oxidative Stress
著者: Krengel, U. / Schroter, K.H. / Hoier, H. / Arkema, A. / Kalk, K.H. / Zimniak, P. / Dijkstra, B.W.
履歴
登録1999年1月6日登録サイト: BNL / 処理サイト: RCSB
改定 1.01999年9月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月9日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年8月30日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: audit_author / citation_author
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTEIN (GLUTATHIONE S-TRANSFERASE)
B: PROTEIN (GLUTATHIONE S-TRANSFERASE)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,7244
ポリマ－50,9532
非ポリマー7712
水72140
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4420 Å2
ΔGint-33 kcal/mol
Surface area19310 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)114.450, 96.140, 50.840
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.99956, -0.016641, -0.024543), (-0.016804, -0.364064, 0.931222), (-0.024432, 0.931225, 0.363625)
ベクター: 76.44717, 9.54691, -5.14296)

-
要素

#1: タンパク質 PROTEIN (GLUTATHIONE S-TRANSFERASE) / GST / MGSTA4-4


分子量: 25476.727 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 細胞内の位置: CYTOPLASM / 器官: LUNG / 細胞内の位置 (発現宿主): CYTOPLASM / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)PLYSS / Variant (発現宿主): PET9A/MGSTA4 / 参照: UniProt: P24472, glutathione transferase
#2: 化合物 ChemComp-HAG / 4-S-GLUTATHIONYL-5-PENTYL-TETRAHYDRO-FURAN-2-OL / GSHNA


分子量: 463.546 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H33N3O8S
#3: 化合物 ChemComp-GSH / GLUTATHIONE / グルタチオン


分子量: 307.323 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N3O6S
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 40 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.6 %
結晶化pH: 7.5
詳細: CRYSTALS WERE GROWN IN HANGING DROPS WHICH INITIALLY CONSISTED OF 0.11 MM PROTEIN IN 0.047 M HEPES BUFFER (PH 7.5) CONTAINING 1.82 MM GLUTATHIONE, 10.91 MM HNA-SG (GSH CONJUGATE OF 4- ...詳細: CRYSTALS WERE GROWN IN HANGING DROPS WHICH INITIALLY CONSISTED OF 0.11 MM PROTEIN IN 0.047 M HEPES BUFFER (PH 7.5) CONTAINING 1.82 MM GLUTATHIONE, 10.91 MM HNA-SG (GSH CONJUGATE OF 4-HYDROXYNONENAL), 9.1% ETHANOL, 4.5% ISOPROPANOL, AND 6.5% PEG MONOMETHYL ETHER 5K (PH 7.5). THE DROPS WERE EQUILIBRATED AT 293 K AGAINST WELL SOLUTION CONTAINING 10% ISOPROPANOL AND 12% PEG MONOMETHYL ETHER 5K IN 80 MM HEPES BUFFER (PH 7.5).
結晶
*PLUS
結晶化
*PLUS
温度: 18-20 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
10.11 mMprotein1drop
21.8 mMGSH1drop
33.6 mMHEPES1drop
55.5 %2-propanol1drop
66.5 %mPEG50001drop
70.044 MHEPES1drop
810 %2-propanol1reservoir
912 %mPEG50001reservoir
4ethanol1drop1ml
100.08 MHEPES1reservoir
1111 mMGSHna1drop

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: ENRAF-NONIUS FR591 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: MAC Science DIP-2020 / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年5月15日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: NI FILTER / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→20 Å / Num. obs: 15647 / % possible obs: 87.4 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 12.1 % / Biso Wilson estimate: 39 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.075 / Net I/σ(I): 14
反射 シェル解像度: 2.6→2.69 Å / 冗長度: 2.74 % / Rmerge(I) obs: 0.256 / Mean I/σ(I) obs: 2.35 / % possible all: 60.1
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 60.1 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
AMoRE位相決定
X-PLOR3.843精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1GUH

1guh


解像度: 2.6→20 Å / Data cutoff high absF: 20 / Data cutoff low absF: 2.6 / 交差検証法: FREE R / σ(F): 2 / 詳細: ALL DATA WERE INCLUDED IN MAP CALCULATIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.317 781 5 %RANDOM
Rwork0.244 ---
obs0.244 15647 87.4 %-
原子変位パラメータBiso mean: 49 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3586 0 51 40 3677
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.364
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d19.79
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.117
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.72 Å / Total num. of bins used: 8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3589 73 3.336 %
Rwork0.3328 1251 -
obs--60.1 %
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.843 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
σ(F): 2 / % reflection Rfree: 5 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 49 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg19.79
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.117

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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