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万見
- PDB-1b3t: EBNA-1 NUCLEAR PROTEIN/DNA COMPLEX -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1b3t
タイトルEBNA-1 NUCLEAR PROTEIN/DNA COMPLEX
要素
  • DNA (5'-D(*GP*GP*GP*AP*AP*GP*CP*AP*TP*AP*TP*GP*CP*TP*TP*CP*CP*C)-3')
  • PROTEIN (NUCLEAR PROTEIN EBNA1)
キーワードPROTEIN/DNA / NUCLEAR PROTEIN / PROTEIN-DNA COMPLEX / DNA-BINDING / ACTIVATOR / ORIGIN-BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell PML body / viral latency / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ / symbiont-mediated disruption of host cell PML body / regulation of DNA replication / enzyme-substrate adaptor activity / endonuclease activity / symbiont-mediated suppression of host NF-kappaB cascade / DNA-binding transcription factor activity / positive regulation of DNA-templated transcription ...host cell PML body / viral latency / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ / symbiont-mediated disruption of host cell PML body / regulation of DNA replication / enzyme-substrate adaptor activity / endonuclease activity / symbiont-mediated suppression of host NF-kappaB cascade / DNA-binding transcription factor activity / positive regulation of DNA-templated transcription / host cell nucleus / DNA binding
類似検索 - 分子機能
Epstein Barr virus nuclear antigen-1, DNA-binding domain / Epstein Barr virus nuclear antigen-1, DNA-binding / Epstein Barr virus nuclear antigen-1, DNA-binding domain / Epstein Barr virus nuclear antigen-1, DNA-binding domain superfamily / E2/EBNA1, C-terminal / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Epstein-Barr nuclear antigen 1 / Epstein-Barr nuclear antigen 1
類似検索 - 構成要素
生物種Human herpesvirus 4 (ヘルペスウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Bochkarev, A. / Bochkareva, E. / Edwards, A. / Frappier, L.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1998
タイトル: The 2.2 A structure of a permanganate-sensitive DNA site bound by the Epstein-Barr virus origin binding protein, EBNA1.
著者: Bochkarev, A. / Bochkareva, E. / Frappier, L. / Edwards, A.M.
#1: ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 1996
タイトル: Crystal Structure of the DNA-Binding Domain of Theepstein-Barr Virus Origin- Binding Protein, EBNA1, Boundto DNA
著者: Bochkarev, A. / Barwell, J.A. / Pfuetzner, R.A. / Bochkareva, E. / Frappier, L. / Edwards, A.M.
#2: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1995
タイトル: Overexpression, Purification, and Crystallization of the DNA Binding and Dimerization Domains of the Epstein-Barr Virus Nuclear Antigen 1
著者: Barwell, J.A. / Bochkarev, A. / Pfuetzner, R.A. / Tong, H. / Yang, D.S. / Frappier, L. / Edwards, A.M.
履歴
登録1998年12月14日登録サイト: BNL / 処理サイト: RCSB
改定 1.01998年12月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月26日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月9日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: DNA (5'-D(*GP*GP*GP*AP*AP*GP*CP*AP*TP*AP*TP*GP*CP*TP*TP*CP*CP*C)-3')
D: DNA (5'-D(*GP*GP*GP*AP*AP*GP*CP*AP*TP*AP*TP*GP*CP*TP*TP*CP*CP*C)-3')
A: PROTEIN (NUCLEAR PROTEIN EBNA1)
B: PROTEIN (NUCLEAR PROTEIN EBNA1)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,0504
ポリマ－43,0504
非ポリマー00
水3,279182
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)60.083, 64.501, 111.938
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Cell settingorthorhombic
Space group name H-MP212121

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要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*GP*GP*AP*AP*GP*CP*AP*TP*AP*TP*GP*CP*TP*TP*CP*CP*C)-3')


分子量: 5516.578 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#2: タンパク質 PROTEIN (NUCLEAR PROTEIN EBNA1) / EBNA-1 NUCLEAR PROTEIN


分子量: 16008.498 Da / 分子数: 2
Fragment: DNA-BINDING AND DIMERIZATION DOMAIN RESIDUES 459 - 607
由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human herpesvirus 4 (ヘルペスウイルス)
属: Lymphocryptovirus / 株: GD1 / 細胞内の位置: NUCLEAR / プラスミド: PET15B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)PLUSS / 参照: UniProt: Q69477, UniProt: P03211*PLUS
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 182 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細EBNA1 ENCODED BY EBV B95-8 COMPRISES 641 AMINO ACIDS AND IS VERY STABLE DIMER BOTH IN SOLUTION AND ...EBNA1 ENCODED BY EBV B95-8 COMPRISES 641 AMINO ACIDS AND IS VERY STABLE DIMER BOTH IN SOLUTION AND WHEN BOUND TO 1 8 BP RECOGNITION SEQUENCE. DNA-BINDING AND DIMERIZATION DOMAIN HAVE BEEN LOCALIZED TO WITHIN RESIDUES 459-607. A FRAGMENT 459-607 PREVIOUSLY DETERMINED TO BE ACTIVE FOR SEQUENCE-SPECIFIC DNA BINDING. EBNA1 IS FOUND TO HAVE STRUCTURAL, BUT NOT SEQUENCE, HOMOLOGY WITH THE DNA-BINDING DOMAIN OF THE E2 PROTEIN PDB ENTRY 2BOP.
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.17 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: METHOD - HANGING DROP VAPOR DIFFUSION. RESERVOIR: 100 MM MES (PH 5.6) 20% PEG 4000, 500 MM NACL, 10 MM MGCL2, 10 MM DTT PROTEIN: 10MG/ML 1MM HEPES PH 7.2 1M NACL, 10 MM DTT DRY DNA ...詳細: METHOD - HANGING DROP VAPOR DIFFUSION. RESERVOIR: 100 MM MES (PH 5.6) 20% PEG 4000, 500 MM NACL, 10 MM MGCL2, 10 MM DTT PROTEIN: 10MG/ML 1MM HEPES PH 7.2 1M NACL, 10 MM DTT DRY DNA RESUSPENDED IN THE PROTEIN CONTAINING SOLUTION IN MOLAR RATIO 1.5 (DSDNA) / 1.0 (EBNA1 DIMER) DROP: 50% PROTEIN/DNA SOLUTION 50% RESERVOIR SOLUTION CRYSTALLIZATION TEMPERATURE: 4 GEDREES C, vapor diffusion - hanging drop, temperature 277K
PH範囲: 5.6-7.2
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1HEPES11
2NACL11
3DTT11
4PEG 400011
5MES11
6MGCL211
7PEG 400012
8MES12
9NACL12
10MGCL212
11DTT12
結晶化
*PLUS
pH: 7.2
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式詳細
110 mg/mlEBNA1drop
21 mMHEPES1drop
31 M1dropNaCl
410 mMdithiothreitol1drop
6100 mMMES1reservoir
720 %(v/v)PEG40001reservoir
8500 mM1reservoirNaCl
910 mM1reservoirMgCl2
5dsDNA1dropa ratio of 1.5 dsDNA molecules to EBNA1 dimer
1010 mMdithiothreitol1reservoir
111

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: F1 / 波長: 0.922
検出器タイプ: CUSTOM-MADE / 検出器: CCD / 日付: 1994年5月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.922 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→20 Å / Num. obs: 25865 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.5 % / Rmerge(I) obs: 0.073 / Net I/σ(I): 4.5
反射 シェル解像度: 2.1→2.18 Å / Rmerge(I) obs: 0.121 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / % possible all: 93.2
反射
*PLUS
Num. measured all: 142136
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 74.5 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
X-PLORモデル構築
X-PLOR3.843精密化
X-PLOR位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1VHI

1vhi


解像度: 2.2→6 Å / Data cutoff high absF: 1000000 / Data cutoff low absF: 0.001 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.268 -10 %RANDOM
Rwork0.208 ---
obs0.208 21158 98.4 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2250 732 0 182 3164
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.012
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.7
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d24.5
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.5
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it2
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it2.5
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it2.5
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it3
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.29 Å / Total num. of bins used: 8 /
Rfactor%反射
Rfree0.274 10.1 %
Rwork0.239 -
obs-97.1 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PARHCSDX.PROTOPHCSDX.PRO
X-RAY DIFFRACTION2DNA-RNA-MULTI-ENDO.PARAMDNA-RNA-MULTI-ENDO.TOP
X-RAY DIFFRACTION3PARAM19.SOLTOP.H2O
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.843 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.2 Å / 最低解像度: 6 Å / σ(F): 2 / % reflection Rfree: 10 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.7
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg24.5
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.5
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it2
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it2.5
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it2.5
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it3
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.274 / % reflection Rfree: 10.1 % / Rfactor Rwork: 0.239

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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