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- PDB-1b3o: TERNARY COMPLEX OF HUMAN TYPE-II INOSINE MONOPHOSPHATE DEHYDROGEN... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1b3o
タイトルTERNARY COMPLEX OF HUMAN TYPE-II INOSINE MONOPHOSPHATE DEHYDROGENASE WITH 6-CL-IMP AND SELENAZOLE ADENINE DINUCLEOTIDE
要素PROTEIN (INOSINE MONOPHOSPHATE DEHYDROGENASE 2)
キーワードDEHYDROGENASE / IMPD / IMPDH / GUANINE NUCLEOTIDE SYNTHESIS
機能・相同性
機能・相同性情報


'de novo' XMP biosynthetic process / Purine ribonucleoside monophosphate biosynthesis / lymphocyte proliferation / IMP dehydrogenase / IMP dehydrogenase activity / GMP biosynthetic process / peroxisomal membrane / Azathioprine ADME / GTP biosynthetic process / cellular response to interleukin-4 ...'de novo' XMP biosynthetic process / Purine ribonucleoside monophosphate biosynthesis / lymphocyte proliferation / IMP dehydrogenase / IMP dehydrogenase activity / GMP biosynthetic process / peroxisomal membrane / Azathioprine ADME / GTP biosynthetic process / cellular response to interleukin-4 / circadian rhythm / secretory granule lumen / ficolin-1-rich granule lumen / Potential therapeutics for SARS / nucleotide binding / Neutrophil degranulation / DNA binding / RNA binding / extracellular exosome / extracellular region / metal ion binding / nucleus / membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
IMP dehydrogenase / GMP reductase, conserved site / IMP dehydrogenase / GMP reductase signature. / Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase / IMP dehydrogenase/GMP reductase / IMP dehydrogenase / GMP reductase domain / IMP dehydrogenase / GMP reductase domain / Domain in cystathionine beta-synthase and other proteins. / CBS domain / CBS domain / CBS domain profile. ...IMP dehydrogenase / GMP reductase, conserved site / IMP dehydrogenase / GMP reductase signature. / Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase / IMP dehydrogenase/GMP reductase / IMP dehydrogenase / GMP reductase domain / IMP dehydrogenase / GMP reductase domain / Domain in cystathionine beta-synthase and other proteins. / CBS domain / CBS domain / CBS domain profile. / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
6-CHLOROPURINE RIBOSIDE, 5'-MONOPHOSPHATE / SELENAZOLE-4-CARBOXYAMIDE-ADENINE DINUCLEOTIDE / Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Colby, T.D. / Vanderveen, K. / Strickler, M.D. / Goldstein, B.M.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1999
タイトル: Crystal structure of human type II inosine monophosphate dehydrogenase: implications for ligand binding and drug design.
著者: Colby, T.D. / Vanderveen, K. / Strickler, M.D. / Markham, G.D. / Goldstein, B.M.
履歴
登録1998年12月14日登録サイト: BNL / 処理サイト: RCSB
改定 1.01999年4月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月26日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model
改定 1.52024年12月25日Group: Advisory / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms ...pdbx_entry_details / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_close_contact / struct_conn

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTEIN (INOSINE MONOPHOSPHATE DEHYDROGENASE 2)
B: PROTEIN (INOSINE MONOPHOSPHATE DEHYDROGENASE 2)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)113,91821
ポリマ－111,7502
非ポリマー2,16819
水55831
1
A: PROTEIN (INOSINE MONOPHOSPHATE DEHYDROGENASE 2)
ヘテロ分子

A: PROTEIN (INOSINE MONOPHOSPHATE DEHYDROGENASE 2)
ヘテロ分子

A: PROTEIN (INOSINE MONOPHOSPHATE DEHYDROGENASE 2)
ヘテロ分子

A: PROTEIN (INOSINE MONOPHOSPHATE DEHYDROGENASE 2)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)227,83512
ポリマ－223,4994
非ポリマー4,3368
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation3_555-y,x,z1
crystal symmetry operation4_555y,-x,z1
2
B: PROTEIN (INOSINE MONOPHOSPHATE DEHYDROGENASE 2)
ヘテロ分子

B: PROTEIN (INOSINE MONOPHOSPHATE DEHYDROGENASE 2)
ヘテロ分子

B: PROTEIN (INOSINE MONOPHOSPHATE DEHYDROGENASE 2)
ヘテロ分子

B: PROTEIN (INOSINE MONOPHOSPHATE DEHYDROGENASE 2)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)227,83572
ポリマ－223,4994
非ポリマー4,33668
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation3_555-y,x,z1
crystal symmetry operation4_555y,-x,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)142.260, 142.260, 174.940
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number79
Space group name H-MI4
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.371142, 0.928575, -0.001499), (0.928564, -0.371129, 0.005698), (0.004735, -0.003507, -0.999983)
ベクター: -0.0626, 0.2165, -51.6926)
詳細THE BIOLOGICAL UNIT IS A HOMOTETRAMER. IT IS GENERATED BY A CRYSTALLOGRAPHIC FOURFOLD OPERATION ON MONOMER A (OR MONOMER B), NOT BY A SINGLE OPERATION ON BOTH.

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要素

#1: タンパク質 PROTEIN (INOSINE MONOPHOSPHATE DEHYDROGENASE 2) / IMPD / IMPDH


分子量: 55874.863 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / Variant: TYPE II ISOZYME / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P12268, IMP dehydrogenase
#2: 化合物 ChemComp-CPR / 6-CHLOROPURINE RIBOSIDE, 5'-MONOPHOSPHATE


分子量: 367.660 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H13ClN4O7P
#3: 化合物 ChemComp-SAE / SELENAZOLE-4-CARBOXYAMIDE-ADENINE DINUCLEOTIDE


分子量: 716.348 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H25N7O14P2Se
#4: 化合物
ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION


分子数: 15 / 由来タイプ: 合成
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 31 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.93 %
結晶化pH: 8 / 詳細: SEE PRIMARY REFERENCE , pH 8.0
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / 手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
15 mg/mlprotein1drop
24-6 %PEG60001reservoir
31 M1reservoirLiCl
4100 mMTris1reservoir
55 %(v/v)methylpyrollidinone1reservoir
624 mMbeta-mercaptoethanol1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: A1 / 波長: 0.91
検出器タイプ: CORNELL / 検出器: CCD / 日付: 1997年8月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→100 Å / Num. obs: 34001 / % possible obs: 86.4 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3 % / Biso Wilson estimate: 39.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.095 / Rsym value: 0.095 / Net I/σ(I): 10
反射 シェル解像度: 2.9→3 Å / 冗長度: 1.5 % / Rmerge(I) obs: 0.338 / Mean I/σ(I) obs: 3 / Rsym value: 0.338 / % possible all: 56
反射
*PLUS
Num. measured all: 126775
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 56.2 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLOR3.853モデル構築
CNS0.3精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
X-PLOR3.853位相決定
CNS0.3位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: CORE DOMAIN OF IMPDH MONOMER FROM HAMSTER IMPD/IMP/MPA COMPLEX STRUCTURE

解像度: 2.9→100 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high rms absF: 182886.58 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
詳細: BULK SOLVENT MODEL USED MONOMER B IS THE MORE COMPLETE MONOMER IN THE ASYMMETRIC UNIT, WITH 410 OF 514 RESIDUES FITTED.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27 3199 9.6 %RANDOM
Rwork0.244 ---
obs-33236 86.4 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 38.6 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.96 Å20 Å20 Å2
2---1.96 Å20 Å2
3---3.92 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.47 Å0.43 Å
Luzzati d res low-6 Å
Luzzati sigma a0.64 Å0.56 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→100 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5360 0 145 31 5536
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.012
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.9
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23.1
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.05
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.731.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.962
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.272
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.612.5
LS精密化 シェル解像度: 2.9→3 Å / Rfactor Rfree error: 0.028 / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.413 218 10.2 %
Rwork0.404 1927 -
obs--56.2 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2PARAM.IMPTOPOLOGY.IMPNOO
X-RAY DIFFRACTION3PARAM3.SADTOP2.SAD
X-RAY DIFFRACTION4WATER_REP.PARAMWATER.TOP
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 0.3 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor obs: 0.244
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg23.1
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg1.05
LS精密化 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.9 Å / 最低解像度: 3 Å

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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