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万見
- PDB-1b3a: TOTAL CHEMICAL SYNTHESIS AND HIGH-RESOLUTION CRYSTAL STRUCTURE OF... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1b3a
タイトルTOTAL CHEMICAL SYNTHESIS AND HIGH-RESOLUTION CRYSTAL STRUCTURE OF THE POTENT ANTI-HIV PROTEIN AOP-RANTES
要素PROTEIN (RANTES)
キーワードANTI-HIV PROTEIN / CHEMICAL PROTEIN SYNTHESIS / CHEMOKINE / HIV-1 / RANTES
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of chronic inflammatory response / CCR4 chemokine receptor binding / chemokine (C-C motif) ligand 5 signaling pathway / activation of phospholipase D activity / chemokine receptor antagonist activity / CCR1 chemokine receptor binding / positive regulation of natural killer cell chemotaxis / negative regulation of macrophage apoptotic process / chemokine receptor binding / receptor signaling protein tyrosine kinase activator activity ...regulation of chronic inflammatory response / CCR4 chemokine receptor binding / chemokine (C-C motif) ligand 5 signaling pathway / activation of phospholipase D activity / chemokine receptor antagonist activity / CCR1 chemokine receptor binding / positive regulation of natural killer cell chemotaxis / negative regulation of macrophage apoptotic process / chemokine receptor binding / receptor signaling protein tyrosine kinase activator activity / CCR5 chemokine receptor binding / positive regulation of receptor signaling pathway via STAT / positive regulation of T cell chemotaxis / CCR chemokine receptor binding / positive regulation of cell-cell adhesion mediated by integrin / positive regulation of homotypic cell-cell adhesion / neutrophil activation / positive regulation of G protein-coupled receptor signaling pathway / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate phospholipase C activity / negative regulation of T cell apoptotic process / chemokine-mediated signaling pathway / positive regulation of T cell apoptotic process / eosinophil chemotaxis / positive regulation of calcium ion transport / positive regulation of monocyte chemotaxis / positive regulation of innate immune response / cell surface receptor signaling pathway via STAT / chemokine activity / regulation of T cell activation / Chemokine receptors bind chemokines / dendritic cell chemotaxis / negative regulation of G protein-coupled receptor signaling pathway / leukocyte cell-cell adhesion / phospholipase activator activity / negative regulation of viral genome replication / positive regulation of smooth muscle cell migration / Interleukin-10 signaling / positive regulation of macrophage chemotaxis / chemoattractant activity / macrophage chemotaxis / exocytosis / monocyte chemotaxis / positive regulation of translational initiation / cellular response to interleukin-1 / cellular response to fibroblast growth factor stimulus / negative regulation by host of viral transcription / positive regulation of TOR signaling / positive regulation of T cell migration / positive regulation of viral genome replication / positive regulation of T cell proliferation / positive regulation of cell adhesion / regulation of insulin secretion / positive regulation of epithelial cell proliferation / epithelial cell proliferation / positive regulation of smooth muscle cell proliferation / response to virus / cellular response to virus / cellular response to type II interferon / response to toxic substance / intracellular calcium ion homeostasis / antimicrobial humoral immune response mediated by antimicrobial peptide / chemotaxis / calcium ion transport / cellular response to tumor necrosis factor / cell-cell signaling / G alpha (i) signalling events / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / protein kinase activity / positive regulation of cell migration / G protein-coupled receptor signaling pathway / inflammatory response / protein homodimerization activity / extracellular space / extracellular region / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
CC chemokine, conserved site / Small cytokines (intercrine/chemokine) C-C subfamily signature. / Chemokine beta/gamma/delta / Intercrine alpha family (small cytokine C-X-C) (chemokine CXC). / Chemokine interleukin-8-like domain / Chemokine interleukin-8-like superfamily / Small cytokines (intecrine/chemokine), interleukin-8 like / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #40 / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PENTYLOXYAMINO-ACETALDEHYDE / C-C motif chemokine 5
類似検索 - 構成要素
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Wilken, J. / Hoover, D. / Thompson, D.A. / Barlow, P.N. / Mcsparron, H. / Picard, L. / Wlodawer, A. / Lubkowski, J. / Kent, S.B.H.
引用ジャーナル: Chem.Biol. / 年: 1999
タイトル: Total chemical synthesis and high-resolution crystal structure of the potent anti-HIV protein AOP-RANTES.
著者: Wilken, J. / Hoover, D. / Thompson, D.A. / Barlow, P.N. / McSparron, H. / Picard, L. / Wlodawer, A. / Lubkowski, J. / Kent, S.B.
履歴
登録1998年12月7日登録サイト: NDB / 処理サイト: RCSB
改定 1.01999年4月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月26日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月4日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.42023年12月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTEIN (RANTES)
B: PROTEIN (RANTES)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,2258
ポリマ－15,5502
非ポリマー6756
水3,999222
1
A: PROTEIN (RANTES)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,2085
ポリマ－7,7751
非ポリマー4334
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: PROTEIN (RANTES)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,0163
ポリマ－7,7751
非ポリマー2412
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)23.635, 56.307, 94.030
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.993225, 0.114072, 0.022194), (0.079982, 0.532445, 0.842677), (0.084309, 0.838743, -0.537961)
ベクター: 29.97141, -13.80924, 20.89648)

-
要素

#1: タンパク質 PROTEIN (RANTES)


分子量: 7774.933 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: OXIME LINK BETWEEN AOP GROUP AND PRO3 / 参照: UniProt: P13501
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-AOP / PENTYLOXYAMINO-ACETALDEHYDE


分子量: 145.199 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H15NO2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 222 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細MODRES: 1B3A AOP A 1() AMINOOXYPENTANE LINKED TO PRO2 VIA OXIME BOND MODRES: 1B3A AOP B 1() ...MODRES: 1B3A AOP A 1() AMINOOXYPENTANE LINKED TO PRO2 VIA OXIME BOND MODRES: 1B3A AOP B 1() AMINOOXYPENTANE LINKED TO PRO2 VIA OXIME BOND

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 32.7 %
結晶化pH: 4.6 / 詳細: pH 4.6
結晶
*PLUS
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃ / 手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
110 mMsodium acetate1drop
215 mg/mlprotein1drop
30.1 Mammonium sulfate1reservoir
4225 mMsodium succinate1reservoir
5275 mM2-(N-morpholino)ethanesulfonic acid1reservoir
615 %ethanol1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X9B / 波長: 0.97946
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年5月1日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SI CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→20 Å / Num. obs: 17338 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.043 / Rsym value: 0.056 / Net I/σ(I): 31.8
反射 シェル解像度: 1.6→1.66 Å / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.196 / Mean I/σ(I) obs: 7.5 / Rsym value: 0.25 / % possible all: 100
反射
*PLUS
Num. measured all: 74936
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 100 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
AMoRE位相決定
SHELXL-97精密化
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.6→20 Å / Num. parameters: 5447 / Num. restraintsaints: 4683 / 交差検証法: FREE R / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH AND HUBER
詳細: ANISOTROPIC SCALING APPLIED BY THE METHOD OF PARKIN, MOEZZI & HOPE, J.APPL.CRYST. 28 (1995) 53-56
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2406 1696 10 %RANDOM
all0.175 16956 --
obs0.1673 -99.8 %-
溶媒の処理溶媒モデル: MOEWS & KRETSINGER, J.MOL.BIOL. 91 (1973) 201-228
Refine analyzeNum. disordered residues: 2 / Occupancy sum hydrogen: 0 / Occupancy sum non hydrogen: 1358
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1094 0 40 223 1357
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.024
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_dist0
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes0.03
X-RAY DIFFRACTIONs_zero_chiral_vol0.048
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol0.06
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr0.01
X-RAY DIFFRACTIONs_rigid_bond_adp_cmpnt0
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_adp_cmpnt0.072
X-RAY DIFFRACTIONs_approx_iso_adps0
ソフトウェア
*PLUS
名称: SHELXL-97 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor obs: 0.167 / Rfactor Rwork: 0.1673
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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