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- PDB-1b24: I-DMOI, INTRON-ENCODED ENDONUCLEASE -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1b24
タイトルI-DMOI, INTRON-ENCODED ENDONUCLEASE
要素Homing endonuclease I-DmoI
キーワードINTRON-ENCODED / ENDONUCLEASE / HOMING / THERMOSTABLE
機能・相同性
機能・相同性情報


intron homing / intein-mediated protein splicing / endonuclease activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
類似検索 - 分子機能
LAGLIDADG-like domain / Intein / Homing endonucleases / Endonuclease I-creI / Intein DOD homing endonuclease / Intein DOD-type homing endonuclease domain profile. / Homing endonuclease, LAGLIDADG / Homing endonuclease / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Homing endonuclease I-DmoI
類似検索 - 構成要素
生物種Desulfurococcus mobilis (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Van Roey, P. / Silva, G.H.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1999
タイトル: Crystal structure of the thermostable archaeal intron-encoded endonuclease I-DmoI.
著者: Silva, G.H. / Dalgaard, J.Z. / Belfort, M. / Van Roey, P.
履歴
登録1998年12月3日登録サイト: BNL / 処理サイト: RCSB
改定 1.01999年3月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月26日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年12月21日Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: database_2 / entity ...database_2 / entity / entity_src_gen / pdbx_struct_mod_residue / struct_conn / struct_ref / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_ec / _entity_src_gen.pdbx_beg_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_end_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_seq_type / _pdbx_struct_mod_residue.details / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref.pdbx_align_begin / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code
改定 1.42024年11月13日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Homing endonuclease I-DmoI


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,1811
ポリマ－22,1811
非ポリマー00
水1,40578
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)93.730, 37.220, 56.280
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 112.80, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Homing endonuclease I-DmoI


分子量: 22181.473 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: SELENOMETHIONYL PROTEIN / 由来: (組換発現) Desulfurococcus mobilis (古細菌) / 解説: SELENOMETHIONINE AUXOTROPH / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DL41(DE3)
参照: UniProt: P21505, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 78 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 33.3 % / 解説: MAD DATA TREATED AS A SPECIAL CASE OF MIR
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: HANGING DROP VAPOR-DIFFUSION METHOD: 4UL I-DMOI PROTEIN 1UL 20MM N-OCTYL-B- GLUCOPYRANOSIDE 4UL PRECIPITATING BUFFER: 30% PEG 3350 200MM SODIUM ACETATE 100MM TRIS-HCL PH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
14UL I-DMOI PROTEIN11
21UL 20MM N-OCTYL-B-GLUCOPYRANOSIDE12
34UL PRECIPITATING BUFFER12
430% PEG 335012
5200MM SODIUM ACETATE12
6100MM TRIS-HCL PH 8.512
結晶化
*PLUS
温度: 310 K / pH: 8
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
110 mg/mlprotein1drop
25 mMTris-HCl1drop
3150 mM1dropNaCl
410 %ethylene glycol1drop
51 mMdithiothreitol1drop
62-3 %PEG33501reservoir
71-1.2 Msodium acetate1reservoir
810 %ethylene glycol1reservoir
950 mMsodium/potassium phosphate1reservoir
10100 mMTris-HCl1reservoir

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X12C / 波長: 0.9300,0.9785,0.9789
検出器タイプ: BRANDEIS / 検出器: CCD / 日付: 1997年9月1日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.931
20.97851
30.97891
反射解像度: 2.2→20 Å / Num. obs: 8884 / % possible obs: 98.5 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 11.1 % / Rsym value: 0.059 / Net I/σ(I): 32.3
反射 シェル解像度: 2.2→2.28 Å / 冗長度: 6 % / Mean I/σ(I) obs: 24.7 / Rsym value: 0.07 / % possible all: 97.4
反射
*PLUS
Rmerge(I) obs: 0.059
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 97.4 % / Rmerge(I) obs: 0.07

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHASES位相決定
X-PLOR3.851精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.2→10 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.324 887 10 %RANDOM
Rwork0.218 ---
obs-8878 98.7 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1427 0 0 78 1505
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.285
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d26.23
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d0.609
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.3 Å / Total num. of bins used: 8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3613 80 10 %
Rwork0.2996 737 -
obs--98.7 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMTOPHCSDX.PRO
X-RAY DIFFRACTION2PARAM19.SOLTOPH19.SOL
X-RAY DIFFRACTION3TOPH19.PEP
X-RAY DIFFRACTION4PARHCSDX.PRO
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.851 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor obs: 0.218
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg26.23
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg0.609
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor obs: 0.2996

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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