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- PDB-6akj: The crystal structure of EMC complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6akj
タイトルThe crystal structure of EMC complex
要素Enhancer of rudimentary homolog,YTH domain-containing protein mmi1 fusion protein
キーワードRNA BINDING PROTEIN / Protein-protein interaction
機能・相同性
機能・相同性情報


ascospore-type prospore nucleus / nuclear lncRNA surveillance / regulation of termination of RNA polymerase II transcription, poly(A)-coupled / regulation of siRNA-independent facultative heterochromatin formation / nuclear RNA surveillance / nuclear exosome focus / nuclear mRNA surveillance of spliceosomal pre-mRNA splicing / nuclear mRNA surveillance of meiosis-specific transcripts / siRNA-independent facultative heterochromatin formation / Mei2 nuclear dot complex ...ascospore-type prospore nucleus / nuclear lncRNA surveillance / regulation of termination of RNA polymerase II transcription, poly(A)-coupled / regulation of siRNA-independent facultative heterochromatin formation / nuclear RNA surveillance / nuclear exosome focus / nuclear mRNA surveillance of spliceosomal pre-mRNA splicing / nuclear mRNA surveillance of meiosis-specific transcripts / siRNA-independent facultative heterochromatin formation / Mei2 nuclear dot complex / heterochromatin island / CCR4-NOT complex binding / lncRNA catabolic process / nuclear mRNA surveillance of mRNA 3'-end processing / regulatory ncRNA 3'-end processing / protein-RNA adaptor activity / nuclear polyadenylation-dependent CUT catabolic process / rDNA heterochromatin / N6-methyladenosine-containing RNA reader activity / pre-mRNA binding / regulatory ncRNA-mediated gene silencing / molecular function inhibitor activity / lncRNA binding / mRNA destabilization / pre-mRNA intronic binding / mRNA 3'-UTR binding / mRNA binding / chromatin / RNA binding / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Enhancer of rudimentary / Enhancer of rudimentary superfamily / Enhancer of rudimentary / YTH domain containing protein / YTH domain / YT521-B-like domain / YTH domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
Enhancer of rudimentary homolog 1 / Enhancer of rudimentary homolog 1 / RNA binding exosome specificity factor Mmi1
類似検索 - 構成要素
生物種Schizosaccharomyces pombe 972h- (分裂酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Li, F.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019
タイトル: A conserved dimer interface connects ERH and YTH family proteins to promote gene silencing.
著者: Xie, G. / Vo, T.V. / Thillainadesan, G. / Holla, S. / Zhang, B. / Jiang, Y. / Lv, M. / Xu, Z. / Wang, C. / Balachandran, V. / Shi, Y. / Li, F. / Grewal, S.I.S.
履歴
登録2018年9月1日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年2月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Enhancer of rudimentary homolog,YTH domain-containing protein mmi1 fusion protein
B: Enhancer of rudimentary homolog,YTH domain-containing protein mmi1 fusion protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,3307
ポリマ－35,8502
非ポリマー4805
水21612
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3400 Å2
ΔGint-70 kcal/mol
Surface area11630 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)86.689, 86.689, 105.391
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質 Enhancer of rudimentary homolog,YTH domain-containing protein mmi1 fusion protein / Meiotic mRNA interception protein 1


分子量: 17924.785 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 1-104, UNP residues 96-122 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Schizosaccharomyces pombe 972h- (分裂酵母)
株: 972h- / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: K7PD52, UniProt: O74958, UniProt: G2TRN4*PLUS
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.43 %
解説: THE ENTRY CONTAINS FRIEDEL PAIRS IN I/F_PLUS/MINUS COLUMNS.
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 1.6M (NH4)2SO4, 0.1M MES pH 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年11月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→75.075 Å / Num. all: 13026 / Num. obs: 13026 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 15.8 % / Biso Wilson estimate: 70.23 Å2 / Rpim(I) all: 0.027 / Rrim(I) all: 0.109 / Rsym value: 0.105 / Net I/av σ(I): 6.1 / Net I/σ(I): 18.6 / Num. measured all: 206285
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsRpim(I) allRrim(I) allRsym value% possible all
2.7-2.8514.51.3360.618560.3581.3851.336100
2.85-3.0216.50.7161.117770.180.7390.716100
3.02-3.2316.40.4051.916630.1020.4180.405100
3.23-3.49150.2133.515600.0560.2210.213100
3.49-3.8216.90.1425.214390.0360.1470.142100
3.82-4.2716.80.0897.713110.0220.0920.089100
4.27-4.9315.50.06110.811590.0160.0630.061100
4.93-6.0416.80.06310.59980.0160.0650.063100
6.04-8.5414.90.0698.87960.0180.0710.069100
8.54-37.53813.90.03715.64670.010.0380.03798.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.11.1_2575精密化
SCALA3.3.22データスケーリング
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
MOSFLMデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1WZ7

1wz7


解像度: 2.7→37.538 Å / SU ML: 0.38 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.39 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: SF FILE CONTAINS FRIEDEL PAIRS UNDER I/F_MINUS AND I/F_PLUS COLUMNS.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2409 708 5.45 %
Rwork0.2067 12289 -
obs0.2086 12997 99.95 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 174.97 Å2 / Biso mean: 75.9801 Å2 / Biso min: 38.8 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.7→37.538 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1852 0 25 12 1889
Biso mean--137.98 60.99 -
残基数----216
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0011936
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.3842631
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04260
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004329
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.3631085
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 5 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
2.7001-2.90850.36371370.303724142551
2.9085-3.2010.27521540.252324052559
3.201-3.66390.27771210.216324522573
3.6639-4.61480.21181460.176424522598
4.6148-37.54130.22231500.198625662716
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
18.5476-2.0031-2.76587.0846-0.77132.8603-0.166-0.75220.96190.4986-0.22240.27190.8810.60270.26760.4852-0.21070.00180.6846-0.0220.6276-18.330336.46841.8082
29.679-3.2989-6.37671.29751.89857.5838-0.41520.7229-2.04371.3493-1.01240.58511.0131-0.56680.92570.7931-0.23990.09210.44330.0480.474-16.932338.34175.0053
38.86950.59352.54412.11252.02882.6022-1.0416-0.0357-0.15510.621-0.1964-0.93780.79570.83131.11440.6539-0.0764-0.00690.5410.09770.959-11.481627.18754.1363
43.8592-1.48564.73866.9411.35897.7856-0.4649-1.0598-0.23350.64770.13030.7620.9069-1.49940.17410.9269-0.25130.19350.6994-0.00910.6829-19.356222.021210.9817
56.36222.0694-1.41573.83210.66742.6963-0.1270.5401-0.4684-0.07150.33840.07520.5259-0.6957-0.30250.4142-0.17230.07320.5198-0.00290.5412-20.832735.7893-6.6609
62.4816-4.943-0.19.2021-0.71987.24830.07440.9655-0.5106-0.804-0.75710.78980.7656-0.71790.50660.6644-0.29780.02270.56330.03560.5241-17.940321.8641-0.8591
78.18953.7256-1.42528.2854-1.65167.15560.392-0.7604-0.81970.8253-0.6173-0.39640.56610.48030.28320.7044-0.1851-0.12530.81960.1120.6635-9.984236.25177.5613
84.9920.62061.39342.32053.46065.2826-0.12360.63930.4173-0.3442-0.0403-1.1855-0.28531.90410.28690.5323-0.310.00340.72760.12330.7954-8.370546.4105-8.8222
93.5954-0.02490.38657.99581.95592.5705-0.0643-0.22280.13740.4234-0.26780.3780.0433-0.02210.3760.5113-0.22960.07710.62760.02840.5785-23.206549.70764.3693
104.8526-2.5719-4.48258.81891.02834.5401-0.0313-0.8781.32440.31920.7276-0.2406-1.22551.8662-0.65540.9618-0.1845-0.00710.7234-0.20280.8211-17.555662.54337.3944
117.36193.43792.55636.38673.92154.0971-0.01370.41190.4799-0.0526-0.16530.20580.1237-0.1390.29450.467-0.1676-0.00310.60830.03530.5921-22.199945.6375-7.5561
125.9887-6.1151-1.70825.91971.6427.04850.85791.3182-1.1082-0.9455-0.48440.2826-0.5151-0.1362-0.13810.8947-0.27940.01690.7001-0.05890.725-24.21261.512-3.151
135.61473.30542.18926.12660.21358.67430.0895-1.09560.91361.0572-1.03510.7776-0.572-1.22680.76340.8019-0.23590.16380.7083-0.09390.9881-27.611947.79189.476
148.16424.41273.32458.3397-1.86793.61780.29670.2209-0.383-0.0660.23511.63810.2626-2.5994-0.24520.7314-0.49080.01031.041-0.10490.7894-33.887135.1599-3.6609
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 6 through 19 )A6 - 19
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 20 through 30 )A20 - 30
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 31 through 42 )A31 - 42
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 43 through 65 )A43 - 65
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 66 through 85 )A66 - 85
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 86 through 98 )A86 - 98
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 121 through 133 )A121 - 133
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 134 through 144 )A134 - 144
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 7 through 44 )B7 - 44
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 45 through 65 )B45 - 65
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 66 through 85 )B66 - 85
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 86 through 101 )B86 - 101
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 121 through 133 )B121 - 133
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 134 through 144 )B134 - 144

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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