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万見
- PDB-1b0v: I40N MUTANT OF AZOTOBACTER VINELANDII FDI -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1b0v
タイトルI40N MUTANT OF AZOTOBACTER VINELANDII FDI
要素PROTEIN (FERREDOXIN)
キーワードELECTRON TRANSPORT / IRON-SULFUR
機能・相同性
機能・相同性情報


3 iron, 4 sulfur cluster binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / electron transfer activity / DNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Ferredoxin, C-terminal / : / Domain of unknown function (DUF3470) / 7Fe ferredoxin / : / 4Fe-4S binding domain / Alpha-Beta Plaits - #20 / 4Fe-4S ferredoxin, iron-sulphur binding, conserved site / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding region signature. / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. ...Ferredoxin, C-terminal / : / Domain of unknown function (DUF3470) / 7Fe ferredoxin / : / 4Fe-4S binding domain / Alpha-Beta Plaits - #20 / 4Fe-4S ferredoxin, iron-sulphur binding, conserved site / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding region signature. / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 4Fe-4S ferredoxin-type, iron-sulphur binding domain / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FE3-S4 CLUSTER / IRON/SULFUR CLUSTER / Ferredoxin-1
類似検索 - 構成要素
生物種Azotobacter vinelandii (窒素固定)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Sridhar, V. / Prasad, G.S. / Stout, C.D. / Chen, K. / Burgess, B.K.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1999
タイトル: Alteration of the reduction potential of the [4Fe-4S](2+/+) cluster of Azotobacter vinelandii ferredoxin I.
著者: Chen, K. / Tilley, G.J. / Sridhar, V. / Prasad, G.S. / Stout, C.D. / Armstrong, F.A. / Burgess, B.K.
履歴
登録1998年11月12日登録サイト: BNL / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年1月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月26日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 2.02018年4月4日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / diffrn_source / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _diffrn_source.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
改定 3.02021年11月3日Group: Atomic model / Database references ...Atomic model / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / database_2 / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 3.12023年8月9日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTEIN (FERREDOXIN)
B: PROTEIN (FERREDOXIN)
C: PROTEIN (FERREDOXIN)
D: PROTEIN (FERREDOXIN)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,83212
ポリマ－48,2424
非ポリマー2,5908
水00
1
A: PROTEIN (FERREDOXIN)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,7083
ポリマ－12,0601
非ポリマー6472
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: PROTEIN (FERREDOXIN)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,7083
ポリマ－12,0601
非ポリマー6472
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: PROTEIN (FERREDOXIN)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,7083
ポリマ－12,0601
非ポリマー6472
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: PROTEIN (FERREDOXIN)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,7083
ポリマ－12,0601
非ポリマー6472
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)42.000, 55.300, 62.300
Angle α, β, γ (deg.)78.10, 85.20, 71.90
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質
PROTEIN (FERREDOXIN)


分子量: 12060.476 Da / 分子数: 4 / 変異: I40N / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Azotobacter vinelandii (窒素固定)
株: JG100 / 発現宿主: Azotobacter vinelandii (窒素固定) / 参照: UniProt: P00214
#2: 化合物
ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4
#3: 化合物
ChemComp-F3S / FE3-S4 CLUSTER


分子量: 295.795 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe3S4
構成要素の詳細4 COPIES OF I40N FDI IN THE ASYMMETRIC UNIT, EACH WITH A DIFFERENT CONFORMATION OF ASN40. THIS ...4 COPIES OF I40N FDI IN THE ASYMMETRIC UNIT, EACH WITH A DIFFERENT CONFORMATION OF ASN40. THIS AMINO ACID REPLACEMENT AFFECT THE REDUCTION POTENTIAL OF THE [4FE-4S]2+/+ CLUSTER.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.87 %
結晶化pH: 6.5 / 詳細: pH 6.5
結晶
*PLUS
溶媒含有率: 55 %
結晶化
*PLUS
温度: 2 ℃ / pH: 7.4 / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: Shen, B., (1994) J. Biol. Chem., 269, 8564.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
17-10 mg/mlprotein1drop
20.5 Mpotassium phosphate1drop
31.2 Mammonium sulfate1drop
43.5 Mammonium sulfate1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 291 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: MACSCIENCE / 波長: 1.5418
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→20 Å / Num. obs: 11184 / % possible obs: 87.3 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 1.6 % / Rsym value: 0.165 / Net I/σ(I): 3
反射 シェル解像度: 2.8→2.95 Å / 冗長度: 1.4 % / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / % possible all: 53
反射
*PLUS
Num. obs: 11182 / Num. measured all: 17912 / Rmerge(I) obs: 0.165
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 90 % / Rmerge(I) obs: 0.43

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
AMoRE位相決定
X-PLOR3.8精密化
MOSFLMデータ削減
CCP4データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6FD1

6fd1


解像度: 2.8→20 Å / Data cutoff low absF: 0.001 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / σ(F): 0 /
Rfactor反射数%反射
Rwork0.209 --
obs-11140 87.3 %
原子変位パラメータBiso mean: 26.7 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3364 0 60 0 3424
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.02
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg3.5
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.8 / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg3.83
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg25.9
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.47

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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