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- PDB-1b00: PHOB RECEIVER DOMAIN FROM ESCHERICHIA COLI -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1b00
タイトルPHOB RECEIVER DOMAIN FROM ESCHERICHIA COLI
要素PHOSPHATE REGULON TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN PHOB
キーワードGENE REGULATION / TRANSCRIPTION FACTOR / PHOSPHATE REGULATION / ACTIVATION OF THE PHO REGULON / ALPHA/BETA DOUBLY WOUND FOLD
機能・相同性
機能・相同性情報


bacterial-type RNA polymerase holo enzyme binding / phosphate ion transport / phosphorelay response regulator activity / DNA-binding transcription activator activity / regulation of DNA-templated transcription initiation / protein-DNA complex / transcription cis-regulatory region binding / regulation of DNA-templated transcription / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Signal transduction response regulator, phosphate regulon transcriptional regulatory protein PhoB / OmpR/PhoB-type DNA-binding domain profile. / OmpR/PhoB-type DNA-binding domain / Transcriptional regulatory protein, C terminal / Transcriptional regulatory protein, C terminal / Transcriptional regulatory protein WalR-like / Response regulator receiver domain / cheY-homologous receiver domain / Signal transduction response regulator, receiver domain / Response regulatory domain profile. ...Signal transduction response regulator, phosphate regulon transcriptional regulatory protein PhoB / OmpR/PhoB-type DNA-binding domain profile. / OmpR/PhoB-type DNA-binding domain / Transcriptional regulatory protein, C terminal / Transcriptional regulatory protein, C terminal / Transcriptional regulatory protein WalR-like / Response regulator receiver domain / cheY-homologous receiver domain / Signal transduction response regulator, receiver domain / Response regulatory domain profile. / CheY-like superfamily / Response regulator / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Phosphate regulon transcriptional regulatory protein PhoB / Phosphate regulon transcriptional regulatory protein PhoB
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.88 Å
データ登録者Sola, M. / Gomis-Ruth, F.X. / Serrano, L. / Gonzalez, A. / Coll, M.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1999
タイトル: Three-dimensional crystal structure of the transcription factor PhoB receiver domain.
著者: Sola, M. / Gomis-Ruth, F.X. / Serrano, L. / Gonzalez, A. / Coll, M.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1998
タイトル: Overexpression, Purification, Crystallization and Preliminary X-Ray Diffraction Analysis of the Receiver Domain of Phob
著者: Sola, M. / Rueth, F.-X.G. / Serrano, L. / Gonzalez, A. / Coll, M.
履歴
登録1998年11月15日登録サイト: PDBE / 処理サイト: RCSB
改定 1.01999年11月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月26日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月27日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PHOSPHATE REGULON TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN PHOB
B: PHOSPHATE REGULON TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN PHOB


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,0322
ポリマ－29,0322
非ポリマー00
水2,360131
1
A: PHOSPHATE REGULON TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN PHOB


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,5161
ポリマ－14,5161
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: PHOSPHATE REGULON TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN PHOB


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,5161
ポリマ－14,5161
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)34.110, 60.420, 119.970
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.520534, 0.841544, 0.14439), (0.850106, 0.494993, 0.179727), (0.079776, 0.2163, -0.973062)
ベクター: -25.5341, 10.725, 28.4331)

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要素

#1: タンパク質 PHOSPHATE REGULON TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN PHOB


分子量: 14515.757 Da / 分子数: 2 / 断片: RECEIVER DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: XL1-BLUE / 細胞内の位置: CYTOPLASM / プラスミド: PBAT-4 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 細胞内の位置 (発現宿主): CYTOPLASM / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P08402, UniProt: P0AFJ5*PLUS
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 131 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 33 %
結晶化pH: 8 / 詳細: pH 8.0
結晶化
*PLUS
温度: 395 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
濃度: 6.2 mg/ml / 一般名: protein

-
データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW7B / 波長: 0.885
検出器タイプ: RIGAKU / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年7月1日 / 詳細: MIRRORS
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.885 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.88→40 Å / Num. obs: 17784 / % possible obs: 84.8 % / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.039 / Net I/σ(I): 41.8
反射 シェル解像度: 1.88→1.95 Å / Rmerge(I) obs: 0.11 / Mean I/σ(I) obs: 7.5 / % possible all: 73.4
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 73.4 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
AMoRE位相決定
X-PLOR3.851精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.88→20 Å / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28 -10 %RANDOM
Rwork0.21 ---
obs-17001 85.04 %-
原子変位パラメータBiso mean: 30.8 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.88→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1960 0 0 131 2091
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMTOPHCSDX.PRO
X-RAY DIFFRACTION2TOPH19.SOL
X-RAY DIFFRACTION3TOPH19.PEP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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