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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1azd | ||||||
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タイトル | CONCANAVALIN FROM CANAVALIA BRASILIENSIS | ||||||
![]() | CONBR | ||||||
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機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() | ||||||
![]() | Sanz-Aparicio, J. / Hermoso, J. / Grangeiro, T.B. / Calvete, J.J. / Cavada, B.S. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: The crystal structure of Canavalia brasiliensis lectin suggests a correlation between its quaternary conformation and its distinct biological properties from Concanavalin A. 著者: Sanz-Aparicio, J. / Hermoso, J. / Grangeiro, T.B. / Calvete, J.J. / Cavada, B.S. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 194.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 157.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 2ctvS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper:
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 25592.428 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: ISOLATED FROM PLANT / 由来: (天然) ![]() #2: 化合物 | ChemComp-CA / #3: 化合物 | ChemComp-MN / #4: 水 | ChemComp-HOH / | ![]() |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 40 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化![]() | pH: 6 詳細: 2 MICRO-L CBR (10 MG/ML) 2 MICRO-L (11-15% PEG 6000, 0.1 M MES PH 6, pH 6.0 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 293 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年2月1日 |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE(002) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長![]() |
反射 | 解像度: 2.97→28.4 Å / Num. obs: 16811 / % possible obs: 90 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.15 / Rsym value: 0.15 / Net I/σ(I): 5.7 |
反射 シェル | 解像度: 2.97→3.06 Å / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.5 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Rsym value: 0.5 / % possible all: 88.5 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 91275 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法![]() 開始モデル: PDB ENTRY 2CTV 解像度: 3→8 Å / Data cutoff high absF: 1000000 / Data cutoff low absF: 0.001 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
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原子変位パラメータ | Biso mean: 23.98 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3→8 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 3→3.13 Å / Total num. of bins used: 8
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ソフトウェア | *PLUS 名称: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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