PDB-1aw4: STRUCTURAL BASIS OF DNA FOLDING AND RECOGNITION IN AMP-DNA APTAME...

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登録情報

データベース: PDB / ID: 1aw4

タイトル

STRUCTURAL BASIS OF DNA FOLDING AND RECOGNITION IN AMP-DNA APTAMER COMPLEX, NMR, 7 STRUCTURES

要素

ATP-BINDING DNA APTAMER

キーワード

DNA / ADAPTIVE BINDING / AMP BINDING / DNA APTAMER / DNA BINDING / DNA RECOGNITION / AMP-DNA APTAMER COMPLEX

機能・相同性

ADENOSINE MONOPHOSPHATE / DNA / DNA (> 10)

機能・相同性情報

手法

溶液NMR / DISTANCE GEOMETRY, DISTANCE RESTRAINED MD

データ登録者

Lin, C.H. / Patel, D.J.

引用

ジャーナル: Chem.Biol. / 年: 1997
タイトル: Structural basis of DNA folding and recognition in an AMP-DNA aptamer complex: distinct architectures but common recognition motifs for DNA and RNA aptamers complexed to AMP.
著者: Lin, C.H. / Patel, D.J.

履歴

登録	1997年10月9日	処理サイト: BNL
改定 1.0	1998年4月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年3月24日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2022年2月16日	Group: Database references / Derived calculations / Other カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.4	2024年5月22日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1aw4.cif.gz	149.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1aw4.ent.gz	119.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1aw4.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/aw/1aw4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/aw/1aw4	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	2hem-d 6izs-d 4hwc-5 2lqz-d 1q96-2 5jge-2 1q96-3 4ofk-2 3ead-1 1oq2-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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異化活性化タンパク質 (Catabolite Activator Protein)
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トランスポザーゼ (Transposase)
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DNAメチルトランスフェラーゼ (DNA Methyltransferase)
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RNAポリメラーゼ (RNA Polymerase)
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トポイソメラーゼ (Topoisomerase)
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#87 - 2007年3月
ジンクフィンガー (Zinc Fingers)
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#55 - 2004年7月
DNAリガーゼ (DNA Ligase)
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#119 - 2009年11月
人工設計DNA結晶 (Designed DNA Crystal)
類似性 (1)
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パルボウイルス (Parvoviruses)
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アクチノマイシン (Actinomycin)
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アミノアシル転移RNA合成酵素 (Aminoacyl-tRNA Synthetases)
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登録構造単位

A: ATP-BINDING DNA APTAMER

ヘテロ分子

9.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	7 / 21	LEAST TOTAL ENERGY, NOE VIOLATION, VDW
代表モデル

#1: DNA鎖	ATP-BINDING DNA APTAMER 分子量: 8502.469 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#2: 化合物	ChemComp-AMP / ADENOSINE MONOPHOSPHATE / AMP 分子量: 347.221 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₄N₅O₇P / コメント: AMP*YM

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	NOESY
1	2	1	TOCSY
1	3	1	COSY
1	4	1	1H-13C HMQC

-
試料調製

試料状態	pH: 6.35 / 温度: 278 K
結晶化	*PLUS 手法: other / 詳細: NMR

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Varian VARIAN INOVA 600 / 製造業者: Varian / モデル: VARIAN INOVA 600 / 磁場強度: 600 MHz

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
X-PLOR	3.1	モデル構築
X-PLOR	3.1	精密化
X-PLOR	3.1	位相決定

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
X-PLOR	3.1	BRUNGER	精密化
XVNMR			構造決定
X-PLOR			構造決定

精密化

手法: DISTANCE GEOMETRY, DISTANCE RESTRAINED MD / ソフトェア番号: 1
詳細: REFINEMENT DETAILS CAN BE FOUND IN THE JRNL CITATION ABOVE.

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: LEAST TOTAL ENERGY, NOE VIOLATION, VDW
計算したコンフォーマーの数: 21 / 登録したコンフォーマーの数: 7

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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