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- PDB-1ar2: DISULFIDE-FREE IMMUNOGLOBULIN FRAGMENT -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ar2
タイトルDISULFIDE-FREE IMMUNOGLOBULIN FRAGMENT
要素REI
キーワードIMMUNOGLOBULIN / DISULFIDE-FREE / IMMUNOGLOBULIN FRAGMENT / BENCE-JONES
機能・相同性
機能・相同性情報


CD22 mediated BCR regulation / Fc epsilon receptor (FCERI) signaling / Classical antibody-mediated complement activation / Initial triggering of complement / immunoglobulin complex / FCGR activation / Role of LAT2/NTAL/LAB on calcium mobilization / Role of phospholipids in phagocytosis / Scavenging of heme from plasma / antigen binding ...CD22 mediated BCR regulation / Fc epsilon receptor (FCERI) signaling / Classical antibody-mediated complement activation / Initial triggering of complement / immunoglobulin complex / FCGR activation / Role of LAT2/NTAL/LAB on calcium mobilization / Role of phospholipids in phagocytosis / Scavenging of heme from plasma / antigen binding / FCERI mediated Ca+2 mobilization / FCGR3A-mediated IL10 synthesis / Antigen activates B Cell Receptor (BCR) leading to generation of second messengers / Regulation of Complement cascade / Cell surface interactions at the vascular wall / FCGR3A-mediated phagocytosis / FCERI mediated MAPK activation / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / FCERI mediated NF-kB activation / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / blood microparticle / adaptive immune response / Potential therapeutics for SARS / immune response / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins ...: / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Immunoglobulin kappa variable 1D-33 / Immunoglobulin kappa variable 1D-33
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Uson, I. / Bes, M.T. / Sheldrick, G.M. / Schneider, T.R. / Hartsch, T. / Fritz, H.-J.
引用ジャーナル: Structure Fold.Des. / 年: 1997
タイトル: X-ray crystallography reveals stringent conservation of protein fold after removal of the only disulfide bridge from a stabilized immunoglobulin variable domain.
著者: Uson, I. / Bes, M.T. / Sheldrick, G.M. / Schneider, T.R. / Hartsch, T. / Fritz, H.J.
履歴
登録1997年8月8日処理サイト: BNL
改定 1.01997年11月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年11月3日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: database_2 / diffrn_source ...database_2 / diffrn_source / pdbx_database_status / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_database_status.process_site / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42023年8月2日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model
改定 1.52024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: REI


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,9211
ポリマ－11,9211
非ポリマー00
水30617
1
A: REI

A: REI


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,8422
ポリマ－23,8422
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation11_655-x+y+1,y,-z+1/21
単位格子
Length a, b, c (Å)52.800, 52.800, 158.200
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Space group name H-MP6122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-126-

HOH

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要素

#1: 抗体 REI / IG KAPPA CHAIN V-I REGION


分子量: 11921.168 Da / 分子数: 1 / 断片: VARIABLE REGION, LIGHT CHAIN / 変異: INS(TP-1D), C25V, Y34H / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P01607, UniProt: P01593*PLUS
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 54 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 4.6
詳細: VAPOUR DIFFUSION AL 4 C FROM A PROTEIN SOLUTION CONTAINING 8 MG/ML IN 50 MM POTASSIUM PHOSPHATE BUFFER AL PH 7, USING 2 M AMMONIUM SULFATE IN 100 MM SODIUM ACETATE BUFFER, PH 4.6, vapor ...詳細: VAPOUR DIFFUSION AL 4 C FROM A PROTEIN SOLUTION CONTAINING 8 MG/ML IN 50 MM POTASSIUM PHOSPHATE BUFFER AL PH 7, USING 2 M AMMONIUM SULFATE IN 100 MM SODIUM ACETATE BUFFER, PH 4.6, vapor diffusion, temperature 277K
PH範囲: 4.6-7.0
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / pH: 7 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
18 mg/mlprotein1drop
250 mMpotassium phosphate1drop
32 Mammonium sulfate1reservoir
4100 mMsodium acetatex1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 277 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW7A / 波長: 0.901
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年8月28日 / 詳細: BENT CRYSTAL MONOCHROMATOR
放射モノクロメーター: GE(111) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.901 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→75 Å / Num. obs: 3549 / % possible obs: 97 % / 冗長度: 10.7 % / Rmerge(I) obs: 0.104 / Rsym value: 0.088 / Net I/σ(I): 11.1
反射 シェル解像度: 2.8→2.85 Å / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.376 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Rsym value: 0.43 / % possible all: 97.8
反射
*PLUS
Num. measured all: 37985
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 97.8 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
SHELXL-97モデル構築
SHELXL-97精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SHELXL-97位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1REI

1rei


解像度: 2.8→75 Å / Num. parameters: 3434 / Num. restraintsaints: 4775 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER
詳細: SIMULATED ANNEALING WITH X-PLOR, FINAL REFINEMENT WITH SHELXL-97
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.4152 340 10 %EVERY 10TH REFLECTION
all0.28 3528 --
obs0.2543 -97 %-
溶媒の処理溶媒モデル: MOEWS & KRETSINGER
Refine analyzeNum. disordered residues: 0 / Occupancy sum hydrogen: 819 / Occupancy sum non hydrogen: 857.5
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→75 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数840 0 0 17 857
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.004
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.017
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_dist0
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes0.041
X-RAY DIFFRACTIONs_zero_chiral_vol0.053
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol0.061
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr0.01
X-RAY DIFFRACTIONs_rigid_bond_adp_cmpnt0
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_adp_cmpnt0.016
X-RAY DIFFRACTIONs_approx_iso_adps0
ソフトウェア
*PLUS
名称: SHELXL-97 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最低解像度: 75 Å / Rfactor all: 0.28 / Rfactor obs: 0.228 / Rfactor Rfree: 0.343 / Rfactor Rwork: 0.2543
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONs_dihedral_angle_deg30.2
X-RAY DIFFRACTIONs_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONs_improper_angle_deg1.3

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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