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- PDB-1aqz: CRYSTAL STRUCTURE OF A HIGHLY SPECIFIC ASPERGILLUS RIBOTOXIN, RES... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1aqz
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF A HIGHLY SPECIFIC ASPERGILLUS RIBOTOXIN, RESTRICTOCIN
要素RESTRICTOCIN
キーワードRIBOTOXIN / RIBOSOME-INACTIVATING PROTEIN / PROTEIN-RNA SPECIFIC INTERACTION / LAUE DIFFRACTION / CELL-ENTRY ACTIVITY
機能・相同性
機能・相同性情報


加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ / RNA endonuclease activity / negative regulation of translation / RNA binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Fungal ribotoxin / : / Microbial ribonucleases / Guanine-specific ribonuclease N1/T1/U2 / Ribonuclease/ribotoxin / ribonuclease / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / Ribonuclease mitogillin
類似検索 - 構成要素
生物種Aspergillus restrictus (カビ)
手法X線回折 / シンクロトロン / SINGLE ISOMORPHOUS REPLACEMENT, ANOMALOUS SCATTERING / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Yang, X. / Moffat, K.
引用
ジャーナル: Structure / 年: 1996
タイトル: Insights into specificity of cleavage and mechanism of cell entry from the crystal structure of the highly specific Aspergillus ribotoxin, restrictocin.
著者: Yang, X. / Moffat, K.
#1: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1993
タイトル: The Conformation of the Sarcin/Ricin Loop from 28S Ribosomal RNA
著者: Szewczak, A.A. / Moore, P.B. / Chan, Y.L. / Wool, I.G.
#2: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.B / 年: 1991
タイトル: Determination and Restrained Least-Squares Refinement of the Structures of Ribonuclease Sa and its Complex with 3'-Guanylic Acid at 1.8 A Resolution
著者: Sevcik, J. / Dodson, E.J. / Dodson, G.G.
#3: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1991
タイトル: Crystallization and Preliminary Characterization of Mitogillin, a Ribosomal Ribonuclease from Aspergillus Restrictus
著者: Martinez, S.E. / Smith, J.L.
#4: ジャーナル: Trends Biochem.Sci. / 年: 1984
タイトル: The Mechanism of Action of the Cytotoxic Nuclease Alpha-Sarcin and its Use to Analyse Ribosome Structure
著者: Wool, I.G.
#5: ジャーナル: Nature / 年: 1982
タイトル: Specific Protein-Nucleic Acid Recognition in Ribonuclease T1-2'-Guanylic Acid Complex: An X-Ray Study
著者: Heinemann, U. / Saenger, W.
履歴
登録1997年8月4日処理サイト: BNL
改定 1.01997年11月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / software / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _software.name / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RESTRICTOCIN
B: RESTRICTOCIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,0635
ポリマ－33,7782
非ポリマー2853
水3,639202
1
A: RESTRICTOCIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,0793
ポリマ－16,8891
非ポリマー1902
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: RESTRICTOCIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,9842
ポリマ－16,8891
非ポリマー951
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)50.240, 82.160, 38.040
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 100.50, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.996739, 0.022599, -0.077458), (-0.015797, -0.996054, -0.087335), (-0.079126, -0.085827, 0.993163)
ベクター: 69.91313, 102.81252, -13.45481)

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要素

#1: タンパク質 RESTRICTOCIN


分子量: 16888.893 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: INORGANIC PHOSPHATE GROUP AT THE ACTIVE SITE / 由来: (天然) Aspergillus restrictus (カビ)
参照: UniProt: P67876, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ
#2: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION


分子量: 94.971 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 202 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46 %
解説: DATA WERE COLLECTED USING LAUE DIFFRACTION. 62 IMAGES WERE COLLECTED. TOTAL EXPOSURE TIME IS 325 MS.
結晶化手法: 蒸気拡散法, microdialysis / pH: 6.8
詳細: A COMBINATION OF VAPOR DIFFUSION AND MICRODIALYSIS TECHNIQUES WERE USED TO CRYSTALLIZE RESTRICTOCIN. THE FINAL MOTHER LIQUOR CONSISTS OF 60% ETHANOL, 10MM SODIUM PHOSPHATE, PH6.8. THE PROTEIN ...詳細: A COMBINATION OF VAPOR DIFFUSION AND MICRODIALYSIS TECHNIQUES WERE USED TO CRYSTALLIZE RESTRICTOCIN. THE FINAL MOTHER LIQUOR CONSISTS OF 60% ETHANOL, 10MM SODIUM PHOSPHATE, PH6.8. THE PROTEIN CONCENTRATION IS 10MG/ML., vapor diffusion and microdialysis
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
160 %ethanol1reservoir
210 mMsodium phosphate1reservoir
310 mg/mlprotein1drop

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X26C / 波長: 0.7 / 波長: 0.7, 2.05
検出器タイプ: FUJI / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1994年8月1日 / 詳細: MIRROR
放射単色(M)・ラウエ(L): L / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.71
22.051
反射解像度: 1.7→8 Å / Num. obs: 28328 / % possible obs: 85.6 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 8 % / Rmerge(I) obs: 0.039
反射 シェル解像度: 1.7→1.78 Å / % possible all: 54.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
LaueViewデータ収集
LaueViewデータ削減
PHASES位相決定
X-PLOR3.1モデル構築
X-PLOR3.1精密化
LaueViewデータスケーリング
X-PLOR3.1位相決定
精密化構造決定の手法: SINGLE ISOMORPHOUS REPLACEMENT, ANOMALOUS SCATTERING
解像度: 1.7→8 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.177 2232 8 %RANDOM
Rwork0.237 ---
obs0.237 28328 85.6 %-
原子変位パラメータBiso mean: 19.9 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.18 Å0.18 Å
Luzzati d res low-8 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2272 0 15 205 2492
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.018
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg2.02
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d27.1
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.8
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.78 Å / Total num. of bins used: 8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.38 184 8 %
Rwork0.32 2088 -
obs--55 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PARHCSDX.PROTOPHCSDX.PRO
X-RAY DIFFRACTION2
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor obs: 0.177 / Rfactor Rfree: 0.237
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg27.1
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.8

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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