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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1aqk | |||||||||
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タイトル | THREE-DIMENSIONAL STRUCTURE OF A HUMAN FAB WITH HIGH AFFINITY FOR TETANUS TOXOID | |||||||||
![]() | (FAB B7-15A2) x 2 | |||||||||
![]() | IMMUNOGLOBULIN / HUMAN FAB / ANTI-TETANUS TOXOID / HIGH AFFINITY / CRYSTAL PACKING MOTIF / PROGRAMMING PROPENSITY TO CRYSTALLIZE | |||||||||
機能・相同性 | ![]() IgD immunoglobulin complex / IgM immunoglobulin complex / IgA immunoglobulin complex / IgE immunoglobulin complex / Fc-gamma receptor I complex binding / CD22 mediated BCR regulation / complement-dependent cytotoxicity / IgG immunoglobulin complex / Fc epsilon receptor (FCERI) signaling / antibody-dependent cellular cytotoxicity ...IgD immunoglobulin complex / IgM immunoglobulin complex / IgA immunoglobulin complex / IgE immunoglobulin complex / Fc-gamma receptor I complex binding / CD22 mediated BCR regulation / complement-dependent cytotoxicity / IgG immunoglobulin complex / Fc epsilon receptor (FCERI) signaling / antibody-dependent cellular cytotoxicity / Classical antibody-mediated complement activation / Initial triggering of complement / FCGR activation / immunoglobulin mediated immune response / Role of phospholipids in phagocytosis / Role of LAT2/NTAL/LAB on calcium mobilization / Scavenging of heme from plasma / immunoglobulin complex, circulating / immunoglobulin receptor binding / FCERI mediated Ca+2 mobilization / FCGR3A-mediated IL10 synthesis / Antigen activates B Cell Receptor (BCR) leading to generation of second messengers / complement activation, classical pathway / Regulation of Complement cascade / Cell surface interactions at the vascular wall / FCERI mediated MAPK activation / FCGR3A-mediated phagocytosis / antigen binding / B cell receptor signaling pathway / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / FCERI mediated NF-kB activation / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / antibacterial humoral response / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / adaptive immune response / Potential therapeutics for SARS / blood microparticle / immune response / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Faber, C. / Fan, Z. / Edmundson, A.B. | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Three-dimensional structure of a human Fab with high affinity for tetanus toxoid. 著者: Faber, C. / Shan, L. / Fan, Z. / Guddat, L.W. / Furebring, C. / Ohlin, M. / Borrebaeck, C.A. / Edmundson, A.B. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 98.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 77.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 385.7 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 412.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 13.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 21.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 2fb4S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: 抗体 | 分子量: 22699.068 Da / 分子数: 1 / 断片: FAB / 由来タイプ: 天然 / 詳細: IMMUNOGLOBULIN HUMAN FAB / 由来: (天然) ![]() |
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#2: 抗体 | 分子量: 24290.426 Da / 分子数: 1 / 断片: FAB / 由来タイプ: 天然 / 詳細: IMMUNOGLOBULIN HUMAN FAB / 由来: (天然) ![]() |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.98 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 8.5 / 詳細: pH 8.5 | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: unknown / 詳細: used to seeding | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 286 K |
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放射光源 | 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: SIEMENS / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1992年5月1日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | モノクロメーター: NO / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.84→20 Å / Num. obs: 32194 / % possible obs: 81 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2.5 % / Biso Wilson estimate: 20 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.046 / Net I/σ(I): 33.1 |
反射 シェル | 解像度: 1.84→1.96 Å / 冗長度: 1.4 % / Rmerge(I) obs: 0.14 / Mean I/σ(I) obs: 8.5 / % possible all: 49 |
反射 | *PLUS Num. all: 39263 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 2FB4 解像度: 1.84→20 Å / Isotropic thermal model: TNT BCORREL / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: TNT PROTGEO /
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: BABINET SCALING / Bsol: 150 Å2 / ksol: 0.7 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.84→20 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: TNT / バージョン: 5E / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor obs: 0.185 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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